生物技术

开发平台：
C/C++

antigenic.hpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: antigenic.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 19:27:58  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.4
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: antigenic.hpp,v 1000.0 2003/10/29 19:27:58 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
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 *
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 * Authors:  Josh Cherry
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 * File Description:  Predict antigenic determinants as described by
 *                    Kolaskar and Tongaonkar, 1990
 *
 */
#ifndef ALGO_SEQUENCE___ANTIGENIC__HPP
#define ALGO_SEQUENCE___ANTIGENIC__HPP
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
#include <objmgr/seq_vector.hpp>
#include <vector>
BEGIN_NCBI_SCOPE
class NCBI_XALGOSEQ_EXPORT CAntigenic
{
public:
    typedef vector< CRef<objects::CSeq_loc> > TLocVec;
    /// Predict antigenic determinants from protein sequence
    /// according to Kolaskar and Tongaonkar, 1990 (PMID 1702393).
    /// 
    /// For std char containers, seq must be in ncbistdaa.
    static void PredictSites(const string& seq,
                             TLocVec& results,
                             unsigned int min_len = 6);
    static void PredictSites(const vector<char>& seq,
                             TLocVec& results,
                             unsigned int min_len = 6);
    
    static void PredictSites(const objects::CSeqVector& seq,
                             TLocVec& results,
                             unsigned int min_len = 6);
private:
    static const double sm_Pa_table[26];
    template<class Seq>
    friend void x_PredictAGSites(const Seq& seq, TLocVec& results,
                                 int min_len);
};
END_NCBI_SCOPE
#endif  // ALGO_SEQUENCE___ANTIGENIC__HPP
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: antigenic.hpp,v $
 * Revision 1000.0  2003/10/29 19:27:58  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.4
 *
 * Revision 1.4  2003/09/12 15:05:08  jcherry
 * Removed inappropriate CAntigenic:: in class body
 *
 * Revision 1.3  2003/09/10 16:20:35  ucko
 * Tweak to avoid undefined symbols with WorkShop.
 *
 * Revision 1.2  2003/09/09 16:08:20  dicuccio
 * Moved lookup table to implementation file
 *
 * Revision 1.1  2003/09/02 14:53:11  jcherry
 * Initial version
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