make_cdr_prods.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: make_cdr_prods.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/11/18 15:47:20  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: make_cdr_prods.hpp,v 1000.0 2003/11/18 15:47:20 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Authors:  Josh Cherry
  35.  *
  36.  * File Description:  
  37.  *
  38.  */
  39. #ifndef ALGO_SEQUENCE___MAKE_CDR_PRODS__HPP
  40. #define ALGO_SEQUENCE___MAKE_CDR_PRODS__HPP
  41. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  42. #include <objects/seqset/Bioseq_set.hpp>
  43. #include <objmgr/bioseq_handle.hpp>
  44. BEGIN_NCBI_SCOPE
  45. class NCBI_XALGOSEQ_EXPORT CMakeCdrProds
  46. {
  47. public:
  48.     /// Given an annot containing a feature table with Cdregions,
  49.     /// translate those without products.  Make sequence entries
  50.     /// for translation products (returned as a Bioseq_set)
  51.     /// and adjust the Cdregion features to point at them.
  52.     static CRef<objects::CBioseq_set>
  53.     MakeCdrProds(CRef<objects::CSeq_annot> annot,
  54.                  objects::CBioseq_Handle handle);
  55. private:
  56.     static CAtomicCounter sm_Counter;
  57. };
  58. END_NCBI_SCOPE
  59. #endif  // ALGO_SEQUENCE___MAKE_CDR_PRODS__HPP
  60. /*
  61.  * ===========================================================================
  62.  * $Log: make_cdr_prods.hpp,v $
  63.  * Revision 1000.0  2003/11/18 15:47:20  gouriano
  64.  * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.1
  65.  *
  66.  * Revision 1.1  2003/11/10 16:37:06  jcherry
  67.  * Initial version
  68.  *
  69.  * ===========================================================================
  70.  */