struct_util.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: struct_util.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:12:13  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: struct_util.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:12:13 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Authors:  Paul Thiessen
  35. *
  36. * File Description:
  37. *       alignment utility algorithms
  38. *
  39. * ===========================================================================
  40. */
  41. #ifndef STRUCT_UTIL__HPP
  42. #define STRUCT_UTIL__HPP
  43. #include <corelib/ncbistd.hpp>
  44. #include <objects/seqset/Seq_entry.hpp>
  45. #include <objects/seq/Seq_annot.hpp>
  46. BEGIN_SCOPE(struct_util)
  47. class SequenceSet;
  48. class AlignmentSet;
  49. class BlockMultipleAlignment;
  50. class AlignmentUtility
  51. {
  52. public:
  53.     typedef std::list < ncbi::CRef < ncbi::objects::CSeq_entry > > SeqEntryList;
  54.     typedef std::list< ncbi::CRef< ncbi::objects::CSeq_annot > > SeqAnnotList;
  55.     AlignmentUtility(const ncbi::objects::CSeq_entry& seqEntry, const SeqAnnotList& seqAnnots);
  56.     AlignmentUtility(const SeqEntryList& seqEntries, const SeqAnnotList& seqAnnots);
  57.     ~AlignmentUtility();
  58.     bool Okay(void) const { return m_okay; }
  59.     // Get ASN data
  60.     const SeqAnnotList& GetSeqAnnots(void);
  61.     // do the intersect-by-master (IBM) algorithm
  62.     bool DoIBM(void);
  63.     // do the leave-one-out (LOO) algorithm (implies IBM) using the block aligner.
  64.     // Numbering in these arguments starts from zero. Note that this currently requires
  65.     // the file "data/BLOSUM62" to be present, used for PSSM calculation.
  66.     bool DoLeaveOneOut(
  67.         unsigned int row, const std::vector < unsigned int >& blocksToRealign,  // what to realign
  68.         double percentile, unsigned int extension, unsigned int cutoff);        // to calculate max loop lengths
  69. private:
  70.     // sequence data
  71.     SeqEntryList m_seqEntries;
  72.     SequenceSet *m_sequenceSet;
  73.     // alignment data - the idea is that since these are redundant, we'll either have the
  74.     // SeqAnnots+AlignmentSet or the BlockMultipleAlignment, not (usually) both. If one
  75.     // changes, the other should be removed or recreated; if both are present, they must
  76.     // contain the same data.
  77.     SeqAnnotList m_seqAnnots;
  78.     AlignmentSet *m_alignmentSet;
  79.     BlockMultipleAlignment *m_currentMultiple;
  80.     void Init(void);
  81.     bool m_okay;
  82.     // to delete parts of the data
  83.     void RemoveMultiple(void);
  84.     void RemoveAlignAnnot(void);
  85. };
  86. END_SCOPE(struct_util)
  87. #endif // STRUCT_UTIL__HPP
  88. /*
  89. * ---------------------------------------------------------------------------
  90. * $Log: struct_util.hpp,v $
  91. * Revision 1000.0  2004/06/01 18:12:13  gouriano
  92. * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  93. *
  94. * Revision 1.5  2004/05/28 09:43:35  thiessen
  95. * add comment about data/BLOSUM62
  96. *
  97. * Revision 1.4  2004/05/26 14:30:53  thiessen
  98. * adjust handling of alingment data ; add row ordering
  99. *
  100. * Revision 1.3  2004/05/26 02:41:13  thiessen
  101. * progress towards LOO - all but PSSM and row ordering
  102. *
  103. * Revision 1.2  2004/05/25 15:50:46  thiessen
  104. * add BlockMultipleAlignment, IBM algorithm
  105. *
  106. * Revision 1.1  2004/05/24 23:05:10  thiessen
  107. * initial checkin
  108. *
  109. */