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phi_lookup.h
资源名称：ncbi_cxx_win--Jul_08_2004.zip　[点击查看]
上传用户：yhdzpy8989
上传日期：2007-06-13
资源大小：13604k
文件大小：4k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C/C++

phi_lookup.h：源码内容
  1. /*
  2.  * ===========================================================================
  3.  * PRODUCTION $Log: phi_lookup.h,v $
  4.  * PRODUCTION Revision 1000.2  2004/06/01 18:04:27  gouriano
  5.  * PRODUCTION PRODUCTION: UPGRADED [GCC34_MSVC7] Dev-tree R1.4
  6.  * PRODUCTION
  7.  * ===========================================================================
  8.  */
  10. /* $Id: phi_lookup.h,v 1000.2 2004/06/01 18:04:27 gouriano Exp $
  11.  * ===========================================================================
  12.  *
  13.  *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
  14.  *               National Center for Biotechnology Information
  15.  *
  16.  *  This software/database is a "United States Government Work" under the
  17.  *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
  18.  *  the author's offical duties as a United States Government employee and
  19.  *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
  20.  *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
  21.  *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
  22.  *
  23.  *  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
  24.  *  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
  25.  *  Government do not and cannot warrant the performance or results that
  26.  *  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
  27.  *  Government disclaim all warranties, express or implied, including
  28.  *  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
  29.  *  purpose.
  30.  *
  31.  *  Please cite the author in any work or product based on this material.
  32.  *
  33.  * ===========================================================================
  34.  *
  35.  * Author: Ilya Dondoshansky
  36.  *
  37.  */
  39. /** @file phi_lookup.h
  40.  * Pseudo lookup table structure and database scanning functions used in 
  41.  * PHI-BLAST
  42.  */
  44. #include <algo/blast/core/blast_def.h>
  45. #include <algo/blast/core/blast_options.h>
  46. #include <algo/blast/core/pattern.h>
  47. #include <algo/blast/core/lookup_wrap.h>
  49. #ifndef PHI_LOOKUP__H
  50. #define PHI_LOOKUP__H
  52. #ifdef __cplusplus
  53. extern "C" {
  54. #endif
  56. /*The following 3 flags define 3 options for running the program*/
  57. #define SEED_FLAG 1
  58. #define PATTERN_FLAG 2
  59. #define PAT_SEED_FLAG 3
  60. #define PAT_MATCH_FLAG 4
  61. #define PATTERN_TOO_LONG  2
  63. /** Original allocation size for the starts and lengths arrays for pattern 
  64.  * occurrencies in the query.
  65.  */
  66. #define MIN_PHI_LOOKUP_SIZE 1000
  68. /** Pseudo lookup table structure for PHI-BLAST. Contains starting and ending
  69.  * offsets of pattern occurrences in the query sequence. 
  70.  */
  71. typedef struct PHILookupTable {
  72.    patternSearchItems* pattern_info;
  73.    Boolean is_dna;
  74.    Int4 num_matches;
  75.    Int4 allocated_size;
  76.    Int4* start_offsets;
  77.    Int4* lengths;
  78. } PHILookupTable;
  80. /** Initialize the pseudo lookup table for PHI BLAST */
  81. Int2 PHILookupTableNew(const LookupTableOptions* opt, PHILookupTable* * lut,
  82.                        Boolean is_dna, BlastScoreBlk* sbp);
  84. /* Deallocate memory for the PHI BLAST lookup table */
  85. PHILookupTable* PHILookupTableDestruct(PHILookupTable* lut);
  87. /** Find all occurrencies of a pattern in query, and save starts/stops in the
  88.  * PHILookupTable structure.
  89.  */
  90. Int4 PHIBlastIndexQuery(PHILookupTable* lookup,
  91.         BLAST_SequenceBlk* query, ListNode* location, Boolean is_dna);
  94. /**
  95.  * Scans the subject sequence from "offset" to the end of the sequence.
  96.  * Copies at most array_size hits.
  97.  * Returns the number of hits found.
  98.  * If there isn't enough room to copy all the hits, return early, and update
  99.  * "offset". 
  100.  *
  101.  * @param lookup_wrap contains the pseudo lookup table with offsets of pattern
  102.  *                    occurrencies in query [in]
  103.  * @param query_blk the query sequence [in]
  104.  * @param subject the subject sequence [in]
  105.  * @param offset the offset in the subject at which to begin scanning [in/out]
  106.  * @param query_offsets array to which hits will be copied [out]
  107.  * @param subject_offsets array to which hits will be copied [out]
  108.  * @param array_size length of the offset arrays [in]
  109.  * @return The number of hits found.
  110.  */
  111. Int4 PHIBlastScanSubject(const LookupTableWrap* lookup_wrap,
  112.         const BLAST_SequenceBlk *query_blk, const BLAST_SequenceBlk *subject, 
  113.         Int4* offset, Uint4 * query_offsets, Uint4 * subject_offsets, 
  114.         Int4 array_size);
  116. #ifdef __cplusplus
  117. }
  118. #endif
  120. #endif /* PHI_LOOKUP__H */