pw_alignment.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: pw_alignment.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 19:55:52  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef GUI_OBJUTILS___PW_ALIGNMENT__HPP
  10. #define GUI_OBJUTILS___PW_ALIGNMENT__HPP
  11. /*  $Id: pw_alignment.hpp,v 1000.0 2004/06/01 19:55:52 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Vlad Lebedev
  37.  *
  38.  * File Description:
  39.  *   CLayoutPWAlign -- utility class to layout pair-wise alignments
  40.  *      and hold CAlnVec objects
  41.  */
  42. #include <gui/objutils/alignment.hpp>
  43. /** @addtogroup GUI_OBJUTILS
  44.  *
  45.  * @{
  46.  */
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. class NCBI_GUIOBJUTILS_EXPORT CLayoutPWAlign : public CLayoutAlign
  49. {
  50. public:
  51.     // ctors
  52.     CLayoutPWAlign(const objects::CAlnVec& aln_mgr,
  53.                    const objects::CSeq_align& align);
  54.     // retrieve the type of this object
  55.     EType GetType() const;
  56. };
  57. inline
  58. CLayoutPWAlign::EType CLayoutPWAlign::GetType() const
  59. {
  60.     return eAlignPairwise;
  61. }
  62. END_NCBI_SCOPE
  63. /* @} */
  64. /*
  65.  * ===========================================================================
  66.  * $Log: pw_alignment.hpp,v $
  67.  * Revision 1000.0  2004/06/01 19:55:52  gouriano
  68.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  69.  *
  70.  * Revision 1.4  2004/05/14 14:24:47  dicuccio
  71.  * Added new pure virtual requirement on CLayoutObject(): GetType(), returns enum
  72.  * defined in CLayoutObject
  73.  *
  74.  * Revision 1.3  2004/05/03 13:34:54  dicuccio
  75.  * FIxed include guards, doxygen groups
  76.  *
  77.  * Revision 1.2  2004/05/03 12:41:35  dicuccio
  78.  * Fixed #includes and export specifiers
  79.  *
  80.  * Revision 1.1  2004/04/30 11:52:53  dicuccio
  81.  * Split out from gui/utils
  82.  *
  83.  * Revision 1.2  2004/04/20 19:15:22  dicuccio
  84.  * FOrmatting changes.  Added doxygen modules
  85.  *
  86.  * Revision 1.1  2004/04/15 12:58:19  lebedev
  87.  * Initial revision
  88.  *
  89.  * ===========================================================================
  90.  */
  91. #endif  // GUI_OBJUTILS___PW_ALIGNMENT__HPP