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seq_descr_ci.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

seq_descr_ci.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: seq_descr_ci.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:32:19  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.11
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef DESC_CI__HPP
  11. #define DESC_CI__HPP
  13. /*  $Id: seq_descr_ci.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:32:19 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author: Aleksey Grichenko, Michael Kimelman
  39. *
  40. * File Description:
  41. *   Object manager iterators
  42. *
  43. */
  45. #include <objects/seq/Seqdesc.hpp>
  46. #include <objects/seq/Seq_descr.hpp>
  47. #include <objmgr/seq_entry_handle.hpp>
  48. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. BEGIN_SCOPE(objects)
  54. class CBioseq_Handle;
  57. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CSeq_descr_CI
  58. {
  59. public:
  60.     CSeq_descr_CI(void);
  61.     // Start searching from a bioseq, limit number of seq-entries
  62.     // to "search_depth" (0 = unlimited).
  63.     explicit CSeq_descr_CI(const CBioseq_Handle& handle,
  64.                   size_t search_depth = 0);
  65.     // Start searching from a seq-entry, limit number of seq-entries
  66.     // to "search_depth" (0 = unlimited).
  67.     explicit CSeq_descr_CI(const CSeq_entry_Handle& entry,
  68.                   size_t search_depth = 0);
  69.     CSeq_descr_CI(const CSeq_descr_CI& iter);
  70.     ~CSeq_descr_CI(void);
  72.     CSeq_descr_CI& operator= (const CSeq_descr_CI& iter);
  74.     CSeq_descr_CI& operator++ (void);
  75.     operator bool (void) const;
  77.     const CSeq_descr& operator*  (void) const;
  78.     const CSeq_descr* operator-> (void) const;
  80.     CSeq_entry_Handle GetSeq_entry_Handle(void) const;
  82. private:
  83.     // Move to the next entry containing a descriptor
  84.     void x_Next(void);
  86.     CSeq_entry_Handle     m_NextEntry;
  87.     CSeq_entry_Handle     m_CurrentEntry;
  88.     size_t                m_MaxCount;
  89. };
  92. END_SCOPE(objects)
  93. END_NCBI_SCOPE
  95. /*
  96. * ---------------------------------------------------------------------------
  97. * $Log: seq_descr_ci.hpp,v $
  98. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:32:19  gouriano
  99. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.11
  100. *
  101. * Revision 1.11  2004/03/16 15:47:26  vasilche
  102. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  103. *
  104. * Revision 1.10  2004/02/09 19:18:49  grichenk
  105. * Renamed CDesc_CI to CSeq_descr_CI. Redesigned CSeq_descr_CI
  106. * and CSeqdesc_CI to avoid using data directly.
  107. *
  108. * Revision 1.9  2003/06/02 16:01:36  dicuccio
  109. * Rearranged include/objects/ subtree.  This includes the following shifts:
  110. *     - include/objects/alnmgr --> include/objtools/alnmgr
  111. *     - include/objects/cddalignview --> include/objtools/cddalignview
  112. *     - include/objects/flat --> include/objtools/flat
  113. *     - include/objects/objmgr/ --> include/objmgr/
  114. *     - include/objects/util/ --> include/objmgr/util/
  115. *     - include/objects/validator --> include/objtools/validator
  116. *
  117. * Revision 1.8  2002/12/26 20:42:55  dicuccio
  118. * Added Win32 export specifier.  Removed unimplemented (private) operator++(int)
  119. *
  120. * Revision 1.7  2002/12/05 19:28:29  grichenk
  121. * Prohibited postfix operator ++()
  122. *
  123. * Revision 1.6  2002/07/08 20:50:56  grichenk
  124. * Moved log to the end of file
  125. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  126. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  127. *
  128. * Revision 1.5  2002/05/06 03:30:35  vakatov
  129. * OM/OM1 renaming
  130. *
  131. * Revision 1.4  2002/02/21 19:27:00  grichenk
  132. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  133. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  134. *
  135. * Revision 1.3  2002/01/23 21:59:29  grichenk
  136. * Redesigned seq-id handles and mapper
  137. *
  138. * Revision 1.2  2002/01/16 16:26:37  gouriano
  139. * restructured objmgr
  140. *
  141. * Revision 1.1  2002/01/11 19:04:01  gouriano
  142. * restructured objmgr
  143. *
  144. *
  145. * ===========================================================================
  146. */
  148. #endif  // DESC_CI__HPP