seqref_pubseq.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqref_pubseq.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:22  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef SEQREF_PUBSEQ__HPP_INCLUDED
  10. #define SEQREF_PUBSEQ__HPP_INCLUDED
  11. /*  $Id: seqref_pubseq.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:38:22 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14. *               National Center for Biotechnology Information
  15. *
  16. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  19. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22. *
  23. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29. *  purpose.
  30. *
  31. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. *  Author:  Anton Butanaev, Eugene Vasilchenko
  35. *
  36. *  File Description: support classes for data reader from Pubseq_OS
  37. *
  38. */
  39. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  40. #include <serial/serial.hpp>
  41. #include <serial/enumvalues.hpp>
  42. #include <serial/objistrasnb.hpp>
  43. #include <serial/objostrasnb.hpp>
  44. #include <util/bytesrc.hpp>
  45. #include <dbapi/driver/public.hpp>
  46. #include <memory>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  49. class NCBI_XREADER_PUBSEQOS_EXPORT CResultBtSrcRdr : public CByteSourceReader
  50. {
  51. public:
  52.     CResultBtSrcRdr(CDB_Result* result);
  53.     ~CResultBtSrcRdr();
  54.     virtual size_t Read(char* buffer, size_t bufferLength);
  55. private:
  56.     CDB_Result* m_Result;
  57. };
  58. END_SCOPE(objects)
  59. END_NCBI_SCOPE
  60. /*
  61. * $Log: seqref_pubseq.hpp,v $
  62. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:22  gouriano
  63. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
  64. *
  65. * Revision 1.2  2004/01/13 16:55:54  vasilche
  66. * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  67. * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  68. *
  69. * Revision 1.1  2003/12/30 22:14:41  vasilche
  70. * Updated genbank loader and readers plugins.
  71. *
  72. * Revision 1.11  2003/10/21 14:27:35  vasilche
  73. * Added caching of gi -> sat,satkey,version resolution.
  74. * SNP blobs are stored in cache in preprocessed format (platform dependent).
  75. * Limit number of connections to GenBank servers.
  76. * Added collection of ID1 loader statistics.
  77. *
  78. * Revision 1.10  2003/09/30 16:22:01  vasilche
  79. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  80. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  81. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  82. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  83. * Optimized bioseq lookup in scope.
  84. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  85. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  86. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  87. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  88. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  89. *
  90. * Revision 1.9  2003/08/27 14:24:43  vasilche
  91. * Simplified CCmpTSE class.
  92. *
  93. * Revision 1.8  2003/08/14 20:05:18  vasilche
  94. * Simple SNP features are stored as table internally.
  95. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  96. *
  97. * Revision 1.7  2003/07/24 20:36:48  vasilche
  98. * Fixed includes.
  99. *
  100. * Revision 1.6  2003/07/24 19:28:08  vasilche
  101. * Implemented SNP split for ID1 loader.
  102. *
  103. * Revision 1.5  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  104. * Reduced memory usage by feature indexes.
  105. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  106. * String compression for SNP data.
  107. *
  108. * Revision 1.4  2003/06/02 16:01:37  dicuccio
  109. * Rearranged include/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  110. *     - include/objects/alnmgr --> include/objtools/alnmgr
  111. *     - include/objects/cddalignview --> include/objtools/cddalignview
  112. *     - include/objects/flat --> include/objtools/flat
  113. *     - include/objects/objmgr/ --> include/objmgr/
  114. *     - include/objects/util/ --> include/objmgr/util/
  115. *     - include/objects/validator --> include/objtools/validator
  116. *
  117. * Revision 1.3  2003/04/15 16:31:37  dicuccio
  118. * Placed CResultBtSrcRdr in XOBJMGR Win32 export namespace (was
  119. * erroneously in XUTIL)
  120. *
  121. * Revision 1.2  2003/04/15 15:30:14  vasilche
  122. * Added include <memory> when needed.
  123. * Removed buggy buffer in printing methods.
  124. * Removed unnecessary include of stream_util.hpp.
  125. *
  126. * Revision 1.1  2003/04/15 14:24:08  vasilche
  127. * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  128. *
  129. */
  130. #endif // SEQREF_PUBSEQ__HPP_INCLUDED