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embl_formatter.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

embl_formatter.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: embl_formatter.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:28  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef OBJTOOLS_FORMAT___EMBL_FORMATTER__HPP
  11. #define OBJTOOLS_FORMAT___EMBL_FORMATTER__HPP
  13. /*  $Id: embl_formatter.hpp,v 1000.1 2004/06/01 19:38:28 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author:  Aaron Ucko, NCBI
  39. *          Mati Shomrat
  40. *
  41. * File Description:
  42. *   new (early 2003) flat-file generator -- base class for items
  43. *   (which roughly correspond to blocks/paragraphs in the C version)
  44. *
  45. */
  46. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  48. #include <objtools/format/item_formatter.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. BEGIN_SCOPE(objects)
  54. class CEmblFormatter : public CFlatItemFormatter
  55. {
  56. public:
  57.     CEmblFormatter(void);
  59.     virtual SIZE_TYPE GetWidth(void) const { return 78; }
  61.     virtual void EndSection(const CEndSectionItem&, IFlatTextOStream& text_os);
  63.     virtual void FormatLocus(const CLocusItem& locus, IFlatTextOStream& text_os);
  64.     virtual void FormatDefline(const CDeflineItem& defline, IFlatTextOStream& text_os);
  65.     virtual void FormatAccession(const CAccessionItem& acc, IFlatTextOStream& text_os);
  66.     virtual void FormatVersion(const CVersionItem& version, IFlatTextOStream& text_os);
  67.     virtual void FormatKeywords(const CKeywordsItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  68.     virtual void FormatSource(const CSourceItem& source, IFlatTextOStream& text_os);
  69.     virtual void FormatReference(const CReferenceItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  70.     virtual void FormatComment(const CCommentItem& keys, IFlatTextOStream& text_os);
  71.     virtual void FormatBasecount(const CBaseCountItem& bc, IFlatTextOStream& text_os);
  72.     virtual void FormatSequence(const CSequenceItem& seq, IFlatTextOStream& text_os);
  73.     virtual void FormatFeatHeader(const CFeatHeaderItem& fh, IFlatTextOStream& text_os);
  74.     virtual void FormatFeature(const CFeatureItemBase& feat, IFlatTextOStream& text_os);
  75.     virtual void FormatDate(const CDateItem& date, IFlatTextOStream& text_os);
  77. private:
  78.     virtual string& Pad(const string& s, string& out, EPadContext where) const;
  80.     void x_AddXX(IFlatTextOStream& text_os) const;
  82.     // OS, OC, OG
  83.     void x_OrganismSource(list<string>& l, const CSourceItem& source) const;
  84.     void x_OrganisClassification(list<string>& l, const CSourceItem& source) const;
  85.     void x_Organelle(list<string>& l, const CSourceItem& source) const;
  87.     // data
  88.     list<string>    m_XX;
  89. };
  92. END_SCOPE(objects)
  93. END_NCBI_SCOPE
  96. /*
  97. * ===========================================================================
  98. *
  99. * $Log: embl_formatter.hpp,v $
  100. * Revision 1000.1  2004/06/01 19:38:28  gouriano
  101. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  102. *
  103. * Revision 1.4  2004/04/22 15:42:24  shomrat
  104. * EndSection() signature changed
  105. *
  106. * Revision 1.3  2004/02/19 17:57:40  shomrat
  107. * removed commented code
  108. *
  109. * Revision 1.2  2004/01/14 15:51:12  shomrat
  110. * const removed
  111. *
  112. * Revision 1.1  2003/12/17 19:51:12  shomrat
  113. * Initial revision (adapted from flat lib)
  114. *
  115. *
  116. * ===========================================================================
  117. */
  119. #endif  /* OBJTOOLS_FORMAT___EMBL_FORMATTER__HPP */