生物技术

开发平台：
C/C++

nw_spliced_aligner16.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: nw_spliced_aligner16.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:02:31  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef ALGO_ALIGN_SPLICEDALIGNER16__HPP
#define ALGO_ALIGN_SPLICEDALIGNER16__HPP
/* $Id: nw_spliced_aligner16.hpp,v 1000.2 2004/06/01 18:02:31 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE                          
*               National Center for Biotechnology Information
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*                                                                          
*  Please cite the author in any work or product based on this material.   
*
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*
* Author:  Yuri Kapustin
*
*/
#include "nw_spliced_aligner.hpp"
/** @addtogroup AlgoAlignSpliced
 *
 * @{
 */
BEGIN_NCBI_SCOPE
const size_t splice_type_count_16 = 4;
class NCBI_XALGOALIGN_EXPORT CSplicedAligner16: public CSplicedAligner
{
public:
    CSplicedAligner16(void);
    CSplicedAligner16( const char* seq1, size_t len1,
                       const char* seq2, size_t len2);
    // Getters
    static TScore GetDefaultWi  (unsigned char splice_type);
    // returns the size of a single backtrace matrix element
    virtual size_t GetElemSize(void) const {
        return 2;
    }
    virtual size_t GetSpliceTypeCount(void) {
        return splice_type_count_16;
    }
    
protected:
    TScore m_Wi [splice_type_count_16];
    virtual TScore* x_GetSpliceScores(void) {
        return m_Wi;
    }
    virtual TScore  x_Align ( const char* seg1, size_t len1,
                              const char* seg2, size_t len2,
                              vector<ETranscriptSymbol>* transcript );
    // backtrace
    void x_DoBackTrace( const Uint2* backtrace_matrix,
                        size_t N1, size_t N2,
                        vector<ETranscriptSymbol>* transcript );
    // included primarily for test purpose
    virtual TScore  x_ScoreByTranscript(void) const;
};
END_NCBI_SCOPE
/* @} */
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: nw_spliced_aligner16.hpp,v $
 * Revision 1000.2  2004/06/01 18:02:31  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 *
 * Revision 1.8  2004/04/23 14:39:22  kapustin
 * Add Splign librry and other changes
 *
 * Revision 1.4  2003/12/29 13:02:03  kapustin
 * Make x_GetElemSize() public and rename.
 *
 * Revision 1.3  2003/09/26 14:43:01  kapustin
 * Remove exception specifications
 *
 * Revision 1.2  2003/09/10 20:12:47  kapustin
 * Update Doxygen tags
 *
 * Revision 1.1  2003/09/02 22:27:44  kapustin
 * Initial revision
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif  /* ALGO_ALIGN_SPLICEDALIGNER16__HPP */

						