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gbseq_formatter.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

gbseq_formatter.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: gbseq_formatter.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:49  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT___GBSEQ_FORMATTER__HPP
  11. #define OBJTOOLS_FORMAT___GBSEQ_FORMATTER__HPP
  13. /*  $Id: gbseq_formatter.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:38:49 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  39. *          Mati Shomrat
  40. *
  41. * File Description:
  42. *   GBSeq formatting
  43. */
  44. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  45. #include <serial/objectio.hpp>
  46. #include <objects/gbseq/GBSeq.hpp>
  47. #include <objtools/format/item_formatter.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. BEGIN_SCOPE(objects)
  54. class CLocusItem;
  55. class CDeflineItem;
  56. class CAccessionItem;
  57. class CVersionItem;
  58. class CKeywordsItem;
  59. class CSourceItem;
  60. class CReferenceItem;
  61. class CCommentItem;
  62. class CFeatureItemBase;
  63. class CSequenceItem;
  64. class CSegmentItem;
  65. class CContigItem;
  68. class CGBSeqFormatter : public CFlatItemFormatter
  69. {
  70. public:
  71.     CGBSeqFormatter(void);
  72.     ~CGBSeqFormatter(void);
  74.     virtual void Start       (IFlatTextOStream&);
  75.     virtual void StartSection(const CStartSectionItem&, IFlatTextOStream&);
  76.     virtual void EndSection  (const CEndSectionItem&, IFlatTextOStream&);
  77.     virtual void End         (IFlatTextOStream&);
  79.     virtual void FormatLocus(const CLocusItem& locus, IFlatTextOStream& text_os);
  80.     virtual void FormatDefline(const CDeflineItem& defline, IFlatTextOStream& text_os);
  81.     virtual void FormatAccession(const CAccessionItem& acc, IFlatTextOStream& text_os);
  82.     virtual void FormatVersion(const CVersionItem& version, IFlatTextOStream& text_os);
  83.     virtual void FormatKeywords(const CKeywordsItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  84.     virtual void FormatSource(const CSourceItem& source, IFlatTextOStream& text_os);
  85.     virtual void FormatReference(const CReferenceItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  86.     virtual void FormatComment(const CCommentItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  87.     virtual void FormatFeature(const CFeatureItemBase& feat, IFlatTextOStream& text_os);
  88.     virtual void FormatSequence(const CSequenceItem& seq, IFlatTextOStream& text_os);
  89.     virtual void FormatSegment(const CSegmentItem& seg, IFlatTextOStream& text_os);
  90.     virtual void FormatContig(const CContigItem& contig, IFlatTextOStream& text_os);
  92. private:
  93.     void x_WriteFileHeader(IFlatTextOStream& text_os);
  94.     void x_StartWriteGBSet(IFlatTextOStream& text_os);
  95.     void x_WriteGBSeq(IFlatTextOStream& text_os);
  96.     void x_EndWriteGBSet(IFlatTextOStream& text_os);
  97.     void x_StrOStreamToTextOStream(IFlatTextOStream& text_os);
  99.     struct SOStreamContainer
  100.     {
  101.         SOStreamContainer(CObjectOStream& out, 
  102.             const CObjectTypeInfo& containerType) :
  103.             m_Cont(out, containerType)
  104.         {}
  105.         void WriteElement(const CConstObjectInfo& element) {
  106.             m_Cont.WriteElement(element);
  107.         }
  108.     private:
  109.         COStreamContainer  m_Cont;
  110.     };
  111.     CRef<CGBSeq> m_GBSeq;
  112.     auto_ptr<CObjectOStream> m_Out;
  113.     CNcbiOstrstream m_StrStream;
  114.     auto_ptr<SOStreamContainer>  m_Cont;
  115. };
  118. END_SCOPE(objects)
  119. END_NCBI_SCOPE
  122. /*
  123. * ===========================================================================
  124. *
  125. * $Log: gbseq_formatter.hpp,v $
  126. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:49  gouriano
  127. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.2
  128. *
  129. * Revision 1.2  2004/04/22 15:45:05  shomrat
  130. * Start/End section changed
  131. *
  132. * Revision 1.1  2004/04/13 16:43:59  shomrat
  133. * Inital Revision
  134. *
  135. *
  136. * ===========================================================================
  137. */
  139. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT___GBSEQ_FORMATTER__HPP */