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dist_methods.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

dist_methods.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: dist_methods.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/04/12 17:53:33  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef ALGO_PHY_TREE___DIST_METHODS__HPP
  11. #define ALGO_PHY_TREE___DIST_METHODS__HPP
  13. /*  $Id: dist_methods.hpp,v 1000.0 2004/04/12 17:53:33 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Josh Cherry
  39.  *
  40.  * File Description:  Distance methods for phylogenic tree reconstruction
  41.  *
  42.  */
  45. #include <objtools/alnmgr/alnvec.hpp>
  46. #include <util/creaders/alignment_file.hpp>
  47. #include <util/math/matrix.hpp>
  48. #include <algo/phy_tree/phy_node.hpp>
  50. BEGIN_NCBI_SCOPE
  53. class NCBI_XALGOPHYTREE_EXPORT CDistMethods
  54. {
  55. public:
  56.     typedef CNcbiMatrix<double> TMatrix;
  57.     typedef TPhyTreeNode TTree;
  59.     enum EFastMePar {
  60.         eOls = 1,
  61.         eBalanced = 2
  62.     };
  64.     /// Jukes-Cantor distance calculation for DNA sequences:
  65.     /// d = -3/4 ln(1 - (4/3)p).
  66.     static void JukesCantorDist(const TMatrix& frac_diff,
  67.                                 TMatrix& result);
  69.     /// Simple distance calculation for protein sequences:
  70.     /// d = -ln(1 - p).
  71.     static void PoissonDist(const TMatrix& frac_diff,
  72.                             TMatrix& result);
  74.     /// Kimura's distance for protein sequences:
  75.     /// d = -ln(1 - p - 0.2p^2).
  76.     static void KimuraDist(const TMatrix& frac_diff,
  77.                            TMatrix& result);
  79.     /// Calculate pairwise fractions of non-identity
  80.     static double Divergence(const string& seq1, const string& seq2);
  81.     static void Divergence(const objects::CAlnVec& avec_in, TMatrix& result);
  82.     //static void Divergence(const CAlignment& aln, TMatrix& result);
  84.     /// Compute a tree by neighbor joining; 
  85.     /// as per Hillis et al. (Ed.), Molecular Systematics, pg. 488-489.
  86.     static TTree *NjTree(const TMatrix& dist_mat,
  87.                          const vector<string>& labels = vector<string>());
  89.     /// Compute a tree using the fast minimum evolution algorithm
  90.     static TTree *FastMeTree(const TMatrix& dist_mat,
  91.                              const vector<string>& labels = vector<string>(),
  92.                              EFastMePar btype = eOls,
  93.                              EFastMePar wtype = eOls,
  94.                              EFastMePar ntype = eBalanced);
  95. };
  98. END_NCBI_SCOPE
  102. /*
  103.  * ===========================================================================
  104.  * $Log: dist_methods.hpp,v $
  105.  * Revision 1000.0  2004/04/12 17:53:33  gouriano
  106.  * PRODUCTION: IMPORTED [CATCHUP_003] Dev-tree R1.5
  107.  *
  108.  * Revision 1.5  2004/02/19 16:43:46  jcherry
  109.  * Temporarily disable one form of Divergence() method
  110.  *
  111.  * Revision 1.4  2004/02/19 13:21:58  dicuccio
  112.  * Roll back to version 1.2
  113.  *
  114.  * Revision 1.2  2004/02/10 17:02:28  dicuccio
  115.  * Formatting changes.  Added export specifiers
  116.  *
  117.  * Revision 1.1  2004/02/10 15:15:56  jcherry
  118.  * Initial version
  119.  *
  120.  * ===========================================================================
  121.  */
  124. #endif  // ALGO_PHY_TREE___DIST_METHODS__HPP