agp_read.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: agp_read.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: agp_read.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:38:27 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors: Josh Cherry
  35.  *
  36.  * File Description:  Read agp file
  37.  */
  38. #ifndef OBJTOOLS_READERS___AGP_READ__HPP
  39. #define OBJTOOLS_READERS___AGP_READ__HPP
  40. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  41. #include <objects/seq/Bioseq.hpp>
  42. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  43. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. /// Read an agp file from a stream, constructing delta sequences
  46. void NCBI_XOBJREAD_EXPORT AgpRead(CNcbiIstream& is,
  47.                                   vector<CRef<objects::CBioseq> >& bioseqs);
  48. /// Same thing, but wrap bioseqs in Seq-entry's.
  49. void NCBI_XOBJREAD_EXPORT AgpRead(CNcbiIstream& is,
  50.                                   vector<CRef<objects::CSeq_entry> >& entries);
  51. /// Return a Bioseq-set containing everything.
  52. CRef<objects::CBioseq_set> NCBI_XOBJREAD_EXPORT AgpRead(CNcbiIstream& is);
  53. END_NCBI_SCOPE
  54. #endif  // OBJTOOLS_READERS___AGP_READ__HPP
  55. /*
  56.  * =========================================================================
  57.  * $Log: agp_read.hpp,v $
  58.  * Revision 1000.0  2004/04/12 17:38:27  gouriano
  59.  * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  60.  *
  61.  * Revision 1.1  2003/12/08 15:49:33  jcherry
  62.  * Initial version
  63.  *
  64.  * =========================================================================
  65.  */