wgs_item.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: wgs_item.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:40:32  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___WGS_ITEM__HPP
  10. #define OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___WGS_ITEM__HPP
  11. /*  $Id: wgs_item.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:40:32 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author: Mati Shomrat
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   item representing end of section line (slash line)
  40. *   
  41. */
  42. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  43. #include <objtools/format/items/item_base.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. BEGIN_SCOPE(objects)
  46. class CUser_object;
  47. class CBioseqContext;
  48. class IFormatter;
  49. ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  50. //
  51. // WGS
  52. class CWGSItem : public CFlatItem
  53. {
  54. public:
  55.     enum EWGSType {
  56.         eWGS_not_set,
  57.         eWGS_Projects,
  58.         eWGS_ScaffoldList,
  59.         eWGS_ContigList
  60.     };
  61.     typedef EWGSType    TWGSType;
  62.     CWGSItem(TWGSType type, const string& first, const string& last,
  63.         const CUser_object& uo, CBioseqContext& ctx);
  64.     void Format(IFormatter& formatter, IFlatTextOStream& text_os) const;
  65.     
  66.     TWGSType      GetType   (void) const { return m_Type;  }
  67.     const string& GetFirstID(void) const { return m_First; }
  68.     const string& GetLastID (void) const { return m_Last;  }
  69. private:
  70.     
  71.     
  72.     void x_GatherInfo(CBioseqContext& ctx);
  73.     // data
  74.     TWGSType    m_Type;
  75.     string      m_First;
  76.     string      m_Last;
  77. };
  78. END_SCOPE(objects)
  79. END_NCBI_SCOPE
  80. /*
  81. * ===========================================================================
  82. *
  83. * $Log: wgs_item.hpp,v $
  84. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:40:32  gouriano
  85. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  86. *
  87. * Revision 1.2  2004/04/22 15:40:29  shomrat
  88. * Changes in context
  89. *
  90. * Revision 1.1  2003/12/17 19:50:30  shomrat
  91. * Initial revision (adapted from flat lib)
  92. *
  93. *
  94. * ===========================================================================
  95. */
  96. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT_ITEMS___WGS_ITEM__HPP */