db_traceback.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:4k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: db_traceback.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:03:00  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /*  $Id: db_traceback.hpp,v 1000.1 2004/06/01 18:03:00 gouriano Exp $
  10. * ===========================================================================
  11. *
  12. *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13. *               National Center for Biotechnology Information
  14. *
  15. *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16. *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17. *  the author's official duties as a United States Government employee and
  18. *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19. *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20. *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21. *
  22. *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23. *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24. *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25. *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26. *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27. *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28. *  purpose.
  29. *
  30. *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31. *
  32. * ===========================================================================
  33. *
  34. * Author:  Ilya Dondoshansky
  35. *
  36. * File Description:
  37. *   Class interface for performing BLAST traceback only, when preliminary 
  38. *   BLAST results have already been found.
  39. *
  40. */
  41. #ifndef ALGO_BLAST_API___DBTRACEBACK__HPP
  42. #define ALGO_BLAST_API___DBTRACEBACK__HPP
  43. #include <algo/blast/api/db_blast.hpp>
  44. #include <algo/blast/core/blast_gapalign.h>
  45. BEGIN_NCBI_SCOPE
  46. BEGIN_SCOPE(blast)
  47. class NCBI_XBLAST_EXPORT CDbBlastTraceback : public CDbBlast
  48. {
  49. public:
  50.     CDbBlastTraceback(const TSeqLocVector& queries, BlastSeqSrc* seq_src,
  51.                       EProgram p, BlastHSPResults* results);
  52.     CDbBlastTraceback(const TSeqLocVector& queries, BlastSeqSrc* seq_src,
  53.                       CBlastOptionsHandle& opts, BlastHSPResults* results);
  54.     void PartialRun(); 
  55. protected:    
  56.     int SetupSearch();
  57.     void RunSearchEngine();
  58.     void x_ResetQueryDs();
  59. private:
  60.     BlastScoringParameters* m_ipScoringParams;
  61.     BlastExtensionParameters* m_ipExtParams;
  62.     BlastHitSavingParameters* m_ipHitParams;
  63.     BlastEffectiveLengthsParameters* m_ipEffLenParams;
  64.     BlastGapAlignStruct* m_ipGapAlign;
  65. };
  66. inline void CDbBlastTraceback::PartialRun()
  67. {
  68.     // Don't need this method!
  69. }
  70. END_SCOPE(blast)
  71. END_NCBI_SCOPE
  72. /*
  73. * ===========================================================================
  74. *
  75. * $Log: db_traceback.hpp,v $
  76. * Revision 1000.1  2004/06/01 18:03:00  gouriano
  77. * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.5
  78. *
  79. * Revision 1.5  2004/05/07 15:40:19  papadopo
  80. * add BlastScoringParameters private member
  81. *
  82. * Revision 1.4  2004/03/16 23:30:25  dondosha
  83. * Changed mi_ to m_i in member field names
  84. *
  85. * Revision 1.3  2004/03/09 18:41:31  dondosha
  86. * Added effective lengths parameters member
  87. *
  88. * Revision 1.2  2004/02/24 20:38:53  dondosha
  89. * Removed irrelevant CVS log comments
  90. *
  91. * Revision 1.1  2004/02/24 18:20:40  dondosha
  92. * Class derived from CDbBlast to do only traceback, given precomputed HSP results
  93. * ===========================================================================
  94. */
  95. #endif  /* ALGO_BLAST_API___DBBLAST__HPP */