cav_seqset.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: cav_seqset.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:19  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: cav_seqset.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:38:19 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Authors:  Paul Thiessen
  35. *
  36. * File Description:
  37. *      Classes to hold sets of sequences
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #ifndef CAV_SEQUENCE_SET__HPP
  42. #define CAV_SEQUENCE_SET__HPP
  43. #include <corelib/ncbistl.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  45. #include <string>
  46. #include <list>
  47. #include <vector>
  48. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  49. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. class CBioseq_set;
  52. class CBioseq;
  53. class CSeq_id;
  54. END_SCOPE(objects)
  55. typedef list < CRef < objects::CSeq_entry > > SeqEntryList;
  56. class Sequence;
  57. class MasterSlaveAlignment;
  58. class SequenceSet
  59. {
  60. private:
  61.     int status;
  62.     void UnpackSeqSet(const objects::CBioseq_set& bss);
  63.     void UnpackSeqEntry(const objects::CSeq_entry& seqEntry);
  64. public:
  65.     SequenceSet(const objects::CSeq_entry& seqEntry);
  66.     SequenceSet(const SeqEntryList& seqEntries);
  67.     ~SequenceSet();
  68.     typedef vector < const Sequence * > SequenceList;
  69.     SequenceList sequences;
  70.     int Status(void) const { return status; }
  71.     // there is one and only one sequence in this set that will be the master
  72.     // for all alignments of sequences from this set
  73.     const Sequence *master;
  74. };
  75. class Sequence
  76. {
  77. private:
  78.     int status;
  79. public:
  80.     Sequence(const objects::CBioseq& bioseq);
  81.     static const int NOT_SET;
  82.     int gi, pdbChain, mmdbLink;
  83.     string pdbID, sequenceString, accession, description;
  84.     CConstRef < objects::CBioseq > bioseqASN;
  85.     int Length(void) const { return sequenceString.size(); }
  86. objects::CSeq_id * CreateSeqId(void) const;
  87.     string GetTitle(void) const;
  88.     int Status(void) const { return status; }
  89. };
  90. END_NCBI_SCOPE
  91. #endif // CAV_SEQUENCE_SET__HPP
  92. /*
  93. * ---------------------------------------------------------------------------
  94. * $Log: cav_seqset.hpp,v $
  95. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:19  gouriano
  96. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  97. *
  98. * Revision 1.2  2004/05/08 10:56:34  thiessen
  99. * better handling of repeated sequences
  100. *
  101. * Revision 1.1  2003/03/19 19:05:31  thiessen
  102. * move again
  103. *
  104. * Revision 1.1  2003/03/19 05:33:43  thiessen
  105. * move to src/app/cddalignview
  106. *
  107. * Revision 1.6  2003/02/03 17:52:04  thiessen
  108. * move CVS Log to end of file
  109. *
  110. * Revision 1.5  2003/01/21 12:32:53  thiessen
  111. * move includes into src dir
  112. *
  113. * Revision 1.4  2001/01/29 18:13:41  thiessen
  114. * split into C-callable library + main
  115. *
  116. * Revision 1.3  2001/01/23 17:34:07  thiessen
  117. * add HTML output
  118. *
  119. * Revision 1.2  2001/01/22 15:54:12  thiessen
  120. * correctly set up ncbi namespacing
  121. *
  122. * Revision 1.1  2001/01/22 13:15:53  thiessen
  123. * initial checkin
  124. *
  125. */