开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
data_source.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：25k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

data_source.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: data_source.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/16 16:59:58  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.74
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef OBJECTS_OBJMGR_IMPL___DATA_SOURCE__HPP
  11. #define OBJECTS_OBJMGR_IMPL___DATA_SOURCE__HPP
  13. /*  $Id: data_source.hpp,v 1000.2 2004/04/16 16:59:58 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Author: Aleksey Grichenko, Michael Kimelman, Eugene Vasilchenko
  39. *
  40. * File Description:
  41. *   Data source for object manager
  42. *
  43. */
  45. #include <objmgr/impl/tse_info.hpp>
  47. #include <objmgr/seq_id_mapper.hpp>
  48. #include <objmgr/scope.hpp>
  49. #include <objmgr/data_loader.hpp>
  51. #include <corelib/ncbimtx.hpp>
  53. #include <set>
  54. #include <map>
  55. #include <list>
  56. #include <vector>
  58. BEGIN_NCBI_SCOPE
  59. BEGIN_SCOPE(objects)
  61. // objects
  62. class CDelta_seq;
  63. class CDelta_ext;
  64. class CSeq_interval;
  65. class CSeq_data;
  66. class CSeq_entry;
  67. class CSeq_annot;
  68. class CBioseq;
  69. class CBioseq_set;
  71. // infos
  72. class CTSE_Info;
  73. class CSeq_entry_Info;
  74. class CSeq_annot_Info;
  75. class CBioseq_Info;
  77. // others
  78. class CBioseq_Handle;
  79. class CPrefetchToken_Impl;
  80. class CPrefetchThread;
  82. class CTSE_LockingSetLock;
  84. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CTSE_LockingSet
  85. {
  86. public:
  87.     CTSE_LockingSet(void);
  88.     CTSE_LockingSet(const CTSE_LockingSet&);
  89.     ~CTSE_LockingSet(void);
  90.     CTSE_LockingSet& operator=(const CTSE_LockingSet&);
  92.     typedef set<CTSE_Info*> TTSESet;
  93.     typedef TTSESet::iterator iterator;
  94.     typedef TTSESet::const_iterator const_iterator;
  96.     bool insert(CTSE_Info* tse);
  97.     bool erase(CTSE_Info* tse);
  99.     const_iterator begin(void) const
  100.         {
  101.             return m_TSE_set.begin();
  102.         }
  103.     const_iterator end(void) const
  104.         {
  105.             return m_TSE_set.end();
  106.         }
  108.     bool empty(void) const
  109.         {
  110.             return m_TSE_set.empty();
  111.         }
  113.     friend class CTSE_LockingSetLock;
  115. private:
  116.     bool x_Locked(void) const
  117.         {
  118.             return m_LockCount != 0;
  119.         }
  120.     void x_Lock(void);
  121.     void x_Unlock(void);
  123.     DECLARE_CLASS_STATIC_FAST_MUTEX(sm_Mutex);
  125.     int        m_LockCount;
  126.     TTSESet    m_TSE_set;
  127. };
  130. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CTSE_LockingSetLock
  131. {
  132. public:
  133.     CTSE_LockingSetLock(void)
  134.         : m_TSE_set(0)
  135.         {
  136.         }
  137.     CTSE_LockingSetLock(CTSE_LockingSet& tse_set)
  138.         : m_TSE_set(&tse_set)
  139.         {
  140.             x_Lock();
  141.         }
  142.     CTSE_LockingSetLock(const CTSE_LockingSetLock& lock)
  143.         : m_TSE_set(lock.m_TSE_set)
  144.         {
  145.             x_Lock();
  146.         }
  147.     ~CTSE_LockingSetLock(void)
  148.         {
  149.             x_Unlock();
  150.         }
  151.     CTSE_LockingSetLock& operator=(const CTSE_LockingSetLock& lock)
  152.         {
  153.             x_Lock(lock.m_TSE_set);
  154.             return *this;
  155.         }
  157.     void Lock(CTSE_LockingSet& lock)
  158.         {
  159.             x_Lock(&lock);
  160.         }
  161.     void Unlock(void)
  162.         {
  163.             x_Lock(0);
  164.         }
  166. private:
  167.     void x_Lock(void)
  168.         {
  169.             if ( m_TSE_set ) {
  170.                 m_TSE_set->x_Lock();
  171.             }
  172.         }
  173.     void x_Unlock(void)
  174.         {
  175.             if ( m_TSE_set ) {
  176.                 m_TSE_set->x_Unlock();
  177.             }
  178.         }
  179.     void x_Lock(CTSE_LockingSet* lock)
  180.         {
  181.             if ( m_TSE_set != lock ) {
  182.                 x_Unlock();
  183.                 m_TSE_set = lock;
  184.                 x_Lock();
  185.             }
  186.         }
  188.     CTSE_LockingSet* m_TSE_set;
  189. };
  192. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CDataSource : public CObject
  193. {
  194. public:
  195.     /// 'ctors
  196.     CDataSource(CDataLoader& loader, CObjectManager& objmgr);
  197.     CDataSource(CSeq_entry& entry, CObjectManager& objmgr);
  198.     virtual ~CDataSource(void);
  200.     /// Register new TSE (Top Level Seq-entry)
  201.     typedef set<TTSE_Lock>     TTSE_LockSet;
  203.     CRef<CTSE_Info> AddTSE(CSeq_entry& se,
  204.                            bool dead = false,
  205.                            const CObject* blob_id = 0);
  206.     void AddTSE(CRef<CTSE_Info> tse);
  209.     // Modification methods.
  210.     /// Add new sub-entry to "parent".
  211.     CRef<CSeq_entry_Info> AttachEntry(CBioseq_set_Info& parent,
  212.                                       CSeq_entry& entry,
  213.                                       int index = -1);
  214.     void RemoveEntry(CSeq_entry_Info& entry);
  216.     /// Add annotations to a Seq-entry.
  217.     CRef<CSeq_annot_Info> AttachAnnot(CSeq_entry_Info& parent,
  218.                                       const CSeq_annot& annot);
  219.     CRef<CSeq_annot_Info> AttachAnnot(CBioseq_Base_Info& parent,
  220.                                       const CSeq_annot& annot);
  221.     // Remove/replace seq-annot from the given entry
  222.     void RemoveAnnot(CSeq_annot_Info& annot);
  223.     CRef<CSeq_annot_Info> ReplaceAnnot(CSeq_annot_Info& old_annot,
  224.                                        const CSeq_annot& new_annot);
  226.     /// Get TSE info by seq-id handle. This should also get the list of all
  227.     /// seq-ids for all bioseqs and the list of seq-ids used in annotations.
  228.     TTSE_Lock GetBlobById(const CSeq_id_Handle& idh);
  230.     /// Get Bioseq info by Seq-Id.
  231.     /// Return "NULL" handle if the Bioseq cannot be resolved.
  232.     CConstRef<CBioseq_Info> GetBioseq_Info(const CSeqMatch_Info& info);
  234.     // Remove TSE from the datasource, update indexes
  235.     void DropAllTSEs(void);
  236.     bool DropTSE(CTSE_Info& info);
  238.     // Contains (or can load) any entries?
  239.     bool IsEmpty(void) const;
  241.     CDataLoader* GetDataLoader(void) const;
  243.     CConstRef<CSeq_entry> GetTopEntry(void);
  244.     CConstRef<CTSE_Info> GetTopEntry_Info(void);
  246.     // Internal typedefs
  247.     typedef CTSE_Info::TRange                        TRange;
  248.     typedef CTSE_Info::TRangeMap                     TRangeMap;
  250.     typedef map<CSeq_id_Handle, CTSE_LockingSet>     TTSEMap;
  252.     typedef map<CConstRef<CSeq_entry>, CTSE_Info*>       TTSE_InfoMap;
  253.     typedef map<CConstRef<CSeq_entry>, CSeq_entry_Info*> TSeq_entry_InfoMap;
  254.     typedef map<CConstRef<CSeq_annot>, CSeq_annot_Info*> TSeq_annot_InfoMap;
  255.     typedef map<CConstRef<CBioseq>, CBioseq_Info*>       TBioseq_InfoMap;
  256.     //typedef map<const CObject*, CAnnotObject_Info* > TAnnotObject_InfoMap;
  257.     typedef set< CRef<CTSE_Info> >                   TTSE_Set;
  258.     typedef int                                      TPriority;
  259.     typedef set<CTSE_Info*>                          TDirtyAnnot_TSEs;
  261.     void UpdateAnnotIndex(void);
  262.     void UpdateAnnotIndex(const CSeq_entry_Info& entry_info);
  263.     void UpdateAnnotIndex(const CSeq_annot_Info& annot_info);
  264.     void GetSynonyms(const CSeq_id_Handle& id, set<CSeq_id_Handle>& syns);
  265.     void GetTSESetWithAnnots(const CSeq_id_Handle& idh, TTSE_LockSet& tse_set);
  267.     // Fill the set with bioseq handles for all sequences from a given TSE.
  268.     // Return empty tse lock if the entry was not found or is not a TSE.
  269.     // "filter" may be used to select a particular sequence type.
  270.     // "level" may be used to select bioseqs from given levels only.
  271.     // Used to initialize bioseq iterators.
  272.     typedef vector< CConstRef<CBioseq_Info> > TBioseq_InfoSet;
  273.     typedef int TBioseqLevelFlag;
  274.     void GetBioseqs(const CSeq_entry_Info& entry,
  275.                     TBioseq_InfoSet& bioseqs,
  276.                     CSeq_inst::EMol filter,
  277.                     TBioseqLevelFlag level);
  279.     CSeqMatch_Info BestResolve(CSeq_id_Handle idh);
  280.     CSeqMatch_Info HistoryResolve(CSeq_id_Handle idh,
  281.                                   const TTSE_LockSet& tse_set);
  283.     // Select the best of the two bioseqs if possible (e.g. dead vs live).
  284.     CSeqMatch_Info* ResolveConflict(const CSeq_id_Handle& id,
  285.                                     CSeqMatch_Info& info1,
  286.                                     CSeqMatch_Info& info2);
  287.     bool IsLive(const CTSE_Info& tse);
  289.     //bool IsSynonym(const CSeq_id_Handle& h1, const CSeq_id_Handle& h2) const;
  291.     string GetName(void) const;
  293.     TPriority GetDefaultPriority(void) const;
  294.     void SetDefaultPriority(TPriority priority);
  296.     virtual void DebugDump(CDebugDumpContext ddc, unsigned int depth) const;
  298.     CConstRef<CTSE_Info> FindTSEInfo(const CSeq_entry& entry);
  299.     CConstRef<CSeq_entry_Info> FindSeq_entry_Info(const CSeq_entry& entry);
  300.     CConstRef<CSeq_annot_Info> FindSeq_annot_Info(const CSeq_annot& annot);
  301.     CConstRef<CBioseq_Info> FindBioseq_Info(const CBioseq& bioseq);
  303.     virtual void Prefetch(CPrefetchToken_Impl& token);
  305. private:
  306.     friend class CAnnotTypes_CI; // using mutex etc.
  307.     friend class CBioseq_Handle; // using mutex
  308.     friend class CGBDataLoader;  //
  309.     friend class CTSE_Info;
  310.     friend class CSeq_entry_Info;
  311.     friend class CSeq_annot_Info;
  312.     friend class CBioseq_Info;
  313.     friend class CPrefetchToken_Impl;
  315.     // attach, detach, index & unindex methods
  316.     // TSE
  317.     void x_DropTSE(CTSE_Info& info);
  319.     void x_Map(CConstRef<CSeq_entry> obj, CTSE_Info* info);
  320.     void x_Unmap(CConstRef<CSeq_entry> obj, CTSE_Info* info);
  321.     void x_Map(CConstRef<CSeq_entry> obj, CSeq_entry_Info* info);
  322.     void x_Unmap(CConstRef<CSeq_entry> obj, CSeq_entry_Info* info);
  323.     void x_Map(CConstRef<CSeq_annot> obj, CSeq_annot_Info* info);
  324.     void x_Unmap(CConstRef<CSeq_annot> obj, CSeq_annot_Info* info);
  325.     void x_Map(CConstRef<CBioseq> obj, CBioseq_Info* info);
  326.     void x_Unmap(CConstRef<CBioseq> obj, CBioseq_Info* info);
  328.     //void x_AttachMap(CSeq_entry_Info& bioseq, CSeqMap& seqmap);
  330.     // lookup Xxx_Info objects
  331.     // TSE
  332.     CConstRef<CTSE_Info> x_FindTSE_Info(const CSeq_entry& tse);
  333.     // Seq-entry
  334.     CConstRef<CSeq_entry_Info> x_FindSeq_entry_Info(const CSeq_entry& entry);
  335.     // Bioseq
  336.     CConstRef<CBioseq_Info> x_FindBioseq_Info(const CBioseq& seq);
  337.     // Seq-annot
  338.     CConstRef<CSeq_annot_Info> x_FindSeq_annot_Info(const CSeq_annot& annot);
  340.     // Find the seq-entry with best bioseq for the seq-id handle.
  341.     // The best bioseq is the bioseq from the live TSE or from the
  342.     // only one TSE containing the ID (no matter live or dead).
  343.     // If no matches were found, return 0.
  344.     TTSE_Lock x_FindBestTSE(const CSeq_id_Handle& handle) const;
  346.     void x_SetDirtyAnnotIndex(CTSE_Info& tse);
  347.     void x_ResetDirtyAnnotIndex(CTSE_Info& tse);
  349.     void x_IndexTSE(TTSEMap& tse_map,
  350.                     const CSeq_id_Handle& id, CTSE_Info* tse_info);
  351.     void x_UnindexTSE(TTSEMap& tse_map,
  352.                       const CSeq_id_Handle& id, CTSE_Info* tse_info);
  353.     void x_IndexSeqTSE(const CSeq_id_Handle& idh, CTSE_Info* tse_info);
  354.     void x_UnindexSeqTSE(const CSeq_id_Handle& idh, CTSE_Info* tse_info);
  355.     void x_IndexAnnotTSE(const CSeq_id_Handle& idh, CTSE_Info* tse_info);
  356.     void x_UnindexAnnotTSE(const CSeq_id_Handle& idh, CTSE_Info* tse_info);
  357.     void x_IndexAnnotTSEs(CTSE_Info* tse_info);
  358.     void x_UnindexAnnotTSEs(CTSE_Info* tse_info);
  360.     // Global cleanup -- search for unlocked TSEs and drop them.
  361.     void x_CleanupUnusedEntries(void);
  363.     // Change live/dead status of a TSE
  364.     void x_UpdateTSEStatus(CTSE_Info& tse, bool dead);
  366.     void x_CollectBioseqs(const CSeq_entry_Info& info,
  367.                           TBioseq_InfoSet& bioseqs,
  368.                           CSeq_inst::EMol filter,
  369.                           TBioseqLevelFlag level);
  371. #if 0
  372.     typedef CRWLock TMainLock;
  373. #else
  374.     typedef CMutex TMainLock;
  375. #endif
  376. #if 0
  377.     typedef CRWLock TAnnotLock;
  378. #else
  379.     typedef CFastMutex TAnnotLock;
  380. #endif
  381.     typedef TMainLock::TReadLockGuard   TMainReadLockGuard;
  382.     typedef TMainLock::TWriteLockGuard  TMainWriteLockGuard;
  383.     typedef TAnnotLock::TReadLockGuard  TAnnotReadLockGuard;
  384.     typedef TAnnotLock::TWriteLockGuard TAnnotWriteLockGuard;
  386.     // Used to lock: m_*_InfoMap, m_TSE_seq
  387.     // Is locked before locks in CTSE_Info
  388.     mutable TMainLock     m_DSMainLock;
  389.     // Used to lock: m_TSE_annot, m_TSE_annot_is_dirty
  390.     // Is locked after locks in CTSE_Info
  391.     mutable TAnnotLock    m_DSAnnotLock;
  393.     CRef<CDataLoader>     m_Loader;
  394.     CConstRef<CSeq_entry> m_pTopEntry;
  395.     CObjectManager*       m_ObjMgr;
  397.     TTSE_Set              m_TSE_Set;
  398.     TTSE_InfoMap          m_TSE_InfoMap;       // All known TSEs, (locked once)
  399.     TSeq_entry_InfoMap    m_Seq_entry_InfoMap; // All known Seq-entries
  400.     TSeq_annot_InfoMap    m_Seq_annot_InfoMap; // All known Seq-annots
  401.     TBioseq_InfoMap       m_Bioseq_InfoMap;    // All known Bioseqs
  403.     TTSEMap               m_TSE_seq;           // id -> TSE with bioseq
  404.     TTSEMap               m_TSE_annot;         // id -> TSE with annots
  405.     // TSE with annotations need to be indexed.
  406.     TDirtyAnnot_TSEs      m_DirtyAnnot_TSEs;
  408.     // Default priority for the datasource
  409.     TPriority             m_DefaultPriority;
  411.     // Prefetching thread and lock, used when initializing the thread
  412.     CRef<CPrefetchThread> m_PrefetchThread;
  413.     CFastMutex            m_PrefetchLock;
  415.     // hide copy constructor
  416.     CDataSource(const CDataSource&);
  417.     CDataSource& operator=(const CDataSource&);
  418. };
  420. inline
  421. CDataLoader* CDataSource::GetDataLoader(void) const
  422. {
  423.     return const_cast<CDataLoader*>(m_Loader.GetPointerOrNull());
  424. }
  426. inline
  427. CConstRef<CSeq_entry> CDataSource::GetTopEntry(void)
  428. {
  429.     return m_pTopEntry;
  430. }
  432. inline
  433. bool CDataSource::IsEmpty(void) const
  434. {
  435.     return m_Loader == 0  &&  m_TSE_Set.empty();
  436. }
  438. inline
  439. bool CDataSource::IsLive(const CTSE_Info& tse)
  440. {
  441.     return !tse.IsDead();
  442. }
  444. inline
  445. CDataSource::TPriority CDataSource::GetDefaultPriority(void) const
  446. {
  447.     return m_DefaultPriority;
  448. }
  450. inline
  451. void CDataSource::SetDefaultPriority(TPriority priority)
  452. {
  453.     m_DefaultPriority = priority;
  454. }
  457. END_SCOPE(objects)
  458. END_NCBI_SCOPE
  460. /*
  461. * ---------------------------------------------------------------------------
  462. * $Log: data_source.hpp,v $
  463. * Revision 1000.2  2004/04/16 16:59:58  gouriano
  464. * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.74
  465. *
  466. * Revision 1.74  2004/04/16 13:31:46  grichenk
  467. * Added data pre-fetching functions.
  468. *
  469. * Revision 1.73  2004/03/31 17:08:06  vasilche
  470. * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  471. *
  472. * Revision 1.72  2004/03/24 18:30:28  vasilche
  473. * Fixed edit API.
  474. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  475. *
  476. * Revision 1.71  2004/03/16 15:47:26  vasilche
  477. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  478. *
  479. * Revision 1.70  2004/02/03 19:02:16  vasilche
  480. * Fixed broken 'dirty annot index' state after RemoveEntry().
  481. *
  482. * Revision 1.69  2004/02/02 14:46:42  vasilche
  483. * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  484. *
  485. * Revision 1.68  2003/12/18 16:38:05  grichenk
  486. * Added CScope::RemoveEntry()
  487. *
  488. * Revision 1.67  2003/10/07 13:43:22  vasilche
  489. * Added proper handling of named Seq-annots.
  490. * Added feature search from named Seq-annots.
  491. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  492. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  493. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  494. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  495. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  496. *
  497. * Revision 1.66  2003/09/30 16:22:01  vasilche
  498. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  499. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  500. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  501. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  502. * Optimized bioseq lookup in scope.
  503. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  504. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  505. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  506. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  507. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  508. *
  509. * Revision 1.65  2003/09/03 20:00:00  grichenk
  510. * Added sequence filtering by level (mains/parts/all)
  511. *
  512. * Revision 1.64  2003/08/15 19:19:15  vasilche
  513. * Fixed memory leak in string packing hooks.
  514. * Fixed processing of 'partial' flag of features.
  515. * Allow table packing of non-point SNP.
  516. * Allow table packing of SNP with long alleles.
  517. *
  518. * Revision 1.63  2003/08/14 20:05:18  vasilche
  519. * Simple SNP features are stored as table internally.
  520. * They are recreated when needed using CFeat_CI.
  521. *
  522. * Revision 1.62  2003/08/06 20:51:16  grichenk
  523. * Removed declarations of non-existent methods
  524. *
  525. * Revision 1.61  2003/08/04 17:04:29  grichenk
  526. * Added default data-source priority assignment.
  527. * Added support for iterating all annotations from a
  528. * seq-entry or seq-annot.
  529. *
  530. * Revision 1.60  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  531. * Reduced memory usage by feature indexes.
  532. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  533. * String compression for SNP data.
  534. *
  535. * Revision 1.59  2003/06/24 14:25:18  vasilche
  536. * Removed obsolete CTSE_Guard class.
  537. * Used separate mutexes for bioseq and annot maps.
  538. *
  539. * Revision 1.58  2003/06/19 18:23:44  vasilche
  540. * Added several CXxx_ScopeInfo classes for CScope related information.
  541. * CBioseq_Handle now uses reference to CBioseq_ScopeInfo.
  542. * Some fine tuning of locking in CScope.
  543. *
  544. * Revision 1.55  2003/05/20 15:44:37  vasilche
  545. * Fixed interaction of CDataSource and CDataLoader in multithreaded app.
  546. * Fixed some warnings on WorkShop.
  547. * Added workaround for memory leak on WorkShop.
  548. *
  549. * Revision 1.54  2003/05/14 18:39:26  grichenk
  550. * Simplified TSE caching and filtering in CScope, removed
  551. * some obsolete members and functions.
  552. *
  553. * Revision 1.53  2003/05/06 18:54:08  grichenk
  554. * Moved TSE filtering from CDataSource to CScope, changed
  555. * some filtering rules (e.g. priority is now more important
  556. * than scope history). Added more caches to CScope.
  557. *
  558. * Revision 1.52  2003/05/05 20:59:48  vasilche
  559. * Use one static mutex for all instances of CTSE_LockingSet.
  560. *
  561. * Revision 1.51  2003/04/29 19:51:12  vasilche
  562. * Fixed interaction of Data Loader garbage collector and TSE locking mechanism.
  563. * Made some typedefs more consistent.
  564. *
  565. * Revision 1.50  2003/04/24 16:12:37  vasilche
  566. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  567. * Removed excessive header dependencies.
  568. *
  569. * Revision 1.49  2003/04/14 21:32:16  grichenk
  570. * Avoid passing CScope as an argument to CDataSource methods
  571. *
  572. * Revision 1.48  2003/03/24 21:26:43  grichenk
  573. * Added support for CTSE_CI
  574. *
  575. * Revision 1.47  2003/03/21 19:22:50  grichenk
  576. * Redesigned TSE locking, replaced CTSE_Lock with CRef<CTSE_Info>.
  577. *
  578. * Revision 1.46  2003/03/18 21:48:28  grichenk
  579. * Removed obsolete class CAnnot_CI
  580. *
  581. * Revision 1.45  2003/03/18 14:52:57  grichenk
  582. * Removed obsolete methods, replaced seq-id with seq-id handle
  583. * where possible. Added argument to limit annotations update to
  584. * a single seq-entry.
  585. *
  586. * Revision 1.44  2003/03/11 14:15:50  grichenk
  587. * +Data-source priority
  588. *
  589. * Revision 1.43  2003/03/10 16:55:16  vasilche
  590. * Cleaned SAnnotSelector structure.
  591. * Added shortcut when features are limited to one TSE.
  592. *
  593. * Revision 1.42  2003/03/03 20:31:09  vasilche
  594. * Removed obsolete method PopulateTSESet().
  595. *
  596. * Revision 1.41  2003/02/27 14:35:32  vasilche
  597. * Splitted PopulateTSESet() by logically independent parts.
  598. *
  599. * Revision 1.40  2003/02/25 14:48:07  vasilche
  600. * Added Win32 export modifier to object manager classes.
  601. *
  602. * Revision 1.39  2003/02/24 18:57:21  vasilche
  603. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  604. * Do not use feture index by sub locations.
  605. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  606. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  607. * Delay creation of mapped features.
  608. *
  609. * Revision 1.38  2003/02/24 14:51:10  grichenk
  610. * Minor improvements in annot indexing
  611. *
  612. * Revision 1.37  2003/02/13 14:34:32  grichenk
  613. * Renamed CAnnotObject -> CAnnotObject_Info
  614. * + CSeq_annot_Info and CAnnotObject_Ref
  615. * Moved some members of CAnnotObject to CSeq_annot_Info
  616. * and CAnnotObject_Ref.
  617. * Added feat/align/graph to CAnnotObject_Info map
  618. * to CDataSource.
  619. *
  620. * Revision 1.36  2003/02/05 17:57:41  dicuccio
  621. * Moved into include/objects/objmgr/impl to permit data loaders to be defined
  622. * outside of xobjmgr.
  623. *
  624. * Revision 1.35  2003/01/29 22:03:46  grichenk
  625. * Use single static CSeq_id_Mapper instead of per-OM model.
  626. *
  627. * Revision 1.34  2003/01/22 20:11:54  vasilche
  628. * Merged functionality of CSeqMapResolved_CI to CSeqMap_CI.
  629. * CSeqMap_CI now supports resolution and iteration over sequence range.
  630. * Added several caches to CScope.
  631. * Optimized CSeqVector().
  632. * Added serveral variants of CBioseqHandle::GetSeqVector().
  633. * Tried to optimize annotations iterator (not much success).
  634. * Rewritten CHandleRange and CHandleRangeMap classes to avoid sorting of list.
  635. *
  636. * Revision 1.33  2002/12/26 20:55:17  dicuccio
  637. * Moved seq_id_mapper.hpp, tse_info.hpp, and bioseq_info.hpp -> include/ tree
  638. *
  639. * Revision 1.32  2002/12/26 16:39:24  vasilche
  640. * Object manager class CSeqMap rewritten.
  641. *
  642. * Revision 1.31  2002/12/06 15:36:00  grichenk
  643. * Added overlap type for annot-iterators
  644. *
  645. * Revision 1.30  2002/11/08 22:15:51  grichenk
  646. * Added methods for removing/replacing annotations
  647. *
  648. * Revision 1.29  2002/10/18 19:12:40  grichenk
  649. * Removed mutex pools, converted most static mutexes to non-static.
  650. * Protected CSeqMap::x_Resolve() with mutex. Modified code to prevent
  651. * dead-locks.
  652. *
  653. * Revision 1.28  2002/10/02 17:58:23  grichenk
  654. * Added sequence type filter to CBioseq_CI
  655. *
  656. * Revision 1.27  2002/09/30 20:01:19  grichenk
  657. * Added methods to support CBioseq_CI
  658. *
  659. * Revision 1.26  2002/07/08 20:51:01  grichenk
  660. * Moved log to the end of file
  661. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  662. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  663. *
  664. * Revision 1.25  2002/06/04 17:18:33  kimelman
  665. * memory cleanup :  new/delete/Cref rearrangements
  666. *
  667. * Revision 1.24  2002/05/31 17:53:00  grichenk
  668. * Optimized for better performance (CTSE_Info uses atomic counter,
  669. * delayed annotations indexing, no location convertions in
  670. * CAnnot_Types_CI if no references resolution is required etc.)
  671. *
  672. * Revision 1.23  2002/05/28 18:00:43  gouriano
  673. * DebugDump added
  674. *
  675. * Revision 1.22  2002/05/14 20:06:26  grichenk
  676. * Improved CTSE_Info locking by CDataSource and CDataLoader
  677. *
  678. * Revision 1.21  2002/05/06 03:28:47  vakatov
  679. * OM/OM1 renaming
  680. *
  681. * Revision 1.20  2002/05/03 21:28:09  ucko
  682. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  683. *
  684. * Revision 1.19  2002/04/17 21:09:14  grichenk
  685. * Fixed annotations loading
  686. * +IsSynonym()
  687. *
  688. * Revision 1.18  2002/04/11 12:08:21  grichenk
  689. * Fixed GetResolvedSeqMap() implementation
  690. *
  691. * Revision 1.17  2002/03/28 14:02:31  grichenk
  692. * Added scope history checks to CDataSource::x_FindBestTSE()
  693. *
  694. * Revision 1.16  2002/03/20 04:50:13  kimelman
  695. * GB loader added
  696. *
  697. * Revision 1.15  2002/03/07 21:25:34  grichenk
  698. * +GetSeq_annot() in annotation iterators
  699. *
  700. * Revision 1.14  2002/03/05 18:44:55  grichenk
  701. * +x_UpdateTSEStatus()
  702. *
  703. * Revision 1.13  2002/03/05 16:09:10  grichenk
  704. * Added x_CleanupUnusedEntries()
  705. *
  706. * Revision 1.12  2002/03/04 15:09:27  grichenk
  707. * Improved MT-safety. Added live/dead flag to CDataSource methods.
  708. *
  709. * Revision 1.11  2002/03/01 19:41:34  gouriano
  710. * *** empty log message ***
  711. *
  712. * Revision 1.10  2002/02/28 20:53:32  grichenk
  713. * Implemented attaching segmented sequence data. Fixed minor bugs.
  714. *
  715. * Revision 1.9  2002/02/21 19:27:05  grichenk
  716. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  717. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  718. *
  719. * Revision 1.8  2002/02/07 21:27:35  grichenk
  720. * Redesigned CDataSource indexing: seq-id handle -> TSE -> seq/annot
  721. *
  722. * Revision 1.7  2002/02/06 21:46:11  gouriano
  723. * *** empty log message ***
  724. *
  725. * Revision 1.6  2002/02/05 21:46:28  gouriano
  726. * added FindSeqid function, minor tuneup in CSeq_id_mapper
  727. *
  728. * Revision 1.5  2002/01/29 17:45:00  grichenk
  729. * Added seq-id handles locking
  730. *
  731. * Revision 1.4  2002/01/28 19:44:49  gouriano
  732. * changed the interface of BioseqHandle: two functions moved from Scope
  733. *
  734. * Revision 1.3  2002/01/23 21:59:31  grichenk
  735. * Redesigned seq-id handles and mapper
  736. *
  737. * Revision 1.2  2002/01/18 15:56:24  gouriano
  738. * changed TSeqMaps definition
  739. *
  740. * Revision 1.1  2002/01/16 16:25:55  gouriano
  741. * restructured objmgr
  742. *
  743. * Revision 1.1  2002/01/11 19:04:01  gouriano
  744. * restructured objmgr
  745. *
  746. *
  747. * ===========================================================================
  748. */
  750. #endif  // OBJECTS_OBJMGR_IMPL___DATA_SOURCE__HPP