生物技术

开发平台：
C/C++

Bioseq.hpp：源码内容
							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: Bioseq.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 21:02:20  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.17
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/* $Id: Bioseq.hpp,v 1000.0 2003/10/29 21:02:20 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 * ===========================================================================
 *
 * Author:  .......
 *
 * File Description:
 *   .......
 *
 * Remark:
 *   This code was originally generated by application DATATOOL
 *   using specifications from the ASN data definition file
 *   'seq.asn'.
 *
 */
#ifndef OBJECTS_SEQ_BIOSEQ_HPP
#define OBJECTS_SEQ_BIOSEQ_HPP
// generated includes
#include <objects/seq/Bioseq_.hpp>
#include <map>
// generated classes
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
class CSeq_entry;
class CSeq_loc;
class CDelta_ext;
class CSeq_id;
class NCBI_SEQ_EXPORT CBioseq : public CBioseq_Base, public CSerialUserOp
{
    typedef CBioseq_Base Tparent;
public:
    // constructor
    CBioseq(void);
    // destructor
    ~CBioseq(void);
    // Manage Seq-entry tree structure
    // get parent Seq-entry.
    // NULL means that either there is no parent Seq-entry,
    // or CSeq_entry::Parentize() was never called.
    CSeq_entry* GetParentEntry(void) const;
    // see GetTitle in util/sequence.hpp
    //   string GetTitle(const CBioseq_Handle&, TGetTitleFlags);
    // Construct bioseq from seq-loc. The constructed bioseq
    // has id = "local|"+str_id or "local|constructed###", where
    // ### is a generated number; inst::repr = const,
    // inst::mol = other (since it is impossible to check sequence
    // type by seq-loc). The location is splitted into simple
    // locations (intervals, points, whole-s etc.) and put into
    // ext::delta.
    CBioseq(const CSeq_loc& loc, string str_id = "");
    enum ELabelType {
        eType,
        eContent,
        eBoth
    };
    // Append a label to label for a CBioseq based on type, content or both
    void GetLabel(string* label, ELabelType type, bool worst = false) const;
    const CSeq_id* GetFirstId() const;
    // check molecule type for nucleotide or protein
    bool IsNa(void) const;
    bool IsAa(void) const;
protected:
    // From CSerialUserOp
    virtual void UserOp_Assign(const CSerialUserOp& source);
    virtual bool UserOp_Equals(const CSerialUserOp& object) const;
private:
    // Prohibit copy constructor and assignment operator
    CBioseq(const CBioseq& value);
    CBioseq& operator= (const CBioseq& value);
    // Seq-entry containing the Bioseq
    void SetParentEntry(CSeq_entry* entry);
    CSeq_entry* m_ParentEntry;
    static void x_SeqLoc_To_DeltaExt(const CSeq_loc& loc, CDelta_ext& ext);
    static int sm_ConstructedId;
    friend class CSeq_entry;
};
/////////////////// CBioseq inline methods
// constructor
inline
CBioseq::CBioseq(void)
    : m_ParentEntry(0)
{
}
inline
void CBioseq::SetParentEntry(CSeq_entry* entry)
{
    m_ParentEntry = entry;
}
inline
CSeq_entry* CBioseq::GetParentEntry(void) const
{
    return m_ParentEntry;
}
/////////////////// end of CBioseq inline methods
END_objects_SCOPE // namespace ncbi::objects::
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: Bioseq.hpp,v $
 * Revision 1000.0  2003/10/29 21:02:20  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.17
 *
 * Revision 1.17  2003/04/24 16:14:11  vasilche
 * Fixed Parentize().
 *
 * Revision 1.16  2002/12/26 12:42:59  dicuccio
 * Added Win32 export specifiers
 *
 * Revision 1.15  2002/12/19 20:10:27  kans
 * added IsNa and IsAa methods
 *
 * Revision 1.14  2002/10/03 19:06:25  clausen
 * Removed extra whitespace
 *
 * Revision 1.13  2002/10/03 16:59:04  clausen
 * Added GetLabel() and GetFirstId()
 *
 * Revision 1.12  2002/06/07 12:09:21  clausen
 * Modified GetTitle comment
 *
 * Revision 1.11  2002/05/22 14:03:33  grichenk
 * CSerialUserOp -- added prefix UserOp_ to Assign() and Equals()
 *
 * Revision 1.10  2002/04/22 20:09:56  grichenk
 * -ConstructExcludedSequence() -- use
 * CBioseq_Handle::GetSequenceView() instead
 *
 * Revision 1.9  2002/03/18 21:46:11  grichenk
 * +ConstructExcludedSequence()
 *
 * Revision 1.8  2001/12/20 20:00:28  grichenk
 * CObjectManager::ConstructBioseq(CSeq_loc) -> CBioseq::CBioseq(CSeq_loc ...)
 *
 * Revision 1.7  2001/10/12 19:32:55  ucko
 * move BREAK to a central location; move CBioseq::GetTitle to object manager
 *
 * Revision 1.6  2001/10/04 19:11:54  ucko
 * Centralize (rudimentary) code to get a sequence's title.
 *
 * Revision 1.5  2001/07/25 19:11:07  grichenk
 * Equals() and Assign() re-declared as protected
 *
 * Revision 1.4  2001/07/16 16:22:42  grichenk
 * Added CSerialUserOp class to create Assign() and Equals() methods for
 * user-defind classes.
 * Added SerialAssign<>() and SerialEquals<>() functions.
 *
 * Revision 1.3  2001/06/25 18:51:59  grichenk
 * Prohibited copy constructor and assignment operator
 *
 * Revision 1.2  2001/06/21 19:47:34  grichenk
 * Copy constructor and operator=() moved to "private" section
 *
 * Revision 1.1  2001/06/13 15:00:06  grichenk
 * Initial revision
 *
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif // OBJECTS_SEQ_BIOSEQ_HPP
/* Original file checksum: lines: 85, chars: 2191, CRC32: 21fd3921 */

						