prefetch_impl.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: prefetch_impl.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 19:22:04  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef PREFETCH_IMPL__HPP
  10. #define PREFETCH_IMPL__HPP
  11. /*  $Id: prefetch_impl.hpp,v 1000.2 2004/06/01 19:22:04 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author: Aleksey Grichenko, Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   Prefetch implementation
  40. *
  41. */
  42. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  43. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  44. #include <corelib/ncbithr.hpp>
  45. #include <objmgr/data_loader.hpp>
  46. #include <util/thread_pool.hpp>
  47. #include <vector>
  48. #include <set>
  49. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. class CScope;
  52. class CSeq_id;
  53. class CSeq_id_Handle;
  54. class CBioseq_Handle;
  55. class CPrefetchThread;
  56. class CDataSource;
  57. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CPrefetchToken_Impl : public CObject
  58. {
  59. public:
  60.     typedef vector<CSeq_id_Handle> TIds;
  61.     typedef CDataLoader::TTSE_Lock TTSE_Lock;
  62.     ~CPrefetchToken_Impl(void);
  63. private:
  64.     friend class CPrefetchToken;
  65.     friend class CPrefetchThread;
  66.     CPrefetchToken_Impl(const TIds& ids, unsigned int depth);
  67.     void x_InitPrefetch(CScope& scope);
  68.     void x_SetNon_locking(void);
  69.     // Hide copy methods
  70.     CPrefetchToken_Impl(const CPrefetchToken_Impl&);
  71.     CPrefetchToken_Impl& operator=(const CPrefetchToken_Impl&);
  72.     operator bool(void) const;
  73.     CBioseq_Handle NextBioseqHandle(CScope& scope);
  74.     void AddTokenReference(void);
  75.     void RemoveTokenReference(void);
  76.     // Called by fetching function when id is loaded
  77.     void AddResolvedId(size_t id_idx, TTSE_Lock tse);
  78.     // Checked by CPrefetchThread before processing next id
  79.     bool IsEmpty(void) const;
  80.     typedef vector<TTSE_Lock>   TFetchedTSEs;
  81.     typedef map<TTSE_Lock, int> TTSE_Map;
  82.     int            m_TokenCount;    // Number of tokens referencing this impl
  83.     TIds           m_Ids;           // requested ids in the original order
  84.     size_t         m_CurrentId;     // next id to return
  85.     TFetchedTSEs   m_TSEs;          // loaded TSEs
  86.     TTSE_Map       m_TSEMap;        // Map TSE to number of related IDs
  87.     int            m_PrefetchDepth; // Max. number of TSEs to prefetch
  88.     CSemaphore     m_TSESemaphore;  // Signal to fetch next TSE
  89.     bool           m_Non_locking;   // Do not lock TSEs (used for caching)
  90.     mutable CFastMutex m_Lock;
  91. };
  92. class CPrefetchThread : public CThread
  93. {
  94. public:
  95.     CPrefetchThread(CDataSource& data_source);
  96.     // Add request to the fetcher queue
  97.     void AddRequest(CPrefetchToken_Impl& token);
  98.     // Stop the thread (since Exit() can not be called from
  99.     // data loader's destructor).
  100.     void Terminate(void);
  101. protected:
  102.     virtual void* Main(void);
  103.     // protected destructor as required by CThread
  104.     ~CPrefetchThread(void);
  105. private:
  106.     // Using list to be able to delete elements
  107.     typedef CBlockingQueue<CRef<CPrefetchToken_Impl> > TPrefetchQueue;
  108.     CDataSource&   m_DataSource;
  109.     TPrefetchQueue m_Queue;
  110.     CFastMutex     m_Lock;
  111.     bool           m_Stop;      // used to stop the thread
  112. };
  113. END_SCOPE(objects)
  114. END_NCBI_SCOPE
  115. /*
  116. * ---------------------------------------------------------------------------
  117. * $Log: prefetch_impl.hpp,v $
  118. * Revision 1000.2  2004/06/01 19:22:04  gouriano
  119. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  120. *
  121. * Revision 1.4  2004/05/07 13:47:34  grichenk
  122. * Removed single-id constructors.
  123. * Added non-locking prefetch mode.
  124. *
  125. * Revision 1.3  2004/04/21 15:35:06  gorelenk
  126. * Added export prefix to class CPrefetchToken_Impl .
  127. *
  128. * Revision 1.2  2004/04/19 14:52:29  grichenk
  129. * Added prefetch depth limit, redesigned prefetch queue.
  130. *
  131. * Revision 1.1  2004/04/16 13:30:34  grichenk
  132. * Initial revision
  133. *
  134. *
  135. * ===========================================================================
  136. */
  137. #endif  // PREFETCH_IMPL__HPP