annot_piece.hpp
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上传日期:2007-06-13
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源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: annot_piece.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:33:14  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef NCBI_OBJMGR_SPLIT_ANNOT_PIECE__HPP
  10. #define NCBI_OBJMGR_SPLIT_ANNOT_PIECE__HPP
  11. /*  $Id: annot_piece.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:33:14 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   Application for splitting blobs withing ID1 cache
  40. *
  41. * ===========================================================================
  42. */
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  45. #include <memory>
  46. #include <map>
  47. #include <set>
  48. #include <objmgr/split/id_range.hpp>
  49. #include <objmgr/split/size.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  51. class CObjectOStream;
  52. BEGIN_SCOPE(objects)
  53. class CAnnotObject_SplitInfo;
  54. class CLocObjects_SplitInfo;
  55. class CSeq_annot_SplitInfo;
  56. class CBioseq_SplitInfo;
  57. struct SChunkInfo;
  58. struct SAnnotPiece
  59. {
  60.     typedef CSeqsRange::TRange TRange;
  61.     SAnnotPiece(void);
  62.     SAnnotPiece(const SAnnotPiece& piece, const COneSeqRange& range);
  63.     SAnnotPiece(const CAnnotObject_SplitInfo& obj,
  64.                 const CSeq_annot_SplitInfo& annot);
  65.     SAnnotPiece(const CSeq_annot_SplitInfo& annot);
  66.     // sort by location first, than by Seq-annot ptr, than by object ptr.
  67.     bool operator<(const SAnnotPiece& piece) const
  68.         {
  69.             if ( m_IdRange != piece.m_IdRange ) {
  70.                 return m_IdRange < piece.m_IdRange;
  71.             }
  72.             if ( m_Seq_annot != piece.m_Seq_annot ) {
  73.                 return m_Seq_annot < piece.m_Seq_annot;
  74.             }
  75.             return m_Object < piece.m_Object;
  76.         }
  77.     bool operator==(const SAnnotPiece& piece) const
  78.         {
  79.             return m_IdRange == piece.m_IdRange &&
  80.                 m_Seq_annot == piece.m_Seq_annot &&
  81.                 m_Object == piece.m_Object;
  82.         }
  83.     bool operator!=(const SAnnotPiece& piece) const
  84.         {
  85.             return m_IdRange != piece.m_IdRange ||
  86.                 m_Seq_annot != piece.m_Seq_annot ||
  87.                 m_Object != piece.m_Object;
  88.         }
  89.     CSize m_Size;
  90.     CSeqsRange m_Location;
  91.     TRange m_IdRange;
  92.     const CAnnotObject_SplitInfo* m_Object;
  93.     const CSeq_annot_SplitInfo* m_Seq_annot;
  94. };
  95. struct SIdAnnotPieces
  96. {
  97.     typedef CSeqsRange::TRange TRange;
  98.     typedef set<SAnnotPiece> TPieces;
  99.     typedef TPieces::const_iterator const_iterator;
  100.     typedef TPieces::iterator iterator;
  101.     SIdAnnotPieces(void)
  102.         {
  103.         }
  104.     void Add(const SAnnotPiece& piece);
  105.     void Remove(const SAnnotPiece& piece);
  106.     iterator Erase(iterator it);
  107.     void clear(void)
  108.         {
  109.             m_Pieces.clear();
  110.             m_Size.clear();
  111.             m_IdRange = TRange::GetEmpty();
  112.         }
  113.     bool empty(void) const
  114.         {
  115.             return m_Pieces.empty();
  116.         }
  117.     size_t size(void) const
  118.         {
  119.             return m_Pieces.size();
  120.         }
  121.     const_iterator begin(void) const
  122.         {
  123.             return m_Pieces.begin();
  124.         }
  125.     const_iterator end(void) const
  126.         {
  127.             return m_Pieces.end();
  128.         }
  129.     iterator begin(void)
  130.         {
  131.             return m_Pieces.begin();
  132.         }
  133.     iterator end(void)
  134.         {
  135.             return m_Pieces.end();
  136.         }
  137.     TPieces m_Pieces;
  138.     CSize m_Size;
  139.     TRange m_IdRange;
  140. };
  141. class CAnnotPieces
  142. {
  143. public:
  144.     typedef map<CSeq_id_Handle, SIdAnnotPieces> TPiecesById;
  145.     typedef TPiecesById::const_iterator const_iterator;
  146.     typedef TPiecesById::iterator iterator;
  147.     CAnnotPieces(void);
  148.     ~CAnnotPieces(void);
  149.     void Add(const CBioseq_SplitInfo& bioseq_info, SChunkInfo& main_chunk);
  150.     void Add(const CSeq_annot_SplitInfo& annot, SChunkInfo& main_chunk);
  151.     void Add(const CLocObjects_SplitInfo& objs,
  152.              const CSeq_annot_SplitInfo& annot);
  153.     void Add(const SAnnotPiece& piece);
  154.     void Remove(const SAnnotPiece& piece);
  155.     void erase(iterator it)
  156.         {
  157.             m_PiecesById.erase(it);
  158.         }
  159.     void clear(void)
  160.         {
  161.             m_PiecesById.clear();
  162.         }
  163.     bool empty(void) const
  164.         {
  165.             return m_PiecesById.empty();
  166.         }
  167.     const_iterator begin(void) const
  168.         {
  169.             return m_PiecesById.begin();
  170.         }
  171.     const_iterator end(void) const
  172.         {
  173.             return m_PiecesById.end();
  174.         }
  175.     iterator begin(void)
  176.         {
  177.             return m_PiecesById.begin();
  178.         }
  179.     iterator end(void)
  180.         {
  181.             return m_PiecesById.end();
  182.         }
  183.     size_t CountAnnotObjects(void) const;
  184. private:
  185.     CAnnotPieces(const CAnnotPieces&);
  186.     CAnnotPieces& operator=(const CAnnotPieces&);
  187.     TPiecesById m_PiecesById;
  188. };
  189. END_SCOPE(objects)
  190. END_NCBI_SCOPE
  191. /*
  192. * ---------------------------------------------------------------------------
  193. * $Log: annot_piece.hpp,v $
  194. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:33:14  gouriano
  195. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  196. *
  197. * Revision 1.3  2004/01/07 17:36:18  vasilche
  198. * Moved id2_split headers to include/objmgr/split.
  199. * Fixed include path to genbank.
  200. *
  201. * Revision 1.2  2003/11/26 23:04:56  vasilche
  202. * Removed extra semicolons after BEGIN_SCOPE and END_SCOPE.
  203. *
  204. * Revision 1.1  2003/11/12 16:18:23  vasilche
  205. * First implementation of ID2 blob splitter withing cache.
  206. *
  207. * ===========================================================================
  208. */
  209. #endif//NCBI_OBJMGR_SPLIT_ANNOT_PIECE__HPP