生物技术

开发平台：

C/C++

lookup_util.h：源码内容

							/*
 * ===========================================================================
 * PRODUCTION $Log: lookup_util.h,v $
 * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:04:11  gouriano
 * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.8
 * PRODUCTION
 * ===========================================================================
 */
/* $Id: lookup_util.h,v 1000.1 2004/06/01 18:04:11 gouriano Exp $
 * ===========================================================================
 *
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 *               National Center for Biotechnology Information
 *
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
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 *
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 *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
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 *  purpose.
 *
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 *
 * ===========================================================================
 */
/** @file lookup_util.h
 * @todo FIXME: need description
 */
#include <algo/blast/core/blast_def.h>
#ifndef UTIL__H
#define UTIL__H
#ifdef __cplusplus
extern "C" {
#endif
/** Integer exponentiation using right to left binary algorithm.
 *  See knuth TAOCP vol. 2, section 4.6.3.
 *
 * @param x x
 * @param n n
 * @return x to the n-th power
 */
Int4 iexp(Int4 x, Int4 n);
/**
 * Integer base two logarithm.
 *
 * @param x x
 * @return lg(x)
 */
Int4 ilog2(Int4 x);
/** Make a bit mask with the low-order x bits set
 *
 * @param x x
 * @return the mask
 */
Int4 makemask(Int4 x);
/**
 * generates a de Bruijn sequence containing all substrings
 * of length n over an alphabet of size k.
 * if alphabet is not NULL, use it as a translation table
 * for the output.
 * expects that "output" has already been allocated and is at
 * least k^n in size.
 *
 * @param n the number of letters in each word
 * @param k the size of the alphabet
 * @param output the output sequence
 * @param alphabet optional translation alphabet
 */
void debruijn(Int4 n, Int4 k, Uint1* output, Uint1* alphabet);
#ifdef __cplusplus
}
#endif
#endif /* UTIL__H */

						