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default_policy.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：15k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

default_policy.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: default_policy.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:53:16  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.18
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___DEFAULT_POLICY__HPP
  11. #define GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___DEFAULT_POLICY__HPP
  13. /*  $Id: default_policy.hpp,v 1000.2 2004/06/01 19:53:16 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Vlad Lebedev
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *
  42.  */
  46. #include <gui/gui.hpp>
  47. #include <gui/widgets/gl/ipolicy.hpp>
  49. #include <gui/objutils/feat_label.hpp>
  50. #include <gui/opengl/glbitmapfont.hpp>
  52. #include <gui/objutils/feature.hpp>
  53. #include <gui/objutils/alignment.hpp>
  54. #include <gui/objutils/pw_alignment.hpp>
  55. #include <gui/objutils/alignment_smear_layout.hpp>
  56. #include <gui/objutils/graph.hpp>
  57. #include <gui/objutils/comment.hpp>
  58. #include <gui/objutils/seq_map.hpp>
  59. #include <gui/objutils/histogram.hpp>
  60. #include <gui/objutils/feat_pack.hpp>
  61. #include <gui/objutils/prot_product.hpp>
  62. #include <gui/objutils/mate_pair.hpp>
  63. #include <gui/objutils/sequence.hpp>
  64. #include <gui/objutils/utils.hpp>
  65. #include <gui/objutils/label.hpp>
  67. #include <gui/opengl/glcolortable.hpp>
  69. #include <gui/widgets/seq_graphic/seqgraphic_conf.hpp>
  71. #include <objmgr/util/feature.hpp>
  72. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  76. BEGIN_NCBI_SCOPE
  79. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  80. /// CDefaultPolicy is a default policy for rendering layout objects in 
  81. // feature panel of seq_graphic widget.
  82. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  84. class NCBI_GUIWIDGETS_SEQGRAPHIC_EXPORT CDefaultPolicy : public IPolicy
  85. {
  86. public:
  87.     CDefaultPolicy();
  88.     virtual ~CDefaultPolicy() { };
  90.     // IPolicy interfaces
  91.     virtual TModelUnit GetRowHeight(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, 
  92.             bool selected) const;
  94.     virtual bool ProcessObject(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, 
  95.             TModelUnit row, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  97.     virtual void SetHandle(const objects::CBioseq_Handle& handle);
  98.     virtual void SetConfig(CSeqGraphicConfig* config);
  99.     virtual void SetHitPoint(TModelPoint click);
  100.     virtual void SetActiveArea(TAreaVector* p_area);
  102.     virtual void GetTitle(const CLayoutObject* obj, 
  103.                string* title, CLabel::ELabelType) const;
  105. protected:    
  106.     CGlColorTable m_ColorTable;
  107.     TVPUnit       m_MinLabelWidth;  // minimum label that will fit
  108.     
  109.     // fonts
  110.     CGlBitmapFont m_Font_Bitmap9x15;
  111.     CGlBitmapFont m_Font_Helv10;
  112.     CGlBitmapFont m_Font_Helv8;
  114.     enum EProtSeqType {
  115.         eProteinSeq,
  116.         eTranslatedSeq
  117.     };
  119.     TModelPoint  m_LastClick;    
  120.     TAreaVector* m_ActiveAreas;
  122.     // map of named annotations, with their indices
  123.     typedef map<string, int> TNamedAnnots;
  124.     mutable TNamedAnnots m_Annots;
  126.     objects::CBioseq_Handle m_Handle;
  127.     CRef<CSeqGraphicConfig>  m_ConfigSettings;    
  128.     
  129.     // returns offset from the begining of feature, 
  130.     // based on frame for protein translation
  131.     TSeqPos x_GetProtOffset(const CLayoutFeat* feat) const;
  133.     // is it enougth space to sequence letters?
  134.     bool x_IsSeqLettersFit(CGlPane& pane) const;
  135.     
  136.     // center label in model coordinates
  137.     GLfloat x_CenterText(CGlPane& pane, TModelRect rc, GLfloat width) const;
  139.     // selected objects
  140.     virtual bool x_IsObjectClicked(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj,     
  141.             GLfloat row_y, bool selected) const;
  142.             
  143.     virtual bool x_IsFeatLabelClicked(CGlPane& pane, 
  144.             const CLayoutFeatLabel* lbl, GLfloat row_y) const;
  145.     
  146.     TModelUnit x_CalcAlignHeight(const CLayoutAlign* align) const;
  147.     
  148.     // set feature color based on config
  149.     virtual void x_SetFeatureColor(const CLayoutFeat* feat) const;
  150.     
  151.     // Internal incremental pool of CSeq_annots (for higlighting
  152.     // of the named seq. annots.) 
  153.     size_t x_GetSeqAnnotIndex(const objects::CSeq_annot_Handle& annot) const;
  154.     
  155.     // draw functions for particular layout objects
  156.     virtual void x_DrawAlignment(CGlPane& pane, const CLayoutAlign* align, 
  157.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  158.          
  159.     virtual void x_DrawAlignmentSmear(CGlPane& pane, const CLayoutAlignSmear* smear, 
  160.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  161.          
  162.     virtual void x_DrawFeature(CGlPane& pane, const CLayoutFeat* feat, 
  163.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  165.     virtual void x_DrawFeatLabel(CGlPane& pane, const CLayoutFeatLabel* feat, 
  166.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  167.          
  168.     virtual void x_DrawProteinProduct(CGlPane& pane, const CLayoutFeat* feat, 
  169.                 GLfloat row_y, EProtSeqType type, bool selected) const;
  171.     virtual void x_DrawSeqGraph(CGlPane& pane, const CLayoutGraph* graph, 
  172.                 GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  174.     virtual void x_DrawComments(CGlPane& pane, const CLayoutComment* comm,
  175.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  177.     virtual void x_DrawSequence(CGlPane& pane, const CLayoutSequence* seqs,
  178.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  180.     virtual void x_DrawSeqSegment(CGlPane& pane, const CLayoutSeqMap* seg,
  181.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  183.     virtual void x_DrawFeatPack(CGlPane& pane, const CLayoutFeatPack* pack,
  184.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  186.     virtual void x_DrawHistogram(CGlPane& pane, const CLayoutHistogram* hist,
  187.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  189.     virtual void x_DrawMatePair(CGlPane& pane, const CLayoutMatePair* pair,
  190.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  192.     virtual void x_DrawPWAlign(CGlPane& pane, const CLayoutPWAlign* pw_aln,
  193.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected) const;
  195.     virtual void x_DrawPWAlignElem(CGlPane& pane, const CLayoutPWAlign* pw_aln,
  196.                     GLfloat row_y, EObj_IterMode mode, bool selected, 
  197.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_fg, 
  198.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_seq,
  199.                     CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement c_mis) const;
  202.     virtual void x_DrawGridLine(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, 
  203.                                 GLfloat row_y) const;
  205.     void x_Color(CSeqGraphicColorConfig::EDisplayElement e) const;
  206.     
  207.     void x_GetHTMLActiveAreas(CGlPane& pane, const CLayoutObject* obj, 
  208.                 GLfloat row_y, bool selected) const;
  209.     void x_AddGetHTMLActiveElement(string title, string tooltip, CGlPane& pane,
  210.                 const CLayoutObject* obj, GLfloat row_y, bool selected) const;
  211.     
  212.     // Row height calculations
  213.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  214.                 const CLayoutFeat* feat, bool selected) const;
  215.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  216.                 const CLayoutAlign* align, bool selected) const;
  217.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  218.                 const CLayoutAlignSmear* align, bool selected) const;
  219.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  220.                 const CLayoutFeatLabel* label, bool selected) const;
  221.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  222.                 const CLayoutProtProd* prot, bool selected) const;
  223.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  224.                 const CLayoutGraph* graph, bool selected) const;
  225.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  226.                 const CLayoutComment* comm, bool selected) const;
  227.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  228.                 const CLayoutSeqMap* seg, bool selected) const;
  229.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  230.                 const CLayoutFeatPack* pack, bool selected) const;
  231.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane, 
  232.                 const CLayoutHistogram* hist, bool selected) const;
  233.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane,
  234.                 const CLayoutSequence* seqs, bool selected) const;
  235.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane,
  236.                 const CLayoutMatePair* pair, bool selected) const;
  237.     virtual TModelUnit x_GetRowHeight(CGlPane& pane,
  238.                 const CLayoutPWAlign* pw_align, bool selected) const;
  240.     virtual void x_DrawSelection(CGlPane& pane,
  241.             TModelUnit x1, TModelUnit y1, TModelUnit x2, TModelUnit y2) const;
  242.     virtual void x_DrawQuad(CGlPane& pane,
  243.             TModelUnit x1, TModelUnit y1, TModelUnit x2, TModelUnit y2) const;
  245.     // Getting titles
  246.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutFeat* feat, string* title, 
  247.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  248.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutAlign* align, string* title,
  249.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  250.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutGraph* graph, string* title,
  251.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  252.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutFeatPack* pack, string* title,
  253.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  254.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutHistogram* hist, string* title,
  255.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  256.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutSeqMap* seg, string* title,
  257.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  258.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutSequence* seqs, string* title,
  259.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  260.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutMatePair* pair, string* title,
  261.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  262.     virtual void x_GetTitle(const CLayoutPWAlign* pw_align, string* title,
  263.                 CLabel::ELabelType type = CLabel::eDefault) const;
  264.     
  265.     // retrieve a set of labels for a given feature
  266.     void x_GetLabels(const objects::CSeq_feat& feat,
  267.                      objects::CScope& scope,
  268.                      string* label_type,
  269.                      string* label_content,
  270.                      string* label_both) const;
  273.     // x_PreparePlot and x_DrawPlot are for drawing
  274.     // three different kind of graphs: Byte, Real and Integer
  275.     //
  276.     // FixMe: Code below will be changed soon to use GetOffSetX and GetOffSetY
  277.     // methods of CGlPane
  278.     template <class T>
  279.     void x_DrawPlot(CGlPane& pane, const T& vec, int min_v, int max_v,
  280.                     TSeqRange range, GLfloat row_y, TModelUnit size) const
  281.     {
  282.         TModelUnit offsetX = pane.GetOffsetX();
  283.         TModelUnit offsetY = pane.GetOffsetY();
  284.         GLfloat delta  = max_v - min_v;        
  285.         GLfloat step   = (range.GetTo() - range.GetFrom()) / vec.size();
  286.         GLfloat yy     = row_y + 20 - offsetY;
  287.         
  288.         for (size_t j = 1;  j <= vec.size();  ++j) {
  289.             int curr_y = int( vec[j] );
  290.             int prev_y = int( vec[j-1] );
  292.             GLfloat yy1 = yy - 10 * (prev_y - min_v) / delta - 1.0f;
  293.             GLfloat yy2 = yy - 10 * (curr_y - min_v) / delta - 1.0f;
  294.         
  295.             GLfloat xx1 = range.GetFrom() + (step * (j-1));
  296.             GLfloat xx2 = range.GetFrom() + (step * j);
  297.             
  298.             glVertex2f(xx1 - offsetX, yy1);
  299.             glVertex2f(xx2 - offsetX, yy2);
  300.         }
  301.     }
  302.     
  303.     template <class T>
  304.     void x_PreparePlot(CGlPane& pane, const T& vec,
  305.                        TSeqRange range, GLfloat row_y, TModelUnit size) const
  306.     {
  307.         int min_v = int(vec.GetMin());    
  308.         int max_v = int(vec.GetMax());
  309.     
  310.         if (vec.CanGetValues()) {
  311.             x_DrawPlot(pane, vec.GetValues(), min_v, max_v, range, row_y, size);
  312.         }
  313.     }
  315. };
  319. END_NCBI_SCOPE
  323. /*
  324.  * ===========================================================================
  325.  * $Log: default_policy.hpp,v $
  326.  * Revision 1000.2  2004/06/01 19:53:16  gouriano
  327.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.18
  328.  *
  329.  * Revision 1.18  2004/05/14 16:00:28  lebedev
  330.  * Respect color defines for Mate Pairs error codes. Draw pair wise alignment strand
  331.  * indicators as arrows. Use CLabel::eTooltipDetailed mode for tooltips.
  332.  *
  333.  * Revision 1.17  2004/05/03 12:46:32  dicuccio
  334.  * gui/utils ->gui/objutils where needed
  335.  *
  336.  * Revision 1.16  2004/04/21 16:35:40  lebedev
  337.  * Support for pair-wise alignments added. Rendering of Mate Pairs changed.
  338.  * Return multiple HTML Active areas for Mate Pair objects.
  339.  *
  340.  * Revision 1.15  2004/04/16 14:34:36  dicuccio
  341.  * Use raw pointer for SetConfig() instead of CRef<>
  342.  *
  343.  * Revision 1.14  2004/04/14 11:25:50  lebedev
  344.  * Added rendering of Mate Pairs.
  345.  *
  346.  * Revision 1.13  2004/04/07 12:43:02  dicuccio
  347.  * Use CSeq_annot_Handle to get real name of annotation
  348.  *
  349.  * Revision 1.12  2004/04/06 13:30:47  dicuccio
  350.  * Formatting changes.  Removed dead code.
  351.  *
  352.  * Revision 1.11  2004/03/31 16:09:01  lebedev
  353.  * Methods to get HTML active areas added.
  354.  *
  355.  * Revision 1.10  2004/03/30 13:58:39  lebedev
  356.  * Use elements colors from configuration instead of setting colors directly.
  357.  *
  358.  * Revision 1.9  2004/03/26 15:46:03  lebedev
  359.  * Rendering of SeqGraphs fixed
  360.  *
  361.  * Revision 1.8  2004/03/23 12:33:56  lebedev
  362.  * Made sequence and histograms bars a layout objects in the object panel.
  363.  * Made segment map a number of layout objects. Get rid of fixed size rows in the object panel.
  364.  *
  365.  * Revision 1.7  2004/03/22 16:50:19  rsmith
  366.  * add x_DrawAlignmentSmear and x_GetRowHeight for alignment smears.
  367.  *
  368.  * Revision 1.6  2004/03/11 17:23:38  dicuccio
  369.  * Use TSeqRange instead of TRange.  Deprecated TIndex / TPosition / TDimension
  370.  *
  371.  * Revision 1.5  2004/02/24 14:47:15  lebedev
  372.  * Support for new types of layout objects added
  373.  *
  374.  * Revision 1.4  2004/01/16 13:37:57  lebedev
  375.  * Tooltips added
  376.  *
  377.  * Revision 1.3  2004/01/05 17:49:06  dicuccio
  378.  * Added x_GetLabels()
  379.  *
  380.  * Revision 1.2  2003/12/30 14:54:59  dicuccio
  381.  * Standardized export specifiers
  382.  *
  383.  * Revision 1.1  2003/12/16 18:58:59  lebedev
  384.  * Initial revision
  385.  *
  386.  * ===========================================================================
  387.  */
  389. #endif  // GUI_WIDGETS_SEQ_GRAPHIC___DEFAULT_POLICY__HPP