cav_alignset.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: cav_alignset.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 20:57:08  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: cav_alignset.hpp,v 1000.0 2003/10/29 20:57:08 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
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  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Authors:  Paul Thiessen
  35. *
  36. * File Description:
  37. *      Classes to hold sets of master/slave pairwise alignments
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #ifndef CAV_ALIGNMENT_SET__HPP
  42. #define CAV_ALIGNMENT_SET__HPP
  43. #include <corelib/ncbistl.hpp>
  44. #include <list>
  45. #include <vector>
  46. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  49. class Seq_align;
  50. END_SCOPE(objects)
  51. typedef list < CRef < objects::CSeq_annot > > SeqAnnotList;
  52. class MasterSlaveAlignment;
  53. class Sequence;
  54. class SequenceSet;
  55. class AlignmentSet
  56. {
  57. private:
  58.     int status;
  59. public:
  60.     AlignmentSet(SequenceSet *seqSet, const SeqAnnotList& seqAnnots);
  61.     ~AlignmentSet(void);
  62.     typedef vector < const MasterSlaveAlignment * > AlignmentList;
  63.     AlignmentList alignments;
  64.     int Status(void) const { return status; }
  65.     // pointer to the master sequence for each pairwise master/slave alignment in this set
  66.     const Sequence *master;
  67. };
  68. class MasterSlaveAlignment
  69. {
  70. private:
  71.     int status;
  72. public:
  73.     MasterSlaveAlignment(const SequenceSet *sequenceSet, const Sequence *masterSequence,
  74.         const objects::CSeq_align& seqAlign);
  75.     // pointers to the sequences in this pairwise alignment
  76.     const Sequence *master, *slave;
  77.     // this vector maps slave residues onto the master - e.g., masterToSlave[10] = 5
  78.     // means that residue #10 in the master is aligned to residue #5 of the slave.
  79.     // Residues are numbered from zero. masterToSlave[n] = -1 means that master
  80.     // residue n is unaligned.
  81.     typedef vector < int > ResidueVector;
  82.     ResidueVector masterToSlave;
  83.     int Status(void) const { return status; }
  84. };
  85. END_NCBI_SCOPE
  86. #endif // CAV_ALIGNMENT_SET__HPP
  87. /*
  88. * ---------------------------------------------------------------------------
  89. * $Log: cav_alignset.hpp,v $
  90. * Revision 1000.0  2003/10/29 20:57:08  gouriano
  91. * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  92. *
  93. * Revision 1.1  2003/03/19 19:05:31  thiessen
  94. * move again
  95. *
  96. * Revision 1.1  2003/03/19 05:33:43  thiessen
  97. * move to src/app/cddalignview
  98. *
  99. * Revision 1.5  2003/02/03 17:52:03  thiessen
  100. * move CVS Log to end of file
  101. *
  102. * Revision 1.4  2003/01/21 12:28:30  thiessen
  103. * move includes into src dir
  104. *
  105. * Revision 1.3  2001/01/29 18:13:40  thiessen
  106. * split into C-callable library + main
  107. *
  108. * Revision 1.2  2001/01/22 15:54:10  thiessen
  109. * correctly set up ncbi namespacing
  110. *
  111. * Revision 1.1  2001/01/22 13:15:50  thiessen
  112. * initial checkin
  113. *
  114. */