生物技术

开发平台：
C/C++

disc_nucl_options.hpp：源码内容
							/*
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 * PRODUCTION $Log: disc_nucl_options.hpp,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:03:02  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
#ifndef ALGO_BLAST_API___DISC_NUCL_OPTIONS__HPP
#define ALGO_BLAST_API___DISC_NUCL_OPTIONS__HPP
/*  $Id: disc_nucl_options.hpp,v 1000.2 2004/06/01 18:03:02 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
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 *
 * Authors:  Christiam Camacho
 *
 */
/// @file disc_nucl_options.hpp
/// Declares the CDiscNucleotideOptionsHandle class.
#include <algo/blast/api/blast_nucl_options.hpp>
/** @addtogroup AlgoBlast
 *
 * @{
 */
BEGIN_NCBI_SCOPE
BEGIN_SCOPE(blast)
/// Handle to the nucleotide-nucleotide options to the discontiguous 
/// BLAST algorithm.
///
/// Adapter class for nucleotide-nucleotide discontiguous BLAST comparisons.
/// Exposes an interface to allow manipulation the options that are relevant to
/// this type of search.
class NCBI_XBLAST_EXPORT CDiscNucleotideOptionsHandle : 
                                            public CBlastNucleotideOptionsHandle
{
public:
    /// Creates object with default options set
    CDiscNucleotideOptionsHandle(EAPILocality locality = CBlastOptions::eLocal);
    ~CDiscNucleotideOptionsHandle() {}
    /******************* Lookup table options ***********************/
    unsigned char GetTemplateLength() const { 
        return m_Opts->GetMBTemplateLength();
    }
    void SetTemplateLength(unsigned char length) {
        m_Opts->SetMBTemplateLength(length);
    }
    unsigned char GetTemplateType() const { 
        return m_Opts->GetMBTemplateType();
    }
    void SetTemplateType(unsigned char type) {
        m_Opts->SetMBTemplateType(type);
    }
    void SetWordSize(short ws) { 
        if (ws == 11 || ws == 12) {
            m_Opts->SetWordSize(ws); 
        } else {
            NCBI_THROW(CBlastException, eBadParameter, 
                       "Word size must be 11 or 12 only");
        }
    }
    // Unavailable for discontiguous megablast, throws a CBlastException
    void SetTraditionalBlastnDefaults();
protected:
    void SetMBLookupTableDefaults();
    void SetMBInitialWordOptionsDefaults();
    void SetMBGappedExtensionDefaults();
    void SetMBScoringOptionsDefaults();
private:
    CDiscNucleotideOptionsHandle(const CDiscNucleotideOptionsHandle& rhs);
    CDiscNucleotideOptionsHandle& operator=(const CDiscNucleotideOptionsHandle& rhs);
};
END_SCOPE(blast)
END_NCBI_SCOPE
/* @} */
/*
 * ===========================================================================
 * $Log: disc_nucl_options.hpp,v $
 * Revision 1000.2  2004/06/01 18:03:02  gouriano
 * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 *
 * Revision 1.8  2004/05/04 13:09:20  camacho
 * Made copy-ctor & assignment operator private
 *
 * Revision 1.7  2004/03/22 20:15:58  dondosha
 * Added custom setting of MB scoring options for discontiguous case
 *
 * Revision 1.6  2004/03/19 14:53:24  camacho
 * Move to doxygen group AlgoBlast
 *
 * Revision 1.5  2004/03/17 21:48:30  dondosha
 * Added custom SetMBInitialWordOptionsDefaults and SetMBGappedExtensionDefaults methods
 *
 * Revision 1.4  2004/01/20 15:19:25  camacho
 * Provide missing default parameters to default ctor
 *
 * Revision 1.3  2004/01/16 20:44:08  bealer
 * - Add locality flag for options handle classes.
 *
 * Revision 1.2  2003/12/09 12:40:22  camacho
 * Added windows export specifiers
 *
 * Revision 1.1  2003/11/26 18:22:17  camacho
 * +Blast Option Handle classes
 *
 * ===========================================================================
 */
#endif  /* ALGO_BLAST_API___DISC_NUCL_OPTIONS__HPP */

						