annot_type_index.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: annot_type_index.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:32:39  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef OBJECTS_OBJMGR_IMPL___ANNOT_TYPE_INDEX__HPP
  10. #define OBJECTS_OBJMGR_IMPL___ANNOT_TYPE_INDEX__HPP
  11. /*  $Id: annot_type_index.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:32:39 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author: Aleksey Grichenko
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   Annotation type indexes
  40. *
  41. */
  42. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  43. #include <objects/seqfeat/SeqFeatData.hpp>
  44. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  45. #include <vector>
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. BEGIN_SCOPE(objects)
  48. struct SAnnotTypeSelector;
  49. struct SIdAnnotObjs;
  50. class CAnnotObject_Info;
  51. struct SAnnotObject_Key;
  52. ////////////////////////////////////////////////////////////////////
  53. //
  54. //  CAnnotType_Index::
  55. //
  56. //    Helper class to convert annotation type/subtype to an index
  57. //
  58. class NCBI_XOBJMGR_EXPORT CAnnotType_Index
  59. {
  60. public:
  61.     typedef pair<size_t, size_t> TIndexRange;
  62.     static void Initialize(void);
  63.     static TIndexRange GetAnnotTypeRange(CSeq_annot::C_Data::E_Choice type);
  64.     static TIndexRange GetFeatTypeRange(CSeqFeatData::E_Choice type);
  65.     static size_t GetSubtypeIndex(CSeqFeatData::ESubtype subtype);
  66.     static TIndexRange GetIndexRange(const SAnnotTypeSelector& sel);
  67.     static TIndexRange GetIndexRange(const SAnnotTypeSelector& sel,
  68.                                      const SIdAnnotObjs& objs);
  69.     static size_t GetTypeIndex(const CAnnotObject_Info& info);
  70.     static size_t GetTypeIndex(const SAnnotObject_Key& key);
  71. private:
  72.     typedef vector<TIndexRange> TIndexRangeTable;
  73.     typedef vector<size_t>      TIndexTable;
  74.     static void x_InitIndexTables(void);
  75.     // Initialization flag
  76.     static bool sm_TablesInitialized;
  77.     // Table: annot type -> index
  78.     // (for Ftable it's just the first feature type index)
  79.     static TIndexRangeTable sm_AnnotTypeIndexRange;
  80.     // Table: feat type -> index range, [)
  81.     static TIndexRangeTable sm_FeatTypeIndexRange;
  82.     // Table feat subtype -> index
  83.     static TIndexTable sm_FeatSubtypeIndex;
  84. };
  85. inline
  86. void CAnnotType_Index::Initialize(void)
  87. {
  88.     if (!sm_TablesInitialized) {
  89.         x_InitIndexTables();
  90.     }
  91. }
  92. inline
  93. CAnnotType_Index::TIndexRange
  94. CAnnotType_Index::GetAnnotTypeRange(CSeq_annot::C_Data::E_Choice type)
  95. {
  96.     Initialize();
  97.     if ( size_t(type) < sm_AnnotTypeIndexRange.size() ) {
  98.         return sm_AnnotTypeIndexRange[type];
  99.     }
  100.     else {
  101.         return TIndexRange(0, 0);
  102.     }
  103. }
  104. inline
  105. CAnnotType_Index::TIndexRange
  106. CAnnotType_Index::GetFeatTypeRange(CSeqFeatData::E_Choice type)
  107. {
  108.     Initialize();
  109.     if ( size_t(type) < sm_FeatTypeIndexRange.size() ) {
  110.         return sm_FeatTypeIndexRange[type];
  111.     }
  112.     else {
  113.         return TIndexRange(0, 0);
  114.     }
  115. }
  116. inline
  117. size_t CAnnotType_Index::GetSubtypeIndex(CSeqFeatData::ESubtype subtype)
  118. {
  119.     Initialize();
  120.     if ( size_t(subtype) < sm_FeatSubtypeIndex.size() ) {
  121.         return sm_FeatSubtypeIndex[subtype];
  122.     }
  123.     else {
  124.         return 0;
  125.     }
  126. }
  127. END_SCOPE(objects)
  128. END_NCBI_SCOPE
  129. /*
  130. * ---------------------------------------------------------------------------
  131. * $Log: annot_type_index.hpp,v $
  132. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:32:39  gouriano
  133. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.1
  134. *
  135. * Revision 1.1  2004/02/04 18:03:21  grichenk
  136. * Initial revision
  137. *
  138. *
  139. * ===========================================================================
  140. */
  141. #endif// OBJECTS_OBJMGR_IMPL___ANNOT_TYPE_INDEX__HPP