chunk_info.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: chunk_info.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:33:39  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef NCBI_OBJMGR_SPLIT_CHUNK_INFO__HPP
  10. #define NCBI_OBJMGR_SPLIT_CHUNK_INFO__HPP
  11. /*  $Id: chunk_info.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:33:39 gouriano Exp $
  12. * ===========================================================================
  13. *
  14. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15. *               National Center for Biotechnology Information
  16. *
  17. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23. *
  24. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30. *  purpose.
  31. *
  32. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33. *
  34. * ===========================================================================
  35. *
  36. * Author:  Eugene Vasilchenko
  37. *
  38. * File Description:
  39. *   Application for splitting blobs withing ID1 cache
  40. *
  41. * ===========================================================================
  42. */
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <corelib/ncbiobj.hpp>
  45. #include <memory>
  46. #include <map>
  47. #include <vector>
  48. #include <objmgr/split/size.hpp>
  49. BEGIN_NCBI_SCOPE
  50. BEGIN_SCOPE(objects)
  51. class CSeq_annot;
  52. class CAnnotObject_SplitInfo;
  53. class CLocObjects_SplitInfo;
  54. class CSeq_annot_SplitInfo;
  55. class CBioseq_SplitInfo;
  56. struct SAnnotPiece;
  57. struct SIdAnnotPieces;
  58. struct SAnnotPieces;
  59. struct SChunkInfo
  60. {
  61.     typedef vector<CAnnotObject_SplitInfo> TAnnotObjects;
  62.     typedef map<CConstRef<CSeq_annot>, TAnnotObjects> TIdAnnots;
  63.     typedef map<int, TIdAnnots> TChunkAnnots;
  64.     void Add(const CSeq_annot_SplitInfo& info);
  65.     void Add(TAnnotObjects& objs,
  66.              const CLocObjects_SplitInfo& info);
  67.     void Add(const SAnnotPiece& piece);
  68.     void Add(const SIdAnnotPieces& pieces);
  69.     size_t CountAnnotObjects(void) const;
  70.     CSize m_Size;
  71.     TChunkAnnots m_Annots;
  72. };
  73. END_SCOPE(objects)
  74. END_NCBI_SCOPE
  75. /*
  76. * ---------------------------------------------------------------------------
  77. * $Log: chunk_info.hpp,v $
  78. * Revision 1000.0  2004/04/12 17:33:39  gouriano
  79. * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.3
  80. *
  81. * Revision 1.3  2004/01/07 17:36:20  vasilche
  82. * Moved id2_split headers to include/objmgr/split.
  83. * Fixed include path to genbank.
  84. *
  85. * Revision 1.2  2003/11/26 23:04:59  vasilche
  86. * Removed extra semicolons after BEGIN_SCOPE and END_SCOPE.
  87. *
  88. * Revision 1.1  2003/11/12 16:18:30  vasilche
  89. * First implementation of ID2 blob splitter withing cache.
  90. *
  91. * ===========================================================================
  92. */
  93. #endif//NCBI_OBJMGR_SPLIT_CHUNK_INFO__HPP