tblastx_options.hpp
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上传日期:2007-06-13
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文件大小:5k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: tblastx_options.hpp,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:03:14  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. #ifndef ALGO_BLAST_API___TBLASTX_OPTIONS__HPP
  10. #define ALGO_BLAST_API___TBLASTX_OPTIONS__HPP
  11. /*  $Id: tblastx_options.hpp,v 1000.2 2004/06/01 18:03:14 gouriano Exp $
  12.  * ===========================================================================
  13.  *
  14.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  15.  *               National Center for Biotechnology Information
  16.  *
  17.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  18.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  19.  *  the author's official duties as a United States Government employee and
  20.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  21.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  22.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  23.  *
  24.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  25.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  26.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  27.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  28.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  29.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  30.  *  purpose.
  31.  *
  32.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  33.  *
  34.  * ===========================================================================
  35.  *
  36.  * Authors:  Christiam Camacho
  37.  *
  38.  */
  39. /// @file tblastx_options.hpp
  40. /// Declares the CTBlastxOptionsHandle class.
  41. #include <algo/blast/api/blast_prot_options.hpp>
  42. /** @addtogroup AlgoBlast
  43.  *
  44.  * @{
  45.  */
  46. BEGIN_NCBI_SCOPE
  47. BEGIN_SCOPE(blast)
  48. /// Handle to the translated nucleotide-translated nucleotide options to 
  49. /// the BLAST algorithm.
  50. ///
  51. /// Adapter class for translated nucleotide-translated nucleotide BLAST 
  52. /// comparisons.
  53. /// Exposes an interface to allow manipulation the options that are relevant to
  54. /// this type of search.
  55. class NCBI_XBLAST_EXPORT CTBlastxOptionsHandle : 
  56.                                             public CBlastProteinOptionsHandle
  57. {
  58. public:
  59.     /// Creates object with default options set
  60.     CTBlastxOptionsHandle(EAPILocality locality);
  61.     ~CTBlastxOptionsHandle() {}
  62.     /******************* Query setup options ************************/
  63.     objects::ENa_strand GetStrandOption() const { 
  64.         return m_Opts->GetStrandOption();
  65.     }
  66.     void SetStrandOption(objects::ENa_strand strand) {
  67.         m_Opts->SetStrandOption(strand);
  68.     }
  69.     /******************* Subject sequence options *******************/
  70.     int GetDbGeneticCode() const {
  71.         return m_Opts->GetDbGeneticCode();
  72.     }
  73.     void SetDbGeneticCode(int gc) {
  74.         m_Opts->SetDbGeneticCode(gc);
  75.     }
  76.     int GetQueryGeneticCode() const {
  77.         return m_Opts->GetQueryGeneticCode();
  78.     }
  79.     void SetQueryGeneticCode(int gc) {
  80.         m_Opts->SetQueryGeneticCode(gc);
  81.     }
  82. protected:
  83.     void SetLookupTableDefaults();
  84.     void SetQueryOptionDefaults();
  85.     void SetGappedExtensionDefaults();
  86.     void SetScoringOptionsDefaults();
  87.     void SetHitSavingOptionsDefaults();
  88.     void SetSubjectSequenceOptionsDefaults();
  89. private:
  90.     CTBlastxOptionsHandle(const CTBlastxOptionsHandle& rhs);
  91.     CTBlastxOptionsHandle& operator=(const CTBlastxOptionsHandle& rhs);
  92. };
  93. END_SCOPE(blast)
  94. END_NCBI_SCOPE
  95. /* @} */
  96. /*
  97.  * ===========================================================================
  98.  * $Log: tblastx_options.hpp,v $
  99.  * Revision 1000.2  2004/06/01 18:03:14  gouriano
  100.  * PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.7
  101.  *
  102.  * Revision 1.7  2004/05/04 13:09:20  camacho
  103.  * Made copy-ctor & assignment operator private
  104.  *
  105.  * Revision 1.6  2004/03/19 14:53:24  camacho
  106.  * Move to doxygen group AlgoBlast
  107.  *
  108.  * Revision 1.5  2004/02/17 18:43:05  bealer
  109.  * - Change *GeneticCodeStr(*) to *GeneticCode(*)
  110.  *
  111.  * Revision 1.4  2004/01/16 20:42:57  bealer
  112.  * - Add locality flag for blast options handle classes.
  113.  *
  114.  * Revision 1.3  2003/12/09 12:40:23  camacho
  115.  * Added windows export specifiers
  116.  *
  117.  * Revision 1.2  2003/12/03 16:34:59  dondosha
  118.  * SetDbGeneticCode now fills both integer and string option
  119.  *
  120.  * Revision 1.1  2003/11/26 18:22:18  camacho
  121.  * +Blast Option Handle classes
  122.  *
  123.  * ===========================================================================
  124.  */
  125. #endif  /* ALGO_BLAST_API___TBLASTX_OPTIONS__HPP */