生物技术

开发平台：
C/C++

gather_items.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: gather_items.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:46  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef OBJTOOLS_FORMAT___GATHER_ITEMS__HPP
#define OBJTOOLS_FORMAT___GATHER_ITEMS__HPP
/*  $Id: gather_items.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:38:46 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
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*
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*
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*
* Author:  Mati Shomrat
*
* File Description:
*
*/
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <corelib/ncbiobj.hpp>
#include <objtools/format/context.hpp>
#include <objtools/format/flat_file_config.hpp>
#include <objtools/format/items/comment_item.hpp>
#include <objtools/format/items/feature_item.hpp>
#include <deque>
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(objects)
class CBioseq_Handle;
class CSeq_feat;
class CFlatItemOStream;
class CFlatGatherer : public CObject
{
public:
    
    // virtual constructor
    static CFlatGatherer* New(CFlatFileConfig::TFormat format);
    virtual void Gather(CFlatFileContext& ctx, CFlatItemOStream& os) const;
    virtual ~CFlatGatherer(void);
protected:
    typedef CRange<TSeqPos> TRange;
    CFlatGatherer(void) {}
    CFlatItemOStream& ItemOS     (void) const { return *m_ItemOS;  }
    CBioseqContext& Context      (void) const { return *m_Current; }
    const CFlatFileConfig& Config(void) const { return m_Context->GetConfig(); }
    virtual void x_GatherSeqEntry(const CSeq_entry_Handle& entry) const;
    virtual void x_GatherBioseq(const CBioseq_Handle& seq) const;
    virtual void x_DoMultipleSections(const CBioseq_Handle& seq) const;
    virtual bool x_DisplayBioseq(const CSeq_entry_Handle& entry,
        const CBioseq_Handle& seq) const;
    virtual void x_DoSingleSection(CBioseqContext& ctx) const = 0;
    // references
    void x_GatherReferences(void) const;
    // features
    void x_GatherFeatures  (void) const;
    void x_GetFeatsOnCdsProduct(const CSeq_feat& feat, CBioseqContext& ctx,
        CRef<CSeq_loc_Mapper>& mapper) const;
    void x_CopyCDSFromCDNA(const CSeq_feat& feat, CBioseqContext& ctx) const;
    bool x_SkipFeature(const CSeq_feat& feat, const CBioseqContext& ctx) const;
    void x_GatherFeaturesOnLocation(const CSeq_loc& loc, SAnnotSelector& sel,
        CBioseqContext& ctx) const;
    // source features
    typedef CRef<CSourceFeatureItem>    TSFItem;
    typedef deque<TSFItem>              TSourceFeatSet;
    void x_GatherSourceFeatures(void) const;
    void x_CollectBioSources(TSourceFeatSet& srcs) const;
    void x_CollectBioSourcesOnBioseq(const CBioseq_Handle& bh,
        const TRange& range, CBioseqContext& ctx, TSourceFeatSet& srcs) const;
    void x_CollectSourceDescriptors(const CBioseq_Handle& bh, CBioseqContext& ctx,
        TSourceFeatSet& srcs) const;
    void x_CollectSourceFeatures(const CBioseq_Handle& bh,
        const TRange& range, CBioseqContext& ctx,
        TSourceFeatSet& srcs) const;
    void x_MergeEqualBioSources(TSourceFeatSet& srcs) const;
    void x_SubtractFromFocus(TSourceFeatSet& srcs) const;
    // comments
    void x_GatherComments  (void) const;
    void x_AddComment(CCommentItem* comment) const;
    void x_AddGSDBComment(const CDbtag& dbtag, CBioseqContext& ctx) const;
    void x_FlushComments(void) const;
    void x_IdComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_RefSeqComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_HistoryComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_WGSComment(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_GBBSourceComment(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_DescComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_MaplocComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_RegionComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_HTGSComments(CBioseqContext& ctx) const;
    void x_FeatComments(CBioseqContext& ctx) const;
    // sequence 
    void x_GatherSequence  (void) const;
    
private:
    CFlatGatherer(const CFlatGatherer&);
    CFlatGatherer& operator=(const CFlatGatherer&);
    // types
    typedef vector< CRef<CCommentItem> > TCommentVec;
    // data
    mutable CRef<CFlatItemOStream>   m_ItemOS;
    mutable CRef<CFlatFileContext>   m_Context;
    mutable CRef<CBioseqContext>     m_Current;
    mutable TCommentVec              m_Comments;
};
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
/*
* ===========================================================================
*
* $Log: gather_items.hpp,v $
* Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:46  gouriano
* PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.12
*
* Revision 1.12  2004/05/06 17:45:08  shomrat
* private methods changes
*
* Revision 1.11  2004/04/27 15:10:30  shomrat
* use TRange instead of CRange<TSeqPos>
*
* Revision 1.10  2004/04/22 15:44:29  shomrat
* Changes in context
*
* Revision 1.9  2004/03/26 21:58:06  ucko
* +<context.hpp> due to use of CRef<CBioseqContext>, which requires a full
* declaration with some compilers.
*
* Revision 1.8  2004/03/26 17:21:57  shomrat
* + typedef TCommentVec
*
* Revision 1.7  2004/03/25 20:31:28  shomrat
* Use handles
*
* Revision 1.6  2004/03/16 15:40:21  vasilche
* Added required include
*
* Revision 1.5  2004/03/12 16:54:32  shomrat
* + x_DisplayBioseq
*
* Revision 1.4  2004/02/11 22:47:14  shomrat
* using types in flag file
*
* Revision 1.3  2004/02/11 16:41:30  shomrat
* modification to feature gathering methods
*
* Revision 1.2  2004/01/14 15:54:06  shomrat
* added source indicator to x_GatherFeatures (temporary)
*
* Revision 1.1  2003/12/17 19:52:53  shomrat
* Initial revision (adapted from flat lib)
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*/
#endif  /* OBJTOOLS_FORMAT___GATHER_INFO__HPP */

						