开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
reader_pubseq.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：11k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

reader_pubseq.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: reader_pubseq.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:17  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.27
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef READER_PUBSEQ__HPP_INCLUDED
  11. #define READER_PUBSEQ__HPP_INCLUDED
  13. /*  $Id: reader_pubseq.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:38:17 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  16. *               National Center for Biotechnology Information
  17. *
  18. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  19. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  20. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  21. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  22. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  23. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  24. *
  25. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  26. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  27. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  28. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  29. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  30. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  31. *  purpose.
  32. *
  33. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. *  Author:  Anton Butanaev, Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. *  File Description: Data reader from Pubseq_OS
  39. *
  40. */
  42. #include <objtools/data_loaders/genbank/reader.hpp>
  43. #include <memory>
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. class CDB_Connection;
  48. class CDB_RPCCmd;
  49. class CDB_Result;
  50. class I_DriverContext;
  52. BEGIN_SCOPE(objects)
  55. class CPubseqReader;
  56. class CPubseqBlob;
  59. class NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT CPubseqReader : public CReader
  60. {
  61. public:
  62.     CPubseqReader(TConn parallelLevel = 2,
  63.                   const string& server = "PUBSEQ_OS",
  64.                   const string& user="anyone",
  65.                   const string& pswd = "allowed");
  67.     ~CPubseqReader();
  69.     virtual int ResolveSeq_id_to_gi(const CSeq_id& seqId, TConn conn);
  70.     virtual void ResolveSeq_id(TSeqrefs& sr, const CSeq_id& id, TConn conn);
  71.     virtual void RetrieveSeqrefs(TSeqrefs& sr, int gi, TConn conn);
  73.     virtual CRef<CTSE_Info> GetTSEBlob(const CSeqref& seqref, TConn conn);
  74.     virtual CRef<CSeq_annot_SNP_Info> GetSNPAnnot(const CSeqref& seqref,
  75.                                                   TConn conn);
  77.     virtual TConn GetParallelLevel(void) const;
  78.     virtual void SetParallelLevel(TConn);
  79.     CDB_Connection* GetConnection(TConn);
  80.     virtual void Reconnect(TConn);
  82. private:
  83.     CDB_Connection* x_GetConnection(TConn conn);
  84.     CDB_Connection* x_NewConnection(void);
  87.     void x_RetrieveSeqrefs(TSeqrefs& srs, CDB_RPCCmd& cmd, int gi);
  88.     CDB_RPCCmd* x_SendRequest(const CSeqref& seqref,
  89.                               CDB_Connection* db_conn,
  90.                               bool is_snp);
  91.     CDB_Result* x_ReceiveData(CDB_RPCCmd& cmd);
  93.     CRef<CTSE_Info> x_ReceiveMainBlob(CDB_Result& result);
  94.     CRef<CSeq_annot_SNP_Info> x_ReceiveSNPAnnot(CDB_Result& result);
  95.     
  96.     string                    m_Server;
  97.     string                    m_User;
  98.     string                    m_Password;
  99.     auto_ptr<I_DriverContext> m_Context;
  100.     vector<CDB_Connection *>  m_Pool;
  101.     bool                      m_NoMoreConnections;
  102. };
  106. END_SCOPE(objects)
  108. extern NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT const string kPubseqReaderDriverName;
  110. extern "C" 
  111. {
  113. void NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(
  114.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  115.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method);
  117. inline
  118. void NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_Pubseqos(
  119.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  120.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  121. {
  122.     NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(info_list, method);
  123. }
  125. inline
  126. void NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_ncbi_xreader_pubseqos(
  127.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  128.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  129. {
  130.     NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(info_list, method);
  131. }
  133. inline void 
  134. NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_ncbi_xreader_pubseqos(
  135.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  136.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  137. {
  138.     NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(info_list, method);
  139. }
  141. inline void 
  142. NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_Pubseqos_ncbi_xreader_pubseqos(
  143.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  144.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  145. {
  146.     NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(info_list, method);
  147. }
  149. inline void 
  150. NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_Pubseqos_ncbi_xreader_pubseqos(
  151.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  152.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  153. {
  154.     NCBI_EntryPoint_ReaderPubseqos(info_list, method);
  155. }
  157. } // extern C
  159. END_NCBI_SCOPE
  162. /*
  163. * $Log: reader_pubseq.hpp,v $
  164. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:17  gouriano
  165. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.27
  166. *
  167. * Revision 1.27  2004/02/04 17:48:24  kuznets
  168. * Fixed naming of entry points
  169. *
  170. * Revision 1.26  2004/02/04 17:44:26  kuznets
  171. * Fixed naming of DLL entry points.
  172. *
  173. * Revision 1.25  2004/01/22 20:10:34  vasilche
  174. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  175. * ID2 now specifies only protocol.
  176. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  177. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  178. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  179. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  180. * Protocol is processed by corresponding readers.
  181. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  182. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  183. *
  184. * Revision 1.24  2004/01/13 21:58:42  vasilche
  185. * Requrrected new version
  186. *
  187. * Revision 1.4  2004/01/13 16:55:54  vasilche
  188. * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  189. * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  190. *
  191. * Revision 1.3  2003/12/30 22:14:40  vasilche
  192. * Updated genbank loader and readers plugins.
  193. *
  194. * Revision 1.22  2003/12/19 19:47:44  vasilche
  195. * Added support for TRACE data, Seq-id ::= general { db "ti", tag id NNN }.
  196. *
  197. * Revision 1.21  2003/12/03 15:10:30  kuznets
  198. * Minor bug fixed.
  199. *
  200. * Revision 1.20  2003/12/03 14:28:23  kuznets
  201. * Added driver name constant.
  202. *
  203. * Revision 1.19  2003/12/02 16:17:42  kuznets
  204. * Added plugin manager support for CReader interface and implementaions
  205. * (id1 reader, pubseq reader)
  206. *
  207. * Revision 1.18  2003/11/26 17:55:54  vasilche
  208. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  209. * Fixed loading of splitted annotations.
  210. *
  211. * Revision 1.17  2003/10/21 14:27:34  vasilche
  212. * Added caching of gi -> sat,satkey,version resolution.
  213. * SNP blobs are stored in cache in preprocessed format (platform dependent).
  214. * Limit number of connections to GenBank servers.
  215. * Added collection of ID1 loader statistics.
  216. *
  217. * Revision 1.16  2003/09/30 16:21:59  vasilche
  218. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  219. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  220. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  221. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  222. * Optimized bioseq lookup in scope.
  223. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  224. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  225. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  226. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  227. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  228. *
  229. * Revision 1.15  2003/06/02 16:01:36  dicuccio
  230. * Rearranged include/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  231. *     - include/objects/alnmgr --> include/objtools/alnmgr
  232. *     - include/objects/cddalignview --> include/objtools/cddalignview
  233. *     - include/objects/flat --> include/objtools/flat
  234. *     - include/objects/objmgr/ --> include/objmgr/
  235. *     - include/objects/util/ --> include/objmgr/util/
  236. *     - include/objects/validator --> include/objtools/validator
  237. *
  238. * Revision 1.14  2003/04/24 16:12:37  vasilche
  239. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  240. * Removed excessive header dependencies.
  241. *
  242. * Revision 1.13  2003/04/15 15:30:14  vasilche
  243. * Added include <memory> when needed.
  244. * Removed buggy buffer in printing methods.
  245. * Removed unnecessary include of stream_util.hpp.
  246. *
  247. * Revision 1.12  2003/04/15 14:24:07  vasilche
  248. * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  249. *
  250. * Revision 1.11  2003/03/26 16:11:06  vasilche
  251. * Removed redundant const modifier from integral return types.
  252. *
  253. * Revision 1.10  2002/12/26 20:51:35  dicuccio
  254. * Added Win32 export specifier
  255. *
  256. * Revision 1.9  2002/07/08 20:50:56  grichenk
  257. * Moved log to the end of file
  258. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  259. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  260. *
  261. * Revision 1.8  2002/05/06 03:30:36  vakatov
  262. * OM/OM1 renaming
  263. *
  264. * Revision 1.7  2002/05/03 21:28:02  ucko
  265. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  266. *
  267. * Revision 1.6  2002/04/11 17:40:18  kimelman
  268. * recovery from bad commit
  269. *
  270. * Revision 1.5  2002/04/11 17:32:21  butanaev
  271. * Switched to using dbapi driver manager.
  272. *
  273. * Revision 1.4  2002/04/10 22:47:54  kimelman
  274. * added pubseq_reader as default one
  275. *
  276. * Revision 1.3  2002/04/09 18:48:14  kimelman
  277. * portability bugfixes: to compile on IRIX, sparc gcc
  278. *
  279. * Revision 1.2  2002/04/08 23:07:50  vakatov
  280. * #include <vector>
  281. * get rid of the "using ..." directive in the header
  282. *
  283. * Revision 1.1  2002/04/08 20:52:08  butanaev
  284. * Added PUBSEQ reader.
  285. *
  286. * Revision 1.7  2002/04/05 20:53:29  butanaev
  287. * Added code to detect database api availability.
  288. *
  289. * Revision 1.6  2002/04/03 18:37:33  butanaev
  290. * Replaced DBLink with dbapi.
  291. *
  292. * Revision 1.5  2001/12/19 19:42:13  butanaev
  293. * Implemented construction of PUBSEQ blob stream, CPubseqReader family  interfaces.
  294. *
  295. * Revision 1.4  2001/12/14 20:48:08  butanaev
  296. * Implemented fetching Seqrefs from PUBSEQ.
  297. *
  298. * Revision 1.3  2001/12/13 17:50:34  butanaev
  299. * Adjusted for new interface changes.
  300. *
  301. * Revision 1.2  2001/12/12 22:08:58  butanaev
  302. * Removed duplicate code, created frame for CPubseq* implementation.
  303. *
  304. */
  306. #endif // READER_PUBSEQ__HPP_INCLUDED