生物技术

开发平台：
C/C++

splign_formatter.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: splign_formatter.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:11:23  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
 * PRODUCTION
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 */
#ifndef ALGO_ALIGN_SPLIGN_FORMATTER__HPP
#define ALGO_ALIGN_SPLIGN_FORMATTER__HPP
/* $Id: splign_formatter.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:11:23 gouriano Exp $
* ===========================================================================
*
*                            public DOMAIN NOTICE                          
*               National Center for Biotechnology Information
*                                                                          
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*                                                                          
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*  purpose.                                                                
*                                                                          
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
*
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*
* Author:  Yuri Kapustin
*
* File Description:
*   Splign formatter
*/
#include <algo/align/splign/splign.hpp>
#include <objects/seqalign/Seq_align_set.hpp>
#include <objects/seqalign/Dense_seg.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
class NCBI_XALGOALIGN_EXPORT CSplignFormatter: public CObject
{
public:
    CSplignFormatter(const CSplign& splign);
    // setters
    void SetSeqIds(const string& id1, const string& id2) {
        m_QueryId = id1;
        m_SubjId = id2;
    }
    string AsText(void) const;
    CRef<objects::CSeq_align_set> AsSeqAlignSet(void) const;
private:
    const CSplign*    m_splign;
    string            m_QueryId, m_SubjId;
    CRef<objects::CSeq_align> x_Compartment2SeqAlign(
                               const vector<size_t>& boxes,
                               const vector<string>& transcripts,
                               const vector<CNWAligner::TScore>& scores) const;
    void x_Exon2DS(const size_t* box, const string& trans,
                   objects::CDense_seg* pds) const;
};
END_NCBI_SCOPE
/*
 * ===========================================================================
 *
 * $Log: splign_formatter.hpp,v $
 * Revision 1000.0  2004/06/01 18:11:23  gouriano
 * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
 *
 * Revision 1.7  2004/05/04 15:23:44  ucko
 * Split splign code out of xalgoalign into new xalgosplign.
 *
 * Revision 1.6  2004/04/30 15:00:32  kapustin
 * Support ASN formatting
 *
 * Revision 1.5  2004/04/23 14:36:24  kapustin
 * Initial revision
 *
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif

						