link_hsps.h
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上传日期:2007-06-13
资源大小:13604k
文件大小:2k
源码类别:

生物技术

开发平台:

C/C++

  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: link_hsps.h,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:04:09  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.10
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  9. /* $Id: link_hsps.h,v 1000.2 2004/06/01 18:04:09 gouriano Exp $
  10.  * ===========================================================================
  11.  *
  12.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  13.  *               National Center for Biotechnology Information
  14.  *
  15.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  16.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  17.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  18.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  19.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  20.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  21.  *
  22.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  23.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  24.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  25.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  26.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  27.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  28.  *  purpose.
  29.  *
  30.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  31.  *
  32.  * ===========================================================================
  33.  *
  34.  * Author: Ilya Dondoshansky
  35.  *
  36.  */
  37. /** @file link_hsps.h
  38.  * Functions to link HSPs using sum statistics
  39.  */
  40. #ifndef __LINK_HSPS__
  41. #define __LINK_HSPS__
  42. #ifdef __cplusplus
  43. extern "C" {
  44. #endif
  45. #include <algo/blast/core/blast_hits.h>
  46. /** Link HSPs using sum statistics.
  47.  * @param program_number BLAST program [in]
  48.  * @param hsp_list List of HSPs [in]
  49.  * @param query_info Query information block [in]
  50.  * @param subject Subject sequence block [in]
  51.  * @param sbp Scoring and statistical data [in]
  52.  * @param hit_params Hit saving parameters [in]
  53.  * @param gapped_calculation Is this a gapped search? [in]
  54.  */
  55. Int2 
  56. BLAST_LinkHsps(Uint1 program_number, BlastHSPList* hsp_list, 
  57.    BlastQueryInfo* query_info, BLAST_SequenceBlk* subject, 
  58.    BlastScoreBlk* sbp, const BlastHitSavingParameters* hit_params,
  59.    Boolean gapped_calculation);
  60. #ifdef __cplusplus
  61. }
  62. #endif
  63. #endif /* !__LINK_HSPS__ */