开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
reader_id1.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：13k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

reader_id1.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: reader_id1.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:07  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.34
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef READER_ID1__HPP_INCLUDED
  11. #define READER_ID1__HPP_INCLUDED
  13. /*  $Id: reader_id1.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:38:07 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  16. *               National Center for Biotechnology Information
  17. *
  18. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  19. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  20. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  21. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  22. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  23. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  24. *
  25. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  26. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  27. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  28. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  29. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  30. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  31. *  purpose.
  32. *
  33. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. *  Author:  Anton Butanaev, Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. *  File Description: Data reader from ID1
  39. *
  40. */
  42. #include <objtools/data_loaders/genbank/reader.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. class CConn_ServiceStream;
  47. class CByteSourceReader;
  48. class CObjectIStream;
  50. BEGIN_SCOPE(objects)
  52. class CID1server_back;
  53. class CID1server_request;
  54. class CID1server_maxcomplex;
  55. class CID1blob_info;
  56. class CID2S_Split_Info;
  58. class NCBI_XREADER_ID1_EXPORT CId1Reader : public CReader
  59. {
  60. public:
  61.     CId1Reader(TConn noConn = 5);
  62.     ~CId1Reader();
  64.     virtual int ResolveSeq_id_to_gi(const CSeq_id& seqId, TConn conn);
  65.     virtual void ResolveSeq_id(TSeqrefs& sr, const CSeq_id& id, TConn conn);
  66.     virtual void RetrieveSeqrefs(TSeqrefs& sr, int gi, TConn conn);
  68.     CRef<CTSE_Info> GetTSEBlob(const CSeqref& seqref, TConn conn);
  69.     CRef<CSeq_annot_SNP_Info> GetSNPAnnot(const CSeqref& seqref, TConn conn);
  71.     virtual TConn GetParallelLevel(void) const;
  72.     virtual void SetParallelLevel(TConn noConn);
  73.     virtual void Reconnect(TConn conn);
  75.     int GetVersion(const CSeqref& seqref, TConn conn);
  77. protected:
  78.     CConn_ServiceStream* x_GetConnection(TConn conn);
  79.     CConn_ServiceStream* x_NewConnection(void);
  81.     static int CollectStatistics(void); // 0 - no stats, >1 - verbose
  82.     void PrintStatistics(void) const;
  83.     static void PrintStat(const char* type,
  84.                           size_t count, const char* what, double time);
  85.     static void PrintBlobStat(const char* type,
  86.                               size_t count, double bytes, double time);
  87.     static void LogStat(const char* type, const string& name, double time);
  88.     static void LogStat(const char* type,
  89.                         const string& name, const string& subkey, double time);
  90.     static void LogStat(const char* type, const CSeq_id& id, double time);
  91.     static void LogStat(const char* type,
  92.                         const CID1server_maxcomplex& maxplex, double time);
  93.     static void LogStat(const char* type, int gi, double time);
  94.     static void LogBlobStat(const char* type,
  95.                             const CSeqref& seqref, double bytes, double time);
  97.     virtual int x_GetVersion(const CSeqref& seqref, TConn conn);
  100.     virtual void x_GetTSEBlob(CID1server_back& id1_reply,
  101.                               CRef<CID2S_Split_Info>& split_info,
  102.                               const CSeqref&   seqref,
  103.                               TConn            conn);
  104.     virtual void x_GetSNPAnnot(CSeq_annot_SNP_Info& snp_info,
  105.                                const CSeqref&       seqref,
  106.                                TConn                conn);
  108.     virtual void x_ReadTSEBlob(CID1server_back& id1_reply,
  109.                                const CSeqref&   seqref,
  110.                                CNcbiIstream&    stream);
  111.     void x_ReadTSEBlob(CID1server_back& id1_reply,
  112.                        CObjectIStream& stream);
  113.     virtual void x_ReadSNPAnnot(CSeq_annot_SNP_Info& snp_info,
  114.                                 const CSeqref&       seqref,
  115.                                 CByteSourceReader&   reader);
  117.     void x_ResolveId(CID1server_back& id1_reply,
  118.                      const CID1server_request& id1_request,
  119.                      TConn conn);
  121.     void x_SendRequest(const CSeqref& seqref,
  122.                        CConn_ServiceStream* stream,
  123.                        bool is_snp);
  124.     void x_SetParams(const CSeqref& seqref,
  125.                      CID1server_maxcomplex& params,
  126.                      bool is_snp);
  128.     int x_GetVersion(const CID1blob_info& info) const;
  130. private:
  132.     CRef<CTSE_Info> x_ReceiveMainBlob(CConn_ServiceStream* stream);
  134.     vector<CConn_ServiceStream *> m_Pool;
  135.     bool                          m_NoMoreConnections;
  136. };
  139. END_SCOPE(objects)
  141. extern NCBI_XREADER_ID1_EXPORT const string kId1ReaderDriverName;
  143. extern "C" 
  144. {
  146. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_Id1Reader(
  147.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  148.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method);
  150. inline 
  151. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_Id1(
  152.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  153.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  154. {
  155.     NCBI_EntryPoint_Id1Reader(info_list, method);
  156. }
  158. inline 
  159. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_ncbi_xreader_id1(
  160.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  161.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  162. {
  163.     NCBI_EntryPoint_Id1Reader(info_list, method);
  164. }
  166. inline 
  167. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_ncbi_xreader_id1(
  168.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  169.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  170. {
  171.     NCBI_EntryPoint_Id1Reader(info_list, method);
  172. }
  174. inline 
  175. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_Reader_Id1_ncbi_xreader_id1(
  176.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  177.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  178. {
  179.     NCBI_EntryPoint_Id1Reader(info_list, method);
  180. }
  182. inline 
  183. void NCBI_XREADER_ID1_EXPORT NCBI_EntryPoint_Id1_ncbi_xreader_id1(
  184.      CPluginManager<objects::CReader>::TDriverInfoList&   info_list,
  185.      CPluginManager<objects::CReader>::EEntryPointRequest method)
  186. {
  187.     NCBI_EntryPoint_Id1Reader(info_list, method);
  188. }
  190. } // extern C
  192. END_NCBI_SCOPE
  195. /*
  196. * $Log: reader_id1.hpp,v $
  197. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:07  gouriano
  198. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.34
  199. *
  200. * Revision 1.34  2004/02/04 17:44:01  kuznets
  201. * Fixed naming of DLL entry points.
  202. *
  203. * Revision 1.33  2004/01/22 20:10:34  vasilche
  204. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  205. * ID2 now specifies only protocol.
  206. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  207. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  208. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  209. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  210. * Protocol is processed by corresponding readers.
  211. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  212. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  213. *
  214. * Revision 1.32  2004/01/13 21:58:42  vasilche
  215. * Requrrected new version
  216. *
  217. * Revision 1.4  2004/01/13 16:55:53  vasilche
  218. * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  219. * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  220. *
  221. * Revision 1.3  2003/12/30 22:14:40  vasilche
  222. * Updated genbank loader and readers plugins.
  223. *
  224. * Revision 1.30  2003/12/30 16:00:05  vasilche
  225. * Added support for new ICache (CBDB_Cache) interface.
  226. *
  227. * Revision 1.29  2003/12/19 19:47:44  vasilche
  228. * Added support for TRACE data, Seq-id ::= general { db "ti", tag id NNN }.
  229. *
  230. * Revision 1.28  2003/12/03 14:28:22  kuznets
  231. * Added driver name constant.
  232. *
  233. * Revision 1.27  2003/12/02 16:17:42  kuznets
  234. * Added plugin manager support for CReader interface and implementaions
  235. * (id1 reader, pubseq reader)
  236. *
  237. * Revision 1.26  2003/11/26 17:55:53  vasilche
  238. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  239. * Fixed loading of splitted annotations.
  240. *
  241. * Revision 1.25  2003/10/24 13:27:40  vasilche
  242. * Cached ID1 reader made more safe. Process errors and exceptions correctly.
  243. * Cleaned statistics printing methods.
  244. *
  245. * Revision 1.24  2003/10/21 16:32:50  vasilche
  246. * Cleaned ID1 statistics messages.
  247. * Now by setting GENBANK_ID1_STATS=1 CId1Reader collects and displays stats.
  248. * And by setting GENBANK_ID1_STATS=2 CId1Reader logs all activities.
  249. *
  250. * Revision 1.23  2003/10/21 14:27:34  vasilche
  251. * Added caching of gi -> sat,satkey,version resolution.
  252. * SNP blobs are stored in cache in preprocessed format (platform dependent).
  253. * Limit number of connections to GenBank servers.
  254. * Added collection of ID1 loader statistics.
  255. *
  256. * Revision 1.22  2003/10/14 18:31:53  vasilche
  257. * Added caching support for SNP blobs.
  258. * Added statistics collection of ID1 connection.
  259. *
  260. * Revision 1.21  2003/10/08 14:16:12  vasilche
  261. * Added version of blobs loaded from ID1.
  262. *
  263. * Revision 1.20  2003/10/01 18:06:58  kuznets
  264. * x_ReceiveSNPAnnot made public
  265. *
  266. * Revision 1.19  2003/10/01 16:54:50  kuznets
  267. * Relaxed scope restriction of CId1Reader::x_SendRequest() (private->protected)
  268. *
  269. * Revision 1.18  2003/09/30 19:38:26  vasilche
  270. * Added support for cached id1 reader.
  271. *
  272. * Revision 1.17  2003/09/30 16:21:59  vasilche
  273. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  274. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  275. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  276. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  277. * Optimized bioseq lookup in scope.
  278. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  279. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  280. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  281. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  282. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  283. *
  284. * Revision 1.16  2003/06/02 16:01:36  dicuccio
  285. * Rearranged include/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  286. *     - include/objects/alnmgr --> include/objtools/alnmgr
  287. *     - include/objects/cddalignview --> include/objtools/cddalignview
  288. *     - include/objects/flat --> include/objtools/flat
  289. *     - include/objects/objmgr/ --> include/objmgr/
  290. *     - include/objects/util/ --> include/objmgr/util/
  291. *     - include/objects/validator --> include/objtools/validator
  292. *
  293. * Revision 1.15  2003/04/24 16:12:37  vasilche
  294. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  295. * Removed excessive header dependencies.
  296. *
  297. * Revision 1.14  2003/04/15 14:24:07  vasilche
  298. * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  299. *
  300. * Revision 1.13  2003/03/26 16:11:06  vasilche
  301. * Removed redundant const modifier from integral return types.
  302. *
  303. * Revision 1.12  2003/03/01 22:26:07  kimelman
  304. * performance fixes
  305. *
  306. * Revision 1.11  2003/02/04 16:02:22  dicuccio
  307. * Moved headers unecessarily included here into the .cpp file
  308. *
  309. * Revision 1.10  2002/12/26 20:51:35  dicuccio
  310. * Added Win32 export specifier
  311. *
  312. * Revision 1.9  2002/07/08 20:50:56  grichenk
  313. * Moved log to the end of file
  314. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  315. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  316. *
  317. * Revision 1.8  2002/05/06 03:30:36  vakatov
  318. * OM/OM1 renaming
  319. *
  320. * Revision 1.7  2002/05/03 21:28:02  ucko
  321. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  322. *
  323. * Revision 1.6  2002/03/27 20:22:32  butanaev
  324. * Added connection pool.
  325. *
  326. * Revision 1.5  2002/03/26 18:48:31  butanaev
  327. * Fixed bug not deleting streambuf.
  328. *
  329. * Revision 1.4  2002/03/21 19:14:52  kimelman
  330. * GB related bugfixes
  331. *
  332. * Revision 1.3  2002/03/21 01:34:51  kimelman
  333. * gbloader related bugfixes
  334. *
  335. * Revision 1.2  2002/03/20 04:50:35  kimelman
  336. * GB loader added
  337. *
  338. * Revision 1.1  2002/01/11 19:04:03  gouriano
  339. * restructured objmgr
  340. *
  341. * Revision 1.6  2001/12/13 00:20:55  kimelman
  342. * bugfixes:
  343. *
  344. * Revision 1.5  2001/12/12 21:43:47  kimelman
  345. * more meaningfull Compare
  346. *
  347. * Revision 1.4  2001/12/10 20:07:24  butanaev
  348. * Code cleanup.
  349. *
  350. * Revision 1.3  2001/12/07 21:25:19  butanaev
  351. * Interface development, code beautyfication.
  352. *
  353. * Revision 1.2  2001/12/07 17:02:06  butanaev
  354. * Fixed includes.
  355. *
  356. * Revision 1.1  2001/12/07 16:11:45  butanaev
  357. * Switching to new reader interfaces.
  358. *
  359. * Revision 1.2  2001/12/06 18:06:22  butanaev
  360. * Ported to linux.
  361. *
  362. * Revision 1.1  2001/12/06 14:35:23  butanaev
  363. * New streamable interfaces designed, ID1 reimplemented.
  364. *
  365. */
  367. #endif // READER_ID1__HPP_INCLUDED