primary_item.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: primary_item.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:56  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___PRIMARY_ITEM__HPP
  10. #define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___PRIMARY_ITEM__HPP
  11. /*  $Id: primary_item.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:39:56 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  37. *          Mati Shomrat
  38. *
  39. * File Description:
  40. *   Primary item for flat-file generator
  41. *
  42. */
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <util/range.hpp>
  45. #include <list>
  46. #include <map>
  47. #include <objects/seqloc/Seq_id.hpp>
  48. #include <objects/seqalign/Seq_align.hpp>
  49. #include <objtools/alnmgr/alnmap.hpp>
  50. #include <objtools/format/items/item_base.hpp>
  51. BEGIN_NCBI_SCOPE
  52. BEGIN_SCOPE(objects)
  53. class CBioseqContext;
  54. class IFormatter;
  55. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  56. //
  57. // PRIMARY
  58. class CPrimaryItem : public CFlatItem
  59. {
  60. public:
  61.     CPrimaryItem(CBioseqContext& ctx);
  62.     void Format(IFormatter& formatter, IFlatTextOStream& text_os) const;
  63.     const string& GetString(void) const { return m_Str; }
  64. private:
  65.     // types
  66.     typedef CConstRef<CDense_seg>            TDenseRef;
  67.     typedef list< CRef< CSeq_align > >       TAlnList;
  68.     typedef map<CAlnMap::TRange,  TDenseRef> TDense_seg_Map;
  69.     void x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx);
  70.     void x_GetStrForPrimary(CBioseqContext& ctx);
  71.     void x_CollectSegments(TDense_seg_Map&, const TAlnList& aln_list);
  72.     void x_CollectSegments(TDense_seg_Map&, const CSeq_align& aln);
  73.     string m_Str;
  74. };
  75. END_SCOPE(objects)
  76. END_NCBI_SCOPE
  77. /*
  78. * ===========================================================================
  79. *
  80. * $Log: primary_item.hpp,v $
  81. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:39:56  gouriano
  82. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.3
  83. *
  84. * Revision 1.3  2004/04/22 15:38:48  shomrat
  85. * New implementation of Primary item
  86. *
  87. * Revision 1.2  2004/02/12 20:21:38  shomrat
  88. * added include directive
  89. *
  90. * Revision 1.1  2003/12/17 19:49:08  shomrat
  91. * Initial revision (adapted from flat lib)
  92. *
  93. *
  94. * ===========================================================================
  95. */
  96. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___PRIMARY_ITEM__HPP */