psiblast_options.hpp
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:3k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: psiblast_options.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.0  2004/06/01 18:11:43  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.1
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef ALGO_BLAST_API___PSIBLAST_OPTIONS__HPP
  10. #define ALGO_BLAST_API___PSIBLAST_OPTIONS__HPP
  11. /*  $Id: psiblast_options.hpp,v 1000.0 2004/06/01 18:11:43 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Kevin Bealer
  37.  *
  38.  */
  39. /// @file psiblast_options.hpp
  40. /// Declares the CPSIBlastOptionsHandle class.
  41. #include <algo/blast/api/blast_prot_options.hpp>
  42. /** @addtogroup AlgoBlast
  43.  *
  44.  * @{
  45.  */
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. BEGIN_SCOPE(blast)
  48. /// Handle to the protein-protein options to the BLAST algorithm.
  49. ///
  50. /// Adapter class for protein-protein BLAST comparisons.
  51. /// Exposes an interface to allow manipulation the options that are relevant to
  52. /// this type of search.
  53. class NCBI_XBLAST_EXPORT CPSIBlastOptionsHandle : public CBlastProteinOptionsHandle
  54. {
  55. public:
  56.     
  57.     /// Creates object with default options set
  58.     CPSIBlastOptionsHandle(EAPILocality locality = CBlastOptions::eLocal);
  59.     ~CPSIBlastOptionsHandle() {}
  60.     
  61.     /******************* PSI options ***********************/
  62.     double GetInclusionThreshold() const { return m_Opts->GetInclusionThreshold(); }
  63.     void SetInclusionThreshold(double incthr) { m_Opts->SetInclusionThreshold(incthr); }
  64.     
  65.     short GetPseudoCount() const { return m_Opts->GetPseudoCount(); }
  66.     void SetPseudoCount(short ws) { m_Opts->SetPseudoCount(ws); }
  67.     
  68. protected:
  69.     void SetPSIBlastDefaults();
  70.     
  71. private:
  72.     CPSIBlastOptionsHandle(const CPSIBlastOptionsHandle& rhs);
  73.     CPSIBlastOptionsHandle& operator=(const CPSIBlastOptionsHandle& rhs);
  74. };
  75. END_SCOPE(blast)
  76. END_NCBI_SCOPE
  77. /* @} */
  78. /*
  79.  * ===========================================================================
  80.  * $Log: psiblast_options.hpp,v $
  81.  * Revision 1000.0  2004/06/01 18:11:43  gouriano
  82.  * PRODUCTION: IMPORTED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.1
  83.  *
  84.  * Revision 1.1  2004/05/17 18:54:09  bealer
  85.  * - Add PSI-Blast support.
  86.  *
  87.  *
  88.  * ===========================================================================
  89.  */
  90. #endif  /* ALGO_BLAST_API___PSIBLAST_OPTIONS__HPP */