生物技术

开发平台：
C/C++

accession_item.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: accession_item.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:07  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___ACCESSION_ITEM__HPP
#define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___ACCESSION_ITEM__HPP
/*  $Id: accession_item.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:39:07 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
*               National Center for Biotechnology Information
*
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
*  the author's official duties as a United States Government employee and
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
*
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
*  purpose.
*
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
*
* ===========================================================================
*
* Author:  Aaron Ucko, NCBI
*          Mati Shomrat
*
* File Description:
*   Accession item for flat-file generator
*   
*
*/
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <util/range.hpp>
#include <list>
#include <objtools/format/items/item_base.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(objects)
class CBioseqContext;
class IFormatter;
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//
// Accession
class CAccessionItem : public CFlatItem
{
public:
    // typedef
    typedef list<string>    TExtra_accessions;
    typedef CRange<TSeqPos> TRegion;
    CAccessionItem(CBioseqContext& ctx);
    void Format(IFormatter& formatter, IFlatTextOStream& text_os) const;
    
    const string& GetAccession(void) const;
    const string& GetWGSAccession(void) const;
    const TExtra_accessions& GetExtraAccessions(void) const;
    bool  IsSetRegion(void) const;
    const TRegion& GetRegion(void) const;
private:
    void x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx);
    // data
    string              m_Accession;
    string              m_WGSAccession;
    TExtra_accessions   m_ExtraAccessions;
    TRegion             m_Region;
    bool                m_IsSetRegion;
};
/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
//  inline methods
inline
const string& CAccessionItem::GetAccession(void) const
{
    return m_Accession;
}
inline
const string& CAccessionItem::GetWGSAccession(void) const
{
    return m_WGSAccession;
}
inline
const CAccessionItem::TExtra_accessions& CAccessionItem::GetExtraAccessions(void) const
{
    return m_ExtraAccessions;
}
inline
bool CAccessionItem::IsSetRegion(void) const
{
    return m_IsSetRegion;
}
inline
const CAccessionItem::TRegion& CAccessionItem::GetRegion(void) const
{
    return m_Region;
}
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
/*
* ===========================================================================
*
* $Log: accession_item.hpp,v $
* Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:07  gouriano
* PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
*
* Revision 1.3  2004/04/22 15:33:58  shomrat
* Changes in context; + Region
*
* Revision 1.2  2004/04/13 16:41:54  shomrat
* + GetWGSAccession(); inlined methods
*
* Revision 1.1  2003/12/17 19:44:34  shomrat
* Initial revision (adapted from flat lib)
*
*
* ===========================================================================
*/
#endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___ACCESSION_ITEM__HPP */

						