开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
seqref.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：10k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seqref.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seqref.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:37:57  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef SEQREF__HPP_INCLUDED
  11. #define SEQREF__HPP_INCLUDED
  12. /* */
  14. /*  $Id: seqref.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:37:57 gouriano Exp $
  15. * ===========================================================================
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. * ===========================================================================
  36. *
  37. *  Author:  Eugene Vasilchenko
  38. *
  39. *  File Description: Base data reader interface
  40. *
  41. */
  43. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  44. #include <utility>
  45. #include <string>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  50. class NCBI_XREADER_EXPORT CSeqref : public CObject
  51. {
  52. public:
  53.     CSeqref(void);
  54.     CSeqref(int gi, int sat, int satkey);
  55.     virtual ~CSeqref(void);
  56.     
  57.     typedef TSeqPos TPos;
  58.     typedef unsigned TConn;
  60.     typedef pair<int, int> TKeyByTSE;
  62.     const string print(void)    const;
  63.     const string printTSE(void) const;
  64.     static const string printTSE(const TKeyByTSE& key);
  66.     enum FFlags {
  67.         fHasCore     = 1 << 0,
  68.         fHasDescr    = 1 << 1,
  69.         fHasSeqMap   = 1 << 2,
  70.         fHasSeqData  = 1 << 3,
  71.         fHasFeatures = 1 << 4,
  72.         fHasExternal = 1 << 5,
  73.         fHasAlign    = 1 << 6,
  74.         fHasGraph    = 1 << 7,
  76.         fHasAll      = (1 << 16)-1,
  77.         fHasAllLocal = fHasCore | fHasDescr | fHasSeqMap | fHasSeqData,
  79.         fPossible    = 1 << 16,
  80.         fPrivate     = 1 << 17
  81.     };
  82.     typedef int TFlags;
  84.     int GetGi() const
  85.         {
  86.             return m_Gi;
  87.         }
  88.     int GetSat() const
  89.         {
  90.             return m_Sat;
  91.         }
  92.     int GetSatKey() const
  93.         {
  94.             return m_SatKey;
  95.         }
  97.     TKeyByTSE GetKeyByTSE(void) const
  98.         {
  99.             return TKeyByTSE(m_Sat, m_SatKey);
  100.         }
  102.     bool SameTSE(const CSeqref& seqRef) const
  103.         {
  104.             return m_Sat == seqRef.m_Sat && m_SatKey == seqRef.m_SatKey;
  105.         }
  106.     bool SameSeq(const CSeqref& seqRef) const
  107.         {
  108.             return m_Sat == seqRef.m_Sat && m_SatKey == seqRef.m_SatKey &&
  109.                 m_Gi == seqRef.m_Gi;
  110.         }
  111.     bool LessByTSE(const CSeqref& seqRef) const
  112.         {
  113.             return
  114.                 m_Sat < seqRef.m_Sat ||
  115.                 m_Sat == seqRef.m_Sat && m_SatKey < seqRef.m_SatKey;
  116.         }
  117.     bool LessBySeq(const CSeqref& seqRef) const
  118.         {
  119.             return
  120.                 m_Sat < seqRef.m_Sat ||
  121.                 m_Sat == seqRef.m_Sat &&
  122.                 (m_SatKey < seqRef.m_SatKey ||
  123.                  m_SatKey == seqRef.m_SatKey && m_Gi < seqRef.m_Gi);
  124.         }
  126.     TFlags  GetFlags() const
  127.         {
  128.             return m_Flags;
  129.         }
  130.     void SetFlags(TFlags flags)
  131.         {
  132.             m_Flags = flags;
  133.         }
  135.     int GetVersion(void) const
  136.         {
  137.             return m_Version;
  138.         }
  139.     void SetVersion(int version)
  140.         {
  141.             m_Version = version;
  142.         }
  144. protected:
  145.     TFlags  m_Flags;
  147.     int m_Gi;
  148.     int m_Sat;
  149.     int m_SatKey;
  150.     int m_Version;
  151. };
  154. END_SCOPE(objects)
  155. END_NCBI_SCOPE
  157. /*
  158. * $Log: seqref.hpp,v $
  159. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:37:57  gouriano
  160. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  161. *
  162. * Revision 1.1  2004/01/13 16:55:53  vasilche
  163. * CReader, CSeqref and some more classes moved from xobjmgr to separate lib.
  164. * Headers moved from include/objmgr to include/objtools/data_loaders/genbank.
  165. *
  166. * Revision 1.35  2003/12/19 19:47:43  vasilche
  167. * Added support for TRACE data, Seq-id ::= general { db "ti", tag id NNN }.
  168. *
  169. * Revision 1.34  2003/12/02 16:17:42  kuznets
  170. * Added plugin manager support for CReader interface and implementaions
  171. * (id1 reader, pubseq reader)
  172. *
  173. * Revision 1.33  2003/11/26 17:55:53  vasilche
  174. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  175. * Fixed loading of splitted annotations.
  176. *
  177. * Revision 1.32  2003/10/27 18:50:48  vasilche
  178. * Detect 'private' blobs in ID1 reader.
  179. * Avoid reconnecting after ID1 server replied with error packet.
  180. *
  181. * Revision 1.31  2003/10/27 15:05:41  vasilche
  182. * Added correct recovery of cached ID1 loader if gi->sat/satkey cache is invalid.
  183. * Added recognition of ID1 error codes: private, etc.
  184. * Some formatting of old code.
  185. *
  186. * Revision 1.30  2003/10/08 14:16:12  vasilche
  187. * Added version of blobs loaded from ID1.
  188. *
  189. * Revision 1.29  2003/10/07 13:43:22  vasilche
  190. * Added proper handling of named Seq-annots.
  191. * Added feature search from named Seq-annots.
  192. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  193. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  194. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  195. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  196. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  197. *
  198. * Revision 1.28  2003/09/30 16:21:59  vasilche
  199. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  200. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  201. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  202. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  203. * Optimized bioseq lookup in scope.
  204. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  205. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  206. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  207. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  208. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  209. *
  210. * Revision 1.27  2003/08/27 14:24:43  vasilche
  211. * Simplified CCmpTSE class.
  212. *
  213. * Revision 1.26  2003/08/14 21:34:42  kans
  214. * fixed inconsistent line endings that stopped Mac compilation
  215. *
  216. * Revision 1.25  2003/08/14 20:05:18  vasilche
  217. * Simple SNP features are stored as table internally.
  218. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  219. *
  220. * Revision 1.24  2003/07/24 19:28:08  vasilche
  221. * Implemented SNP split for ID1 loader.
  222. *
  223. * Revision 1.23  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  224. * Reduced memory usage by feature indexes.
  225. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  226. * String compression for SNP data.
  227. *
  228. * Revision 1.22  2003/04/24 16:12:37  vasilche
  229. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  230. * Removed excessive header dependencies.
  231. *
  232. * Revision 1.21  2003/04/15 15:30:14  vasilche
  233. * Added include <memory> when needed.
  234. * Removed buggy buffer in printing methods.
  235. * Removed unnecessary include of stream_util.hpp.
  236. *
  237. * Revision 1.20  2003/04/15 14:24:07  vasilche
  238. * Changed CReader interface to not to use fake streams.
  239. *
  240. * Revision 1.19  2003/03/26 16:11:06  vasilche
  241. * Removed redundant const modifier from integral return types.
  242. *
  243. * Revision 1.18  2003/02/25 22:03:31  vasilche
  244. * Fixed identation.
  245. *
  246. * Revision 1.17  2002/12/26 20:51:35  dicuccio
  247. * Added Win32 export specifier
  248. *
  249. * Revision 1.16  2002/07/08 20:50:56  grichenk
  250. * Moved log to the end of file
  251. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  252. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  253. *
  254. * Revision 1.15  2002/05/06 20:37:08  ucko
  255. * Drop redundant CIStream:: which generated warnings under some compilers.
  256. *
  257. * Revision 1.14  2002/05/03 21:28:01  ucko
  258. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  259. *
  260. * Revision 1.13  2002/04/08 18:37:56  ucko
  261. * Use IOS_BASE instead of ios_base for compatibility with old compilers.
  262. *
  263. * Revision 1.12  2002/03/27 20:22:32  butanaev
  264. * Added connection pool.
  265. *
  266. * Revision 1.11  2002/03/26 20:23:21  coremake
  267. * fake change
  268. *
  269. * Revision 1.10  2002/03/26 20:19:23  coremake
  270. * fake change
  271. *
  272. * Revision 1.9  2002/03/26 20:07:05  coremake
  273. * fake change
  274. *
  275. * Revision 1.8  2002/03/26 19:43:01  butanaev
  276. * Fixed compilation for g++.
  277. *
  278. * Revision 1.7  2002/03/26 18:48:30  butanaev
  279. * Fixed bug not deleting streambuf.
  280. *
  281. * Revision 1.6  2002/03/26 17:16:59  kimelman
  282. * reader stream fixes
  283. *
  284. * Revision 1.5  2002/03/22 18:49:23  kimelman
  285. * stream fix: WS skipping in binary stream
  286. *
  287. * Revision 1.4  2002/03/21 19:14:52  kimelman
  288. * GB related bugfixes
  289. *
  290. * Revision 1.3  2002/03/21 01:34:50  kimelman
  291. * gbloader related bugfixes
  292. *
  293. * Revision 1.2  2002/03/20 04:50:35  kimelman
  294. * GB loader added
  295. *
  296. * Revision 1.1  2002/01/11 19:04:03  gouriano
  297. * restructured objmgr
  298. *
  299. * Revision 1.5  2001/12/13 00:20:55  kimelman
  300. * bugfixes:
  301. *
  302. * Revision 1.4  2001/12/12 21:42:27  kimelman
  303. * a) int -> unsigned long
  304. * b) bool Compare -> int Compare
  305. *
  306. * Revision 1.3  2001/12/10 20:07:24  butanaev
  307. * Code cleanup.
  308. *
  309. * Revision 1.2  2001/12/07 21:25:19  butanaev
  310. * Interface development, code beautyfication.
  311. *
  312. * Revision 1.1  2001/12/07 16:11:44  butanaev
  313. * Switching to new reader interfaces.
  314. *
  315. * Revision 1.2  2001/12/06 18:06:22  butanaev
  316. * Ported to linux.
  317. *
  318. * Revision 1.1  2001/12/06 14:35:23  butanaev
  319. * New streamable interfaces designed, ID1 reimplemented.
  320. *
  321. */
  323. #endif//SEQREF__HPP_INCLUDED