flat_seqloc.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: flat_seqloc.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:38  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___FLAT_SEQLOC__HPP
  10. #define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___FLAT_SEQLOC__HPP
  11. /*  $Id: flat_seqloc.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:39:38 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   new (early 2003) flat-file generator -- location representation
  40. *
  41. */
  42. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  43. #include <util/range.hpp>
  44. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. BEGIN_SCOPE(objects)
  47. // forward declarations
  48. class CInt_fuzz;
  49. class CSeq_id;
  50. class CSeq_interval;
  51. class CSeq_loc;
  52. class CBioseqContext;
  53. class CFlatGapLoc : public CSeq_loc
  54. {
  55. public:
  56.     typedef TSeqPos TLength;
  57.     CFlatGapLoc(TLength value) : m_Length(value) { SetNull(); }
  58.     TLength GetLength(void) const { return m_Length; }
  59.     void SetLength(const TLength& value) { m_Length = value; }
  60. private:
  61.     TLength m_Length;
  62. };
  63. class CFlatSeqLoc : public CObject // derived from CObject to allow for caching
  64. {
  65. public:
  66.     enum EType
  67.     {
  68.         eType_location,     // Seq-loc
  69.         eType_assembly      // Genome assembly
  70.     };
  71.     typedef EType     TType;
  72.     
  73.     CFlatSeqLoc(const CSeq_loc& loc, CBioseqContext& ctx, 
  74.         TType type = eType_location);
  75.     const string&     GetString(void)    const { return m_String;    }
  76.     
  77. private:
  78.     void x_Add(const CSeq_loc& loc, CNcbiOstrstream& oss,
  79.         CBioseqContext& ctx, TType type, bool show_comp);
  80.     void x_Add(const CSeq_interval& si, CNcbiOstrstream& oss,
  81.         CBioseqContext& ctx, TType type, bool show_comp);
  82.     void x_Add(const CSeq_point& pnt, CNcbiOstrstream& oss,
  83.         CBioseqContext& ctx, TType type, bool show_comp);
  84.     void x_Add(TSeqPos pnt, const CInt_fuzz* fuzz, CNcbiOstrstream& oss,
  85.         bool html = false);
  86.     void x_AddID(const CSeq_id& id, CNcbiOstrstream& oss,
  87.         CBioseqContext& ctx, TType type);
  88.     // data
  89.     string     m_String;    // whole location, as a GB-style string
  90. };
  91. END_SCOPE(objects)
  92. END_NCBI_SCOPE
  93. /*
  94. * ===========================================================================
  95. *
  96. * $Log: flat_seqloc.hpp,v $
  97. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:38  gouriano
  98. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  99. *
  100. * Revision 1.4  2004/04/22 15:36:25  shomrat
  101. * Changes in context
  102. *
  103. * Revision 1.3  2004/03/05 18:50:25  shomrat
  104. * clean code
  105. *
  106. * Revision 1.2  2004/02/19 17:53:47  shomrat
  107. * add flag to differentiate between loaction and genome assembly formatting
  108. *
  109. * Revision 1.1  2003/12/17 19:47:33  shomrat
  110. * Initial revision (adapted from flat lib)
  111. *
  112. *
  113. * ===========================================================================
  114. */
  115. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___FLAT_SEQLOC__HPP */