开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
scope_impl.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：26k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

scope_impl.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: scope_impl.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/04/16 17:00:16  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.8
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef OBJMGR_IMPL_SCOPE_IMPL__HPP
  11. #define OBJMGR_IMPL_SCOPE_IMPL__HPP
  13. /*  $Id: scope_impl.hpp,v 1000.2 2004/04/16 17:00:16 gouriano Exp $
  14. * ===========================================================================
  15. *
  16. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17. *               National Center for Biotechnology Information
  18. *
  19. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25. *
  26. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32. *  purpose.
  33. *
  34. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35. *
  36. * ===========================================================================
  37. *
  38. * Authors:
  39. *           Andrei Gourianov
  40. *           Aleksey Grichenko
  41. *           Michael Kimelman
  42. *           Denis Vakatov
  43. *           Eugene Vasilchenko
  44. *
  45. * File Description:
  46. *           Scope is top-level object available to a client.
  47. *           Its purpose is to define a scope of visibility and reference
  48. *           resolution and provide access to the bio sequence data
  49. *
  50. */
  52. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  53. #include <corelib/ncbimtx.hpp>
  55. #include <objmgr/impl/heap_scope.hpp>
  56. #include <objmgr/impl/priority.hpp>
  58. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  59. #include <objmgr/seq_entry_handle.hpp>
  60. #include <objmgr/seq_annot_handle.hpp>
  62. #include <objmgr/seq_id_handle.hpp>
  63. #include <objmgr/seq_id_mapper.hpp>
  65. #include <objmgr/impl/scope_info.hpp>
  66. #include <objmgr/impl/mutex_pool.hpp>
  68. #include <objects/seq/Seq_inst.hpp> // for enum EMol
  70. #include <set>
  71. #include <map>
  73. BEGIN_NCBI_SCOPE
  74. BEGIN_SCOPE(objects)
  77. // fwd decl
  78. // objects
  79. class CSeq_entry;
  80. class CSeq_annot;
  81. class CSeq_data;
  82. class CSeq_id;
  83. class CSeq_loc;
  84. class CBioseq;
  86. // objmgr
  87. class CScope;
  88. class CHeapScope;
  89. class CObjectManager;
  90. class CDataSource;
  91. class CSeq_entry_Info;
  92. class CSeq_annot_Info;
  93. class CBioseq_Info;
  94. class CSeq_id_Handle;
  95. class CSeqMap;
  96. class CSeqMatch_Info;
  97. class CSynonymsSet;
  98. class CBioseq_Handle;
  99. class CSeq_annot_Handle;
  100. class CSeq_entry_Handle;
  101. class CBioseq_EditHandle;
  102. class CSeq_annot_EditHandle;
  103. class CSeq_entry_EditHandle;
  104. class CHandleRangeMap;
  105. struct CDataSource_ScopeInfo;
  106. struct SAnnotTypeSelector;
  107. struct SAnnotSelector;
  108. class CPriorityTree;
  109. class CPriorityNode;
  112. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  113. // CScope_Impl
  114. /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  116. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CScope_Impl : public CObject
  117. {
  118. public:
  119.     typedef CConstRef<CTSE_Info>                     TTSE_Lock;
  120.     typedef set<TTSE_Lock>                           TTSE_LockSet;
  122.     // History of requests
  123.     typedef map<CSeq_id_Handle, SSeq_id_ScopeInfo>   TSeq_idMap;
  124.     typedef TSeq_idMap::value_type                   TSeq_idMapValue;
  125.     typedef CRef<CBioseq_ScopeInfo>                  TBioseqMapValue;
  126.     typedef const CBioseq_Info*                      TBioseqMapKey;
  127.     typedef map<TBioseqMapKey, TBioseqMapValue>      TBioseqMap;
  128.     typedef SSeq_id_ScopeInfo::TAnnotRefSet          TAnnotRefSet;
  129.     typedef int                                      TPriority;
  131.     //////////////////////////////////////////////////////////////////
  132.     // Adding top level objects: DataLoader, Seq-entry, Bioseq, Seq-annot
  133.     enum EPriority {
  134.         kPriority_NotSet = -1
  135.     };
  137.     // Add default data loaders from object manager
  138.     void AddDefaults(TPriority priority = kPriority_NotSet);
  139.     // Add data loader by name.
  140.     // The loader (or its factory) must be known to Object Manager.
  141.     void AddDataLoader(const string& loader_name,
  142.                        TPriority priority = kPriority_NotSet);
  143.     // Add the scope's datasources as a single group with the given priority
  144.     void AddScope(CScope_Impl& scope,
  145.                   TPriority priority = kPriority_NotSet);
  147.     // Add seq_entry, default priority is higher than for defaults or loaders
  148.     CSeq_entry_Handle AddTopLevelSeqEntry(CSeq_entry& top_entry,
  149.                                           TPriority pri = kPriority_NotSet);
  150.     // Add bioseq, return bioseq handle. Try to use unresolved seq-id
  151.     // from the bioseq, fail if all ids are already resolved to
  152.     // other sequences.
  153.     CBioseq_Handle AddBioseq(CBioseq& bioseq,
  154.                              TPriority pri = kPriority_NotSet);
  156.     // Add Seq-annot.
  157.     CSeq_annot_Handle AddAnnot(const CSeq_annot& annot,
  158.                                TPriority pri = kPriority_NotSet);
  160.     //////////////////////////////////////////////////////////////////
  161.     // Modification of existing object tree
  162.     CBioseq_EditHandle GetEditHandle(const CBioseq_Handle& seq);
  163.     CSeq_entry_EditHandle GetEditHandle(const CSeq_entry_Handle& entry);
  164.     CSeq_annot_EditHandle GetEditHandle(const CSeq_annot_Handle& annot);
  165.     CBioseq_set_EditHandle GetEditHandle(const CBioseq_set_Handle& seqset);
  167.     // Add new sub-entry to the existing tree if it is in this scope
  168.     CSeq_entry_EditHandle AttachEntry(const CBioseq_set_EditHandle& seqset,
  169.                                       CSeq_entry& entry,
  170.                                       int index = -1);
  171.     CSeq_entry_EditHandle CopyEntry(const CBioseq_set_EditHandle& seqset,
  172.                                     const CSeq_entry_Handle& entry,
  173.                                     int index = -1);
  174.     CSeq_entry_EditHandle TakeEntry(const CBioseq_set_EditHandle& seqset,
  175.                                     const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  176.                                     int index = -1);
  178.     // Add annotations to a seq-entry (seq or set)
  179.     CSeq_annot_EditHandle AttachAnnot(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  180.                                       const CSeq_annot& annot);
  181.     CSeq_annot_EditHandle CopyAnnot(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  182.                                     const CSeq_annot_Handle& annot);
  183.     CSeq_annot_EditHandle TakeAnnot(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  184.                                     const CSeq_annot_EditHandle& annot);
  186.     // Remove methods
  187.     void RemoveEntry(const CSeq_entry_EditHandle& entry);
  188.     void RemoveBioseq(const CBioseq_EditHandle& seq);
  189.     void RemoveBioseq_set(const CBioseq_set_EditHandle& seqset);
  190.     void RemoveAnnot(const CSeq_annot_EditHandle& annot);
  192.     // Modify Seq-entry
  193.     void SelectNone(const CSeq_entry_EditHandle& entry);
  194.     CBioseq_EditHandle SelectSeq(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  195.                                  CBioseq& seq);
  196.     CBioseq_EditHandle CopySeq(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  197.                                const CBioseq_Handle& seq);
  198.     CBioseq_EditHandle TakeSeq(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  199.                                const CBioseq_EditHandle& seq);
  201.     CBioseq_set_EditHandle SelectSet(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  202.                                      CBioseq_set& seqset);
  203.     CBioseq_set_EditHandle CopySet(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  204.                                    const CBioseq_set_Handle& seqset);
  205.     CBioseq_set_EditHandle TakeSet(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  206.                                    const CBioseq_set_EditHandle& seqset);
  208.     // Get bioseq handle, limit id resolving
  209.     CBioseq_Handle GetBioseqHandle(const CSeq_id& id, int get_flag);
  210.     CBioseq_Handle GetBioseqHandle(const CSeq_id_Handle& id, int get_flag);
  212.     CBioseq_Handle GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id& id,
  213.                                           const CBioseq_Handle& bh);
  214.     CBioseq_Handle GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id& id,
  215.                                           const CSeq_entry_Handle& seh);
  216.     CBioseq_Handle GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  217.                                           const CBioseq_Handle& bh);
  218.     CBioseq_Handle GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  219.                                           const CSeq_entry_Handle& seh);
  221.     // Get bioseq handle by seqloc
  222.     CBioseq_Handle GetBioseqHandle(const CSeq_loc& loc, int get_flag);
  224.     // Deprecated interface
  225.     CBioseq_Handle GetBioseqHandle(const CBioseq& bioseq);
  226.     CSeq_entry_Handle GetSeq_entryHandle(const CSeq_entry& entry);
  227.     CSeq_annot_Handle GetSeq_annotHandle(const CSeq_annot& annot);
  229.     void ResetHistory(void);
  231.     virtual void DebugDump(CDebugDumpContext ddc, unsigned int depth) const;
  233.     CConstRef<CSynonymsSet> GetSynonyms(const CSeq_id& id);
  234.     CConstRef<CSynonymsSet> GetSynonyms(const CSeq_id_Handle& id);
  235.     CConstRef<CSynonymsSet> GetSynonyms(const CBioseq_Handle& bh);
  237.     typedef vector<CSeq_entry_Handle> TTSE_Handles;
  238.     void GetAllTSEs(TTSE_Handles& tses, int kind);
  240. private:
  241.     // constructor/destructor visible from CScope
  242.     CScope_Impl(CObjectManager& objmgr);
  243.     virtual ~CScope_Impl(void);
  245.     // to prevent copying
  246.     CScope_Impl(const CScope_Impl&);
  247.     CScope_Impl& operator=(const CScope_Impl&);
  249.     // Return the highest priority loader or null
  250.     CDataSource* GetFirstLoaderSource(void);
  252.     void UpdateAnnotIndex(const CSeq_annot& limit_annot);
  253.     void UpdateAnnotIndex(const CSeq_annot_Handle& annot);
  255.     CConstRef<TAnnotRefSet>
  256.     GetTSESetWithAnnots(const CSeq_id_Handle& idh_type);
  257.     CConstRef<TAnnotRefSet>
  258.     GetTSESetWithAnnots(const CBioseq_Handle& bh);
  260.     void x_AttachToOM(CObjectManager& objmgr);
  261.     void x_DetachFromOM(void);
  262.     void x_ResetHistory(void);
  264.     // clean some cache entries when new data source is added
  265.     void x_ClearCacheOnNewData(void);
  266.     void x_ClearAnnotCache(void);
  267.     void x_ClearCacheOnRemoveData(const CSeq_entry_Info& entry);
  268.     void x_ClearCacheOnRemoveData(const CBioseq_set_Info& seqset);
  269.     void x_ClearCacheOnRemoveData(const CBioseq_Info& seq);
  271.     CSeq_entry_EditHandle x_AttachEntry(const CBioseq_set_EditHandle& seqset,
  272.                                         CRef<CSeq_entry_Info> entry,
  273.                                         int index);
  274.     CSeq_annot_EditHandle x_AttachAnnot(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  275.                                         CRef<CSeq_annot_Info> annot);
  277.     CBioseq_EditHandle x_SelectSeq(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  278.                                    CRef<CBioseq_Info> bioseq);
  279.     CBioseq_set_EditHandle x_SelectSet(const CSeq_entry_EditHandle& entry,
  280.                                        CRef<CBioseq_set_Info> seqset);
  282.     // Find the best possible resolution for the Seq-id
  283.     void x_ResolveSeq_id(TSeq_idMapValue& id, int get_flag);
  284.     // Iterate over priorities, find all possible data sources
  285.     CDataSource_ScopeInfo* x_FindBioseqInfo(const CPriorityTree& tree,
  286.                                             const CSeq_id_Handle& idh,
  287.                                             const TSeq_id_HandleSet* hset,
  288.                                             CSeqMatch_Info& match_info,
  289.                                             int get_flag);
  290.     CDataSource_ScopeInfo* x_FindBioseqInfo(const CPriorityNode& node,
  291.                                             const CSeq_id_Handle& idh,
  292.                                             const TSeq_id_HandleSet* hset,
  293.                                             CSeqMatch_Info& match_info,
  294.                                             int get_flag);
  295.     CDataSource_ScopeInfo* x_FindBioseqInfo(CDataSource_ScopeInfo& ds_info,
  296.                                             const CSeq_id_Handle& idh,
  297.                                             const TSeq_id_HandleSet* hset,
  298.                                             CSeqMatch_Info& match_info,
  299.                                             int get_flag);
  301.     CBioseq_Handle x_GetBioseqHandleFromTSE(const CSeq_id_Handle& id,
  302.                                             const CTSE_Info& tse);
  304.     CBioseq_Handle GetBioseqHandle(const CBioseq_Info& seq);
  305.     CBioseq_Handle x_GetBioseqHandle(const CBioseq_Info& seq);
  307. public:
  308.     CConstRef<CTSE_Info> x_GetTSE_Info(const CSeq_entry& tse);
  309.     CConstRef<CSeq_entry_Info> x_GetSeq_entry_Info(const CSeq_entry& entry);
  310.     CConstRef<CSeq_annot_Info> x_GetSeq_annot_Info(const CSeq_annot& annot);
  311.     CConstRef<CBioseq_Info> x_GetBioseq_Info(const CBioseq& bioseq);
  313. private:
  314.     // Get bioseq handles for sequences from the given TSE using the filter
  315.     typedef vector<CBioseq_Handle> TBioseq_HandleSet;
  316.     typedef int TBioseqLevelFlag;
  317.     void x_PopulateBioseq_HandleSet(const CSeq_entry_Handle& tse,
  318.                                     TBioseq_HandleSet& handles,
  319.                                     CSeq_inst::EMol filter,
  320.                                     TBioseqLevelFlag level);
  322.     CConstRef<CSynonymsSet> x_GetSynonyms(CBioseq_ScopeInfo& info);
  323.     void x_AddSynonym(const CSeq_id_Handle& idh,
  324.                       CSynonymsSet& syn_set, CBioseq_ScopeInfo& info);
  326.     // Conflict reporting function
  327.     enum EConflict {
  328.         eConflict_History,
  329.         eConflict_Live
  330.     };
  331.     void x_ThrowConflict(EConflict conflict_type,
  332.                          const CSeqMatch_Info& info1,
  333.                          const CSeqMatch_Info& info2) const;
  335.     TSeq_idMapValue& x_GetSeq_id_Info(const CSeq_id_Handle& id);
  336.     TSeq_idMapValue& x_GetSeq_id_Info(const CBioseq_Handle& bh);
  337.     TSeq_idMapValue* x_FindSeq_id_Info(const CSeq_id_Handle& id);
  339.     CRef<CBioseq_ScopeInfo> x_InitBioseq_Info(TSeq_idMapValue& info,
  340.                                               int get_flag);
  341.     bool x_InitBioseq_Info(TSeq_idMapValue& info,
  342.                            CBioseq_ScopeInfo& bioseq_info);
  343.     CRef<CBioseq_ScopeInfo> x_GetBioseq_Info(const CSeq_id_Handle& id,
  344.                                              int get_flag);
  345.     CRef<CBioseq_ScopeInfo> x_FindBioseq_Info(const CSeq_id_Handle& id,
  346.                                               int get_flag);
  349.     CScope*         m_HeapScope;
  351.     CObjectManager* m_pObjMgr;
  352.     CPriorityTree   m_setDataSrc; // Data sources ordered by priority
  354.     CInitMutexPool  m_MutexPool;
  356.     typedef CRWLock                  TRWLock;
  357.     typedef TRWLock::TReadLockGuard  TReadLockGuard;
  358.     typedef TRWLock::TWriteLockGuard TWriteLockGuard;
  360.     mutable TRWLock m_Scope_Conf_RWLock;
  362.     TSeq_idMap      m_Seq_idMap;
  363.     mutable TRWLock m_Seq_idMapLock;
  364.     TBioseqMap      m_BioseqMap;
  365.     mutable TRWLock m_BioseqMapLock;
  367.     friend class CScope;
  368.     friend class CHeapScope;
  369.     friend class CObjectManager;
  370.     friend class CSeqVector;
  371.     friend class CDataSource;
  372.     friend class CBioseq_CI;
  373.     friend class CAnnot_Collector;
  374.     friend class CBioseq_Handle;
  375.     friend class CBioseq_set_Handle;
  376.     friend class CSeq_entry_Handle;
  377.     friend class CBioseq_EditHandle;
  378.     friend class CBioseq_set_EditHandle;
  379.     friend class CSeq_entry_EditHandle;
  380.     friend class CTSE_CI;
  381.     friend class CSeq_annot_CI;
  382.     friend class CSeqMap_CI;
  383.     friend class CPrefetchToken_Impl;
  384. };
  387. END_SCOPE(objects)
  388. END_NCBI_SCOPE
  390. /*
  391. * ---------------------------------------------------------------------------
  392. * $Log: scope_impl.hpp,v $
  393. * Revision 1000.2  2004/04/16 17:00:16  gouriano
  394. * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.8
  395. *
  396. * Revision 1.8  2004/04/16 13:31:46  grichenk
  397. * Added data pre-fetching functions.
  398. *
  399. * Revision 1.7  2004/04/13 15:59:35  grichenk
  400. * Added CScope::GetBioseqHandle() with id resolving flag.
  401. *
  402. * Revision 1.6  2004/04/12 18:40:24  grichenk
  403. * Added GetAllTSEs()
  404. *
  405. * Revision 1.5  2004/04/05 15:56:13  grichenk
  406. * Redesigned CAnnotTypes_CI: moved all data and data collecting
  407. * functions to CAnnotDataCollector. CAnnotTypes_CI is no more
  408. * inherited from SAnnotSelector.
  409. *
  410. * Revision 1.4  2004/03/31 17:08:06  vasilche
  411. * Implemented ConvertSeqToSet and ConvertSetToSeq.
  412. *
  413. * Revision 1.3  2004/03/29 20:13:06  vasilche
  414. * Implemented whole set of methods to modify Seq-entry object tree.
  415. * Added CBioseq_Handle::GetExactComplexityLevel().
  416. *
  417. * Revision 1.2  2004/03/24 18:30:29  vasilche
  418. * Fixed edit API.
  419. * Every *_Info object has its own shallow copy of original object.
  420. *
  421. * Revision 1.1  2004/03/16 15:47:27  vasilche
  422. * Added CBioseq_set_Handle and set of EditHandles
  423. *
  424. * Revision 1.71  2004/02/19 17:23:00  vasilche
  425. * Changed order of deletion of heap scope and scope impl objects.
  426. * Reduce number of calls to x_ResetHistory().
  427. *
  428. * Revision 1.70  2004/02/02 14:46:42  vasilche
  429. * Several performance fixed - do not iterate whole tse set in CDataSource.
  430. *
  431. * Revision 1.69  2004/01/29 20:33:27  vasilche
  432. * Do not resolve any Seq-ids in CScope::GetSynonyms() -
  433. * assume all not resolved Seq-id as synonym.
  434. * Seq-id conflict messages made clearer.
  435. *
  436. * Revision 1.68  2004/01/27 17:11:13  ucko
  437. * Remove redundant forward declaration of CTSE_Info
  438. *
  439. * Revision 1.67  2003/12/29 20:04:52  grichenk
  440. * CHeapScope can be initialized with null pointer.
  441. *
  442. * Revision 1.66  2003/12/18 16:38:05  grichenk
  443. * Added CScope::RemoveEntry()
  444. *
  445. * Revision 1.65  2003/11/28 15:13:24  grichenk
  446. * Added CSeq_entry_Handle
  447. *
  448. * Revision 1.64  2003/11/21 20:33:03  grichenk
  449. * Added GetBioseqHandleFromTSE(CSeq_id, CSeq_entry)
  450. *
  451. * Revision 1.63  2003/11/12 15:49:48  vasilche
  452. * Added loading annotations on non gi Seq-id.
  453. *
  454. * Revision 1.62  2003/10/07 13:43:22  vasilche
  455. * Added proper handling of named Seq-annots.
  456. * Added feature search from named Seq-annots.
  457. * Added configurable adaptive annotation search (default: gene, cds, mrna).
  458. * Fixed selection of blobs for loading from GenBank.
  459. * Added debug checks to CSeq_id_Mapper for easier finding lost CSeq_id_Handles.
  460. * Fixed leaked split chunks annotation stubs.
  461. * Moved some classes definitions in separate *.cpp files.
  462. *
  463. * Revision 1.61  2003/09/30 16:21:59  vasilche
  464. * Updated internal object manager classes to be able to load ID2 data.
  465. * SNP blobs are loaded as ID2 split blobs - readers convert them automatically.
  466. * Scope caches results of requests for data to data loaders.
  467. * Optimized CSeq_id_Handle for gis.
  468. * Optimized bioseq lookup in scope.
  469. * Reduced object allocations in annotation iterators.
  470. * CScope is allowed to be destroyed before other objects using this scope are
  471. * deleted (feature iterators, bioseq handles etc).
  472. * Optimized lookup for matching Seq-ids in CSeq_id_Mapper.
  473. * Added 'adaptive' option to objmgr_demo application.
  474. *
  475. * Revision 1.60  2003/09/05 20:50:24  grichenk
  476. * +AddBioseq(CBioseq&)
  477. *
  478. * Revision 1.59  2003/09/03 19:59:59  grichenk
  479. * Added sequence filtering by level (mains/parts/all)
  480. *
  481. * Revision 1.58  2003/08/12 18:25:39  grichenk
  482. * Fixed default priorities
  483. *
  484. * Revision 1.57  2003/08/06 20:51:14  grichenk
  485. * Removed declarations of non-existent methods
  486. *
  487. * Revision 1.56  2003/08/04 17:02:57  grichenk
  488. * Added constructors to iterate all annotations from a
  489. * seq-entry or seq-annot.
  490. *
  491. * Revision 1.55  2003/07/25 15:25:22  grichenk
  492. * Added CSeq_annot_CI class
  493. *
  494. * Revision 1.54  2003/07/17 20:07:55  vasilche
  495. * Reduced memory usage by feature indexes.
  496. * SNP data is loaded separately through PUBSEQ_OS.
  497. * String compression for SNP data.
  498. *
  499. * Revision 1.53  2003/06/30 18:42:09  vasilche
  500. * CPriority_I made to use less memory allocations/deallocations.
  501. *
  502. * Revision 1.52  2003/06/19 18:34:07  vasilche
  503. * Fixed compilation on Windows.
  504. *
  505. * Revision 1.51  2003/06/19 18:23:44  vasilche
  506. * Added several CXxx_ScopeInfo classes for CScope related information.
  507. * CBioseq_Handle now uses reference to CBioseq_ScopeInfo.
  508. * Some fine tuning of locking in CScope.
  509. *
  510. * Revision 1.49  2003/05/27 19:44:04  grichenk
  511. * Added CSeqVector_CI class
  512. *
  513. * Revision 1.48  2003/05/20 15:44:37  vasilche
  514. * Fixed interaction of CDataSource and CDataLoader in multithreaded app.
  515. * Fixed some warnings on WorkShop.
  516. * Added workaround for memory leak on WorkShop.
  517. *
  518. * Revision 1.47  2003/05/14 18:39:25  grichenk
  519. * Simplified TSE caching and filtering in CScope, removed
  520. * some obsolete members and functions.
  521. *
  522. * Revision 1.46  2003/05/12 19:18:28  vasilche
  523. * Fixed locking of object manager classes in multi-threaded application.
  524. *
  525. * Revision 1.45  2003/05/06 18:54:06  grichenk
  526. * Moved TSE filtering from CDataSource to CScope, changed
  527. * some filtering rules (e.g. priority is now more important
  528. * than scope history). Added more caches to CScope.
  529. *
  530. * Revision 1.44  2003/04/29 19:51:12  vasilche
  531. * Fixed interaction of Data Loader garbage collector and TSE locking mechanism.
  532. * Made some typedefs more consistent.
  533. *
  534. * Revision 1.43  2003/04/24 17:24:57  vasilche
  535. * SAnnotSelector is struct.
  536. * Added include required by MS VC.
  537. *
  538. * Revision 1.42  2003/04/24 16:12:37  vasilche
  539. * Object manager internal structures are splitted more straightforward.
  540. * Removed excessive header dependencies.
  541. *
  542. * Revision 1.41  2003/04/09 16:04:29  grichenk
  543. * SDataSourceRec replaced with CPriorityNode
  544. * Added CScope::AddScope(scope, priority) to allow scope nesting
  545. *
  546. * Revision 1.40  2003/04/03 14:18:08  vasilche
  547. * Added public GetSynonyms() method.
  548. *
  549. * Revision 1.39  2003/03/26 21:00:07  grichenk
  550. * Added seq-id -> tse with annotation cache to CScope
  551. *
  552. * Revision 1.38  2003/03/24 21:26:42  grichenk
  553. * Added support for CTSE_CI
  554. *
  555. * Revision 1.37  2003/03/21 19:22:48  grichenk
  556. * Redesigned TSE locking, replaced CTSE_Lock with CRef<CTSE_Info>.
  557. *
  558. * Revision 1.36  2003/03/18 14:46:36  grichenk
  559. * Set limit object type to "none" if the object is null.
  560. *
  561. * Revision 1.35  2003/03/12 20:09:30  grichenk
  562. * Redistributed members between CBioseq_Handle, CBioseq_Info and CTSE_Info
  563. *
  564. * Revision 1.34  2003/03/11 14:15:49  grichenk
  565. * +Data-source priority
  566. *
  567. * Revision 1.33  2003/03/10 16:55:16  vasilche
  568. * Cleaned SAnnotSelector structure.
  569. * Added shortcut when features are limited to one TSE.
  570. *
  571. * Revision 1.32  2003/03/03 20:32:47  vasilche
  572. * Removed obsolete method GetSynonyms().
  573. *
  574. * Revision 1.31  2003/02/28 20:02:35  grichenk
  575. * Added synonyms cache and x_GetSynonyms()
  576. *
  577. * Revision 1.30  2003/02/27 14:35:32  vasilche
  578. * Splitted PopulateTSESet() by logically independent parts.
  579. *
  580. * Revision 1.29  2003/02/24 18:57:21  vasilche
  581. * Make feature gathering in one linear pass using CSeqMap iterator.
  582. * Do not use feture index by sub locations.
  583. * Sort features at the end of gathering in one vector.
  584. * Extracted some internal structures and classes in separate header.
  585. * Delay creation of mapped features.
  586. *
  587. * Revision 1.28  2003/01/22 20:11:53  vasilche
  588. * Merged functionality of CSeqMapResolved_CI to CSeqMap_CI.
  589. * CSeqMap_CI now supports resolution and iteration over sequence range.
  590. * Added several caches to CScope.
  591. * Optimized CSeqVector().
  592. * Added serveral variants of CBioseqHandle::GetSeqVector().
  593. * Tried to optimize annotations iterator (not much success).
  594. * Rewritten CHandleRange and CHandleRangeMap classes to avoid sorting of list.
  595. *
  596. * Revision 1.27  2002/12/26 20:51:36  dicuccio
  597. * Added Win32 export specifier
  598. *
  599. * Revision 1.26  2002/12/26 16:39:21  vasilche
  600. * Object manager class CSeqMap rewritten.
  601. *
  602. * Revision 1.25  2002/11/08 22:15:50  grichenk
  603. * Added methods for removing/replacing annotations
  604. *
  605. * Revision 1.24  2002/11/01 05:34:06  kans
  606. * added GetBioseqHandle taking CBioseq parameter
  607. *
  608. * Revision 1.23  2002/10/31 22:25:09  kans
  609. * added GetBioseqHandle taking CSeq_loc parameter
  610. *
  611. * Revision 1.22  2002/10/18 19:12:39  grichenk
  612. * Removed mutex pools, converted most static mutexes to non-static.
  613. * Protected CSeqMap::x_Resolve() with mutex. Modified code to prevent
  614. * dead-locks.
  615. *
  616. * Revision 1.21  2002/10/02 17:58:21  grichenk
  617. * Added sequence type filter to CBioseq_CI
  618. *
  619. * Revision 1.20  2002/09/30 20:01:17  grichenk
  620. * Added methods to support CBioseq_CI
  621. *
  622. * Revision 1.19  2002/07/08 20:50:56  grichenk
  623. * Moved log to the end of file
  624. * Replaced static mutex (in CScope, CDataSource) with the mutex
  625. * pool. Redesigned CDataSource data locking.
  626. *
  627. * Revision 1.18  2002/06/04 17:18:32  kimelman
  628. * memory cleanup :  new/delete/Cref rearrangements
  629. *
  630. * Revision 1.17  2002/05/28 18:01:11  gouriano
  631. * DebugDump added
  632. *
  633. * Revision 1.16  2002/05/14 20:06:23  grichenk
  634. * Improved CTSE_Info locking by CDataSource and CDataLoader
  635. *
  636. * Revision 1.15  2002/05/06 03:30:36  vakatov
  637. * OM/OM1 renaming
  638. *
  639. * Revision 1.14  2002/05/03 21:28:02  ucko
  640. * Introduce T(Signed)SeqPos.
  641. *
  642. * Revision 1.13  2002/04/17 21:09:38  grichenk
  643. * Fixed annotations loading
  644. *
  645. * Revision 1.12  2002/04/08 19:14:15  gouriano
  646. * corrected comment to AddDefaults()
  647. *
  648. * Revision 1.11  2002/03/27 18:46:26  gouriano
  649. * three functions made public
  650. *
  651. * Revision 1.10  2002/03/20 21:20:38  grichenk
  652. * +CScope::ResetHistory()
  653. *
  654. * Revision 1.9  2002/02/21 19:27:00  grichenk
  655. * Rearranged includes. Added scope history. Added searching for the
  656. * best seq-id match in data sources and scopes. Updated tests.
  657. *
  658. * Revision 1.8  2002/02/07 21:27:33  grichenk
  659. * Redesigned CDataSource indexing: seq-id handle -> TSE -> seq/annot
  660. *
  661. * Revision 1.7  2002/02/06 21:46:43  gouriano
  662. * *** empty log message ***
  663. *
  664. * Revision 1.6  2002/02/05 21:47:21  gouriano
  665. * added FindSeqid function, minor tuneup in CSeq_id_mapper
  666. *
  667. * Revision 1.5  2002/01/28 19:45:33  gouriano
  668. * changed the interface of BioseqHandle: two functions moved from Scope
  669. *
  670. * Revision 1.4  2002/01/23 21:59:29  grichenk
  671. * Redesigned seq-id handles and mapper
  672. *
  673. * Revision 1.3  2002/01/18 17:07:12  gouriano
  674. * renamed GetSequence to GetSeqVector
  675. *
  676. * Revision 1.2  2002/01/16 16:26:35  gouriano
  677. * restructured objmgr
  678. *
  679. * Revision 1.1  2002/01/11 19:04:03  gouriano
  680. * restructured objmgr
  681. *
  682. *
  683. * ===========================================================================
  684. */
  686. #endif//OBJMGR_IMPL_SCOPE_IMPL__HPP