contig_item.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: contig_item.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:15  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___CONTIG_ITEM__HPP
  10. #define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___CONTIG_ITEM__HPP
  11. /*  $Id: contig_item.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:39:15 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  37. *          Mati Shomrat
  38. *
  39. * File Description:
  40. *   Contig item for flat-file generator
  41. *
  42. */
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
  45. #include <objtools/format/items/item_base.hpp>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. BEGIN_SCOPE(objects)
  48. class CBioseqContext;
  49. class IFormatter;
  50. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  51. //
  52. // CONTIG
  53. class CContigItem : public CFlatItem
  54. {
  55. public:
  56.     CContigItem(CBioseqContext& ctx);
  57.     void Format(IFormatter& formatter, IFlatTextOStream& text_os) const;
  58.     const CSeq_loc& GetLoc(void) const { return *m_Loc; }
  59. private:
  60.     void x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx);
  61.     // data
  62.     CRef<CSeq_loc>     m_Loc;
  63. };
  64. END_SCOPE(objects)
  65. END_NCBI_SCOPE
  66. /*
  67. * ===========================================================================
  68. *
  69. * $Log: contig_item.hpp,v $
  70. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:15  gouriano
  71. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  72. *
  73. * Revision 1.3  2004/04/22 15:34:41  shomrat
  74. * Changes in context
  75. *
  76. * Revision 1.2  2004/02/19 17:49:35  shomrat
  77. * use non-const reference
  78. *
  79. * Revision 1.1  2003/12/17 19:45:27  shomrat
  80. * Initial revision (adapted from flat lib)
  81. *
  82. *
  83. * ===========================================================================
  84. */
  85. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___CONTIG_ITEM__HPP */