locus_item.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: locus_item.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:50  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___LOCUS_ITEM__HPP
  10. #define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___LOCUS_ITEM__HPP
  11. /*  $Id: locus_item.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:39:50 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  37. *          Mati Shomrat
  38. *
  39. * File Description:
  40. *   Locus item for flat-file generator
  41. *
  42. */
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <objects/seq/MolInfo.hpp>
  45. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp>
  46. #include <objtools/format/items/item_base.hpp>
  47. BEGIN_NCBI_SCOPE
  48. BEGIN_SCOPE(objects)
  49. class CBioseq_Handle;
  50. class CDate;
  51. class CBioseqContext;
  52. class IFormatter;
  53. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  54. //
  55. // Locus
  56. class CLocusItem : public CFlatItem
  57. {
  58. public:
  59.     typedef CMolInfo::TBiomol       TBiomol;
  60.     typedef CSeq_inst::TStrand      TStrand;
  61.     typedef CSeq_inst::TTopology    TTopology;
  62.     CLocusItem(CBioseqContext& ctx);
  63.     void Format(IFormatter& formatter, IFlatTextOStream& text_os) const;
  64.     const string& GetName     (void) const;
  65.     size_t        GetLength   (void) const;
  66.     TStrand       GetStrand   (void) const;
  67.     TBiomol       GetBiomol   (void) const;
  68.     TTopology     GetTopology (void) const;
  69.     const string& GetDivision (void) const;
  70.     const string& GetDate     (void) const;
  71. private:
  72.     void x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx);
  73.     void x_SetName(CBioseqContext& ctx);
  74.     void x_SetLength(CBioseqContext& ctx);
  75.     void x_SetStrand(CBioseqContext& ctx);
  76.     void x_SetBiomol(CBioseqContext& ctx);
  77.     void x_SetTopology(CBioseqContext& ctx);
  78.     void x_SetDivision(CBioseqContext& ctx);
  79.     void x_SetDate(CBioseqContext& ctx);
  80.     const CDate* x_GetDateForBioseq(const CBioseq_Handle& bsh) const;
  81.     const CDate* x_GetLaterDate(const CDate* d1, const CDate* d2) const;
  82.     bool x_NameHasBadChars(const string& name) const;
  83.     // data
  84.     string          m_Name;
  85.     size_t          m_Length;
  86.     TStrand         m_Strand;
  87.     TBiomol         m_Biomol;
  88.     TTopology       m_Topology;
  89.     string          m_Division;
  90.     string          m_Date;
  91. };
  92. END_SCOPE(objects)
  93. END_NCBI_SCOPE
  94. /*
  95. * ===========================================================================
  96. *
  97. * $Log: locus_item.hpp,v $
  98. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:50  gouriano
  99. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  100. *
  101. * Revision 1.2  2004/04/22 15:37:32  shomrat
  102. * Changes in context
  103. *
  104. * Revision 1.1  2003/12/17 19:48:58  shomrat
  105. * Initial revision (adapted from flat lib)
  106. *
  107. *
  108. * ===========================================================================
  109. */
  110. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___LOCUS_ITEM__HPP */