生物技术

开发平台：
C/C++

nuc_prop.hpp：源码内容
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 * PRODUCTION $Log: nuc_prop.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2003/10/29 19:28:22  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.6
 * PRODUCTION
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 */
/*  $Id: nuc_prop.hpp,v 1000.0 2003/10/29 19:28:22 gouriano Exp $
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 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 *  Please cite the author in any work or product based on this material.
 *
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 *
 * Authors:  Josh Cherry
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 * File Description:
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#ifndef ALGO_SEQUENCE___NUC_PROP__HPP
#define ALGO_SEQUENCE___NUC_PROP__HPP
#include <objmgr/seq_vector.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(objects)
/// this class defines functions for calculating various
/// properties of nucleotide sequences
class NCBI_XALGOSEQ_EXPORT CNucProp
{
public:
    /// Tally the occurrences of each non-ambiguous n-mer.
    static void CountNmers(CSeqVector& seqvec, int n, vector<int>& table);
    /// Encode an n-mer as an integer.
    static int Nmer2Int(const char *seq, int n);
    /// Decode an integer representation of an n-mer.
    static void Int2Nmer(int nmer_int, int nmer_size, string& out);
    /// The number of distinct n-mers (4^n)
    static int NumberOfNmers(int n);
    /// Calculate percent G+C+S
    static int GetPercentGC(const CSeqVector& seqvec);
private:
    static int Nuc2Nybble(char nuc);
    static char Nybble2Nuc(int n);
};
END_SCOPE(objects)
END_NCBI_SCOPE
#endif  // ALGO_SEQUENCE___NUC_PROP__HPP
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: nuc_prop.hpp,v $
 * Revision 1000.0  2003/10/29 19:28:22  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [ORIGINAL] Dev-tree R1.6
 *
 * Revision 1.6  2003/08/18 17:23:34  jcherry
 * Changed string parameter to be passed by reference.
 *
 * Revision 1.5  2003/08/04 15:43:20  dicuccio
 * Modified export specifiers to be more flexible
 *
 * Revision 1.4  2003/07/28 11:54:02  dicuccio
 * Changed calling semantics of Int2Nmer to use std::string
 *
 * Revision 1.3  2003/07/01 19:00:44  ucko
 * Drop gratuitous GUI header inclusion; minor formal cleanups
 *
 * Revision 1.2  2003/07/01 17:31:25  dicuccio
 * Added Win32 export specifiers
 *
 * Revision 1.1  2003/07/01 15:11:24  jcherry
 * Initial versions of nuc_prop and prot_prop
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