tse_chunk_info.hpp
上传用户:yhdzpy8989
上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:7k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: tse_chunk_info.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/12 17:28:43  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJECTS_OBJMGR_IMPL___TSE_CHUNK_INFO__HPP
  10. #define OBJECTS_OBJMGR_IMPL___TSE_CHUNK_INFO__HPP
  11. /*  $Id: tse_chunk_info.hpp,v 1000.2 2004/04/12 17:28:43 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author: Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   Splitted TSE chunk info
  40. *
  41. */
  42. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  43. #include <corelib/ncbimtx.hpp>
  44. #include <objmgr/annot_selector.hpp>
  45. #include <objmgr/impl/annot_object_index.hpp>
  46. #include <vector>
  47. #include <list>
  48. #include <map>
  49. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. class CTSE_Info;
  52. class CSeq_entry_Info;
  53. class CSeq_annot_Info;
  54. class CBioseq_Base_Info;
  55. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CTSE_Chunk_Info : public CObject
  56. {
  57. public:
  58.     // chunk identification
  59.     typedef int TChunkId;
  60.     // contents place identification
  61.     enum EPlaceType {
  62.         eBioseq,
  63.         eBioseq_set
  64.     };
  65.     typedef int TPlaceId;
  66.     typedef pair<EPlaceType, TPlaceId> TPlace;
  67.     typedef vector<TPlace> TPlaces;
  68.     // annot contents identification
  69.     typedef int TLocationId;
  70.     typedef CRange<TSeqPos> TLocationRange;
  71.     typedef pair<TLocationId, TLocationRange> TLocation;
  72.     typedef vector<TLocation> TLocationSet;
  73.     typedef map<SAnnotTypeSelector, TLocationSet> TAnnotTypes;
  74.     typedef map<CAnnotName, TAnnotTypes> TAnnotContents;
  75.     // annot contents indexing
  76.     typedef SAnnotObjects_Info TObjectInfos;
  77.     typedef list<TObjectInfos> TObjectInfosList;
  78.     // constructors
  79.     CTSE_Chunk_Info(TChunkId id);
  80.     virtual ~CTSE_Chunk_Info(void);
  81.     CTSE_Info& GetTSE_Info(void);
  82.     TChunkId GetChunkId(void) const;
  83.     bool NotLoaded(void) const;
  84.     void Load(void);
  85.     void x_TSEAttach(CTSE_Info& tse_info);
  86.     void x_AddAnnotPlace(EPlaceType place_type, TPlaceId place_id);
  87.     CBioseq_Base_Info& x_GetBase(const TPlace& place);
  88.     void x_AddAnnotType(const CAnnotName& annot_name,
  89.                         const SAnnotTypeSelector& annot_type,
  90.                         const TLocationId& location_id,
  91.                         const TLocationRange& location_range);
  92.     void x_AddAnnotType(const CAnnotName& annot_name,
  93.                         const SAnnotTypeSelector& annot_type,
  94.                         const TLocationSet& location);
  95.     void x_LoadAnnot(const TPlace& place, CRef<CSeq_annot_Info> annot);
  96. protected:
  97.     virtual void x_Load(void);
  98.     void x_UpdateAnnotIndex(CTSE_Info& tse);
  99.     void x_UpdateAnnotIndexContents(CTSE_Info& tse);
  100.     void x_UnmapAnnotObjects(CTSE_Info& tse);
  101.     void x_DropAnnotObjects(CTSE_Info& tse);
  102. private:
  103.     friend class CTSE_Info;
  104.     CTSE_Chunk_Info(const CTSE_Chunk_Info&);
  105.     CTSE_Chunk_Info& operator=(const CTSE_Chunk_Info&);
  106.     CTSE_Info*      m_TSE_Info;
  107.     TChunkId        m_ChunkId;
  108.     bool            m_DirtyAnnotIndex;
  109.     bool            m_NotLoaded;
  110.     TPlaces         m_AnnotPlaces;
  111.     TAnnotContents  m_AnnotContents;
  112.     CFastMutex      m_LoadLock;
  113.     TObjectInfosList  m_ObjectInfosList;
  114. };
  115. inline
  116. CTSE_Info& CTSE_Chunk_Info::GetTSE_Info(void)
  117. {
  118.     return *m_TSE_Info;
  119. }
  120. inline
  121. CTSE_Chunk_Info::TChunkId CTSE_Chunk_Info::GetChunkId(void) const
  122. {
  123.     return m_ChunkId;
  124. }
  125. inline
  126. bool CTSE_Chunk_Info::NotLoaded(void) const
  127. {
  128.     return m_NotLoaded;
  129. }
  130. END_SCOPE(objects)
  131. END_NCBI_SCOPE
  132. /*
  133. * ---------------------------------------------------------------------------
  134. * $Log: tse_chunk_info.hpp,v $
  135. * Revision 1000.2  2004/04/12 17:28:43  gouriano
  136. * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.5
  137. *
  138. * Revision 1.5  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  139. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  140. *
  141. * Revision 1.4  2004/01/22 20:10:39  vasilche
  142. * 1. Splitted ID2 specs to two parts.
  143. * ID2 now specifies only protocol.
  144. * Specification of ID2 split data is moved to seqsplit ASN module.
  145. * For now they are still reside in one resulting library as before - libid2.
  146. * As the result split specific headers are now in objects/seqsplit.
  147. * 2. Moved ID2 and ID1 specific code out of object manager.
  148. * Protocol is processed by corresponding readers.
  149. * ID2 split parsing is processed by ncbi_xreader library - used by all readers.
  150. * 3. Updated OBJMGR_LIBS correspondingly.
  151. *
  152. * Revision 1.3  2003/11/26 17:55:55  vasilche
  153. * Implemented ID2 split in ID1 cache.
  154. * Fixed loading of splitted annotations.
  155. *
  156. * Revision 1.2  2003/10/07 13:43:22  vasilche
  157. * Added proper handling of named Seq-annots.
  158. * Added feature search from named Seq-annots.
  159. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  160. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  161. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  162. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  163. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  164. *
  165. * Revision 1.1  2003/09/30 16:22:01  vasilche
  166. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  167. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  168. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  169. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  170. * Optimized bioseq lookup in scope.
  171. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  172. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  173. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  174. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  175. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  176. *
  177. * ===========================================================================
  178. */
  179. #endif//OBJECTS_OBJMGR_IMPL___TSE_CHUNK_INFO__HPP