生物技术

开发平台：
C/C++

signal_seq.hpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: signal_seq.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/04/12 17:48:09  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: signal_seq.hpp,v 1000.1 2004/04/12 17:48:09 gouriano Exp $
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 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 *
 *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
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 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
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 *  purpose.
 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 * Authors:  Josh Cherry
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 * File Description:  Prediction of signal sequences from protein sequence
 *                    according to von Heijne, 1986 and 1987
 *
 */
#ifndef ALGO_SEQUENCE___SIGNAL_SEQ__HPP
#define ALGO_SEQUENCE___SIGNAL_SEQ__HPP
#include <corelib/ncbistd.hpp>
#include <objects/seqloc/Seq_loc.hpp>
#include <objmgr/seq_vector.hpp>
#include <vector>
BEGIN_NCBI_SCOPE
/// Protein signal sequence prediction according to
/// von Heijne, 1986 (PMID 3714490, as modified in his book).
class NCBI_XALGOSEQ_EXPORT CSignalSeq
{
public:
    enum EDomain {
        eEukaryotic,
        eBacterial
    };
    /// Find the most likely predicted signal sequence cleavage site (pos)
    /// and the associated score (>3.5 suggests a real signal sequence).
    /// Constrain pos to be no larger than max_pos.  Positions
    /// refer to residue just before cleaved bond.
    /// Length of seq must be at least 15, and max_pos must be
    /// at least 12.
    /// For std char containers, seq must be in ncbistdaa.
    static void Predict(const string& seq, EDomain domain,
                        TSeqPos max_pos, TSeqPos& pos, double& score);
    static void Predict(const vector<char>& seq, EDomain domain,
                        TSeqPos max_pos, TSeqPos& pos, double& score);
    static void Predict(const objects::CSeqVector& seq, EDomain domain,
                        TSeqPos max_pos, TSeqPos& pos, double& score);
private:
    template<class Seq> friend
    void x_PredictSignalSeq(const Seq& seq, CSignalSeq::EDomain domain,
                            TSeqPos max_pos, TSeqPos& pos, double& score);
};
END_NCBI_SCOPE
#endif  // ALGO_SEQUENCE___SIGNAL_SEQ__HPP
/*
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 * $Log: signal_seq.hpp,v $
 * Revision 1000.1  2004/04/12 17:48:09  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.2
 *
 * Revision 1.2  2004/03/11 17:12:07  dicuccio
 * Removed member static const arrays in favor of private static arrays
 *
 * Revision 1.1  2003/09/10 15:31:34  jcherry
 * Initial version
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