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sequence.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

sequence.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: sequence.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 19:56:02  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef GUI_OBJUTILS___SEQUENCE__HPP
  11. #define GUI_OBJUTILS___SEQUENCE__HPP
  13. /*  $Id: sequence.hpp,v 1000.0 2004/06/01 19:56:02 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Vlad Lebedev
  39.  *
  40.  * File Description:
  41.  *    CLayoutSequence -- utility class for having molecule 
  42.  *          sequence letters in graphical layouts.
  43.  */
  46. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  47. #include <gui/objutils/layout.hpp>
  48. #include <objects/seqloc/Seq_interval.hpp>
  51. /** @addtogroup GUI_OBJUTILS
  52.  *
  53.  * @{
  54.  */
  57. BEGIN_NCBI_SCOPE
  61. class NCBI_GUIOBJUTILS_EXPORT CLayoutSequence : public CLayoutObject
  62. {
  63. public:
  65.     // ctors
  66.     CLayoutSequence(string sequence);
  68.     //
  69.     // pure virtual requirements
  70.     //
  72.     const string&         GetSequence(void) const;
  74.     // access the position of this object.
  75.     const objects::CSeq_loc& GetLocation(void) const;
  77.     // access our core component - we wrap an object of some sort
  78.     const CObject* GetObject(TSeqPos pos) const;
  79.     bool HasObject(const CObject* obj) const;
  81.     // Comparators
  82.     bool LessByPos (const CLayoutObject& obj) const;
  83.     bool LessBySize(const CLayoutObject& obj) const;
  85.     // Is this layout object selectable in the viewers?
  86.     bool IsSelectable() const;
  88.     // retrieve the type of this object
  89.     EType GetType() const;
  91. protected:
  92.     // Location is not real. 
  93.     // Sequence will occupy an entire row in layout
  94.     CRef<objects::CSeq_loc> m_Location;
  95.     string m_Sequence;
  96. };
  100. inline
  101. bool CLayoutSequence::IsSelectable() const
  102. {
  103.     return false;
  104. }
  107. inline
  108. const string& CLayoutSequence::GetSequence(void) const
  109. {
  110.     return m_Sequence;
  111. }
  115. inline
  116. const objects::CSeq_loc& CLayoutSequence::GetLocation(void) const
  117. {
  118.     return *m_Location;
  119. }
  121. inline
  122. const CObject* CLayoutSequence::GetObject(TSeqPos pos) const
  123. {
  124.     return NULL;
  125. }
  127. inline
  128. bool CLayoutSequence::HasObject(const CObject* obj) const
  129. {
  130.     return false;
  131. }
  134. inline
  135. bool CLayoutSequence::LessByPos(const CLayoutObject& obj) const
  136. {
  137.     return false;
  138. }
  141. inline
  142. bool CLayoutSequence::LessBySize(const CLayoutObject& obj) const
  143. {
  144.     return false;
  145. }
  148. inline
  149. CLayoutSequence::EType CLayoutSequence::GetType() const
  150. {
  151.     return eSequence;
  152. }
  156. END_NCBI_SCOPE
  158. /* @} */
  162. /*
  163.  * ===========================================================================
  164.  * $Log: sequence.hpp,v $
  165.  * Revision 1000.0  2004/06/01 19:56:02  gouriano
  166.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  167.  *
  168.  * Revision 1.4  2004/05/14 14:24:47  dicuccio
  169.  * Added new pure virtual requirement on CLayoutObject(): GetType(), returns enum
  170.  * defined in CLayoutObject
  171.  *
  172.  * Revision 1.3  2004/05/03 13:34:54  dicuccio
  173.  * FIxed include guards, doxygen groups
  174.  *
  175.  * Revision 1.2  2004/05/03 12:41:35  dicuccio
  176.  * Fixed #includes and export specifiers
  177.  *
  178.  * Revision 1.1  2004/04/30 11:52:53  dicuccio
  179.  * Split out from gui/utils
  180.  *
  181.  * Revision 1.3  2004/04/16 14:27:17  dicuccio
  182.  * Added doxygen module tag
  183.  *
  184.  * Revision 1.2  2004/04/15 12:57:44  lebedev
  185.  * Changed GetObject to return NULL or const pointer based on given position
  186.  *
  187.  * Revision 1.1  2004/03/23 12:24:40  lebedev
  188.  * Initial revision
  189.  *
  190.  * ===========================================================================
  191.  */
  193. #endif  // GUI_OBJUTILS___SEQUENCE__HPP