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blastx_options.hpp
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：5k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

blastx_options.hpp：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: blastx_options.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:02:54  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. #ifndef ALGO_BLAST_API___BLASTX_OPTIONS__HPP
  11. #define ALGO_BLAST_API___BLASTX_OPTIONS__HPP
  13. /*  $Id: blastx_options.hpp,v 1000.2 2004/06/01 18:02:54 gouriano Exp $
  14.  * ===========================================================================
  15.  *
  16.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  17.  *               National Center for Biotechnology Information
  18.  *
  19.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  20.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  21.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  22.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  23.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  24.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  25.  *
  26.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  27.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  28.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  29.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  30.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  31.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  32.  *  purpose.
  33.  *
  34.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  35.  *
  36.  * ===========================================================================
  37.  *
  38.  * Authors:  Christiam Camacho
  39.  *
  40.  */
  42. /// @file blastx_options.hpp
  43. /// Declares the CBlastxOptionsHandle class.
  46. #include <algo/blast/api/blast_prot_options.hpp>
  48. /** @addtogroup AlgoBlast
  49.  *
  50.  * @{
  51.  */
  54. BEGIN_NCBI_SCOPE
  55. BEGIN_SCOPE(blast)
  57. /// Handle to the translated nucleotide-protein options to the BLAST algorithm.
  58. ///
  59. /// Adapter class for translated nucleotide-protein BLAST comparisons.
  60. /// Exposes an interface to allow manipulation the options that are relevant to
  61. /// this type of search.
  63. class NCBI_XBLAST_EXPORT CBlastxOptionsHandle : 
  64.                                             public CBlastProteinOptionsHandle
  65. {
  66. public:
  68.     /// Creates object with default options set
  69.     CBlastxOptionsHandle(EAPILocality locality = CBlastOptions::eLocal);
  70.     ~CBlastxOptionsHandle() {}
  72.     /******************* Query setup options ************************/
  73.     objects::ENa_strand GetStrandOption() const { 
  74.         return m_Opts->GetStrandOption();
  75.     }
  76.     void SetStrandOption(objects::ENa_strand strand) {
  77.         m_Opts->SetStrandOption(strand);
  78.     }
  80.     int GetQueryGeneticCode() const { return m_Opts->GetQueryGeneticCode(); }
  81.     void SetQueryGeneticCode(int gc) { m_Opts->SetQueryGeneticCode(gc); }
  83.     /************************ Scoring options ************************/
  84.     // is this needed or can we use a sentinel for the frame shift penalty?
  85.     bool GetOutOfFrameMode() const { return m_Opts->GetOutOfFrameMode(); }
  86.     void SetOutOfFrameMode(bool m = true) { m_Opts->SetOutOfFrameMode(m); }
  88.     int GetFrameShiftPenalty() const { return m_Opts->GetFrameShiftPenalty(); }
  89.     void SetFrameShiftPenalty(int p) { m_Opts->SetFrameShiftPenalty(p); }
  91. protected:
  92.     void SetLookupTableDefaults();
  93.     void SetQueryOptionDefaults();
  94.     void SetScoringOptionsDefaults();
  95.     void SetHitSavingOptionsDefaults();
  97. private:
  98.     CBlastxOptionsHandle(const CBlastxOptionsHandle& rhs);
  99.     CBlastxOptionsHandle& operator=(const CBlastxOptionsHandle& rhs);
  100. };
  102. END_SCOPE(blast)
  103. END_NCBI_SCOPE
  106. /* @} */
  109. /*
  110.  * ===========================================================================
  111.  * $Log: blastx_options.hpp,v $
  112.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:02:54  gouriano
  113.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.6
  114.  *
  115.  * Revision 1.6  2004/05/04 13:09:20  camacho
  116.  * Made copy-ctor & assignment operator private
  117.  *
  118.  * Revision 1.5  2004/03/19 14:53:24  camacho
  119.  * Move to doxygen group AlgoBlast
  120.  *
  121.  * Revision 1.4  2004/01/20 15:19:24  camacho
  122.  * Provide missing default parameters to default ctor
  123.  *
  124.  * Revision 1.3  2004/01/16 20:42:58  bealer
  125.  * - Add locality flag for blast options handle classes.
  126.  *
  127.  * Revision 1.2  2003/12/09 12:40:22  camacho
  128.  * Added windows export specifiers
  129.  *
  130.  * Revision 1.1  2003/11/26 18:22:17  camacho
  131.  * +Blast Option Handle classes
  132.  *
  133.  * ===========================================================================
  134.  */
  136. #endif  /* ALGO_BLAST_API___BLASTX_OPTIONS__HPP */