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gapinfo.h
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

gapinfo.h：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: gapinfo.h,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.1  2004/06/01 18:04:00  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.9
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: gapinfo.h,v 1000.1 2004/06/01 18:04:00 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author: Ilya Dondoshansky
  36.  *
  37.  */
  39. /** @file gapinfo.h
  40.  * Structures definitions from gapxdrop.h in ncbitools 
  41.  * @todo FIXME: doxygen comments
  42.  */
  44. #ifndef __GAPINFO__
  45. #define __GAPINFO__
  47. #ifdef __cplusplus
  48. extern "C" {
  49. #endif
  50. #include <algo/blast/core/blast_def.h>
  52. /** Operation types within the edit script*/
  53. typedef enum EGapAlignOpType { 
  54.    eGapAlignDel = 0, /**< Deletion: a gap in query */
  55.    eGapAlignDel2 = 1,/**< Frame shift deletion of two nucleotides */
  56.    eGapAlignDel1 = 2,/**< Frame shift deletion of one nucleotide */
  57.    eGapAlignSub = 3, /**< Substitution */
  58.    eGapAlignIns1 = 4,/**< Frame shift insertion of one nucleotide */
  59.    eGapAlignIns2 = 5,/**< Frame shift insertion of two nucleotides */
  60.    eGapAlignIns = 6, /**< Insertion: a gap in subject */
  61.    eGapAlignDecline = 7 /**< Non-aligned region */
  62. } EGapAlignOpType;
  64. /** Edit script: linked list of correspondencies between two sequences */
  65. typedef struct GapEditScript {
  66.    EGapAlignOpType op_type;    /**< Type of operation */
  67.    Int4 num;                   /**< Number of operations */
  68.    struct GapEditScript* next; /**< Pointer to next link */
  69. } GapEditScript;
  71. typedef struct GapEditBlock {
  72.     Int4 start1,  start2,       /* starts of alignments. */
  73.         length1, length2,       /* total lengths of the sequences. */
  74.         original_length1, /* Untranslated lengths of the sequences. */
  75.         original_length2;
  76.     Int2 frame1, frame2;     /* frames of the sequences. */
  77.     Boolean translate1, translate2; /* are either of these be translated. */
  78.     Boolean reverse; /* reverse sequence 1 and 2 when producing SeqALign? */
  79.     Boolean is_ooframe; /* Is this out_of_frame edit block? */
  80.     Boolean discontinuous; /* Is this OK to produce discontinuous SeqAlign? */
  81.     GapEditScript* esp;
  82. } GapEditBlock;
  84. /*
  85. Structure to keep memory for state structure.
  86. */
  87. typedef struct GapStateArrayStruct {
  88. Int4  length, /* length of the state_array. */
  89. used; /* how much of length is used. */
  90. Uint1* state_array; /* array to be used. */
  91. struct GapStateArrayStruct* next;
  92. } GapStateArrayStruct;
  94. GapEditScript* 
  95. GapEditScriptNew (GapEditScript* old);
  97. GapEditScript* GapEditScriptDelete (GapEditScript* esp);
  99. GapEditBlock* GapEditBlockNew (Int4 start1, Int4 start2);
  100. GapEditBlock* GapEditBlockDelete (GapEditBlock* edit_block);
  101. GapStateArrayStruct* 
  102. GapStateFree(GapStateArrayStruct* state_struct);
  104. #ifdef __cplusplus
  105. }
  106. #endif
  107. #endif /* !__GAPINFO__ */