开通博客赚积分
发布资源赚积分
分类

源码开发语言/平台
当前位置：首页 > 源码/资料 > 数值算法/人工智能 > 生物技术 > 查看源码
TreeViewMain.cpp
资源名称：ClusterTreeViewCode.zip　[点击查看]
上传用户：szb0815
上传日期：2007-06-13
资源大小：338k
文件大小：47k
源码类别：

生物技术

开发平台：

C++ Builder

TreeViewMain.cpp：源码内容
  1. /*
  3. Software and source code Copyright (C) 1998-2000 Stanford University
  5. Written by Michael Eisen (eisen@genome.stanford.edu)
  7. This software is copyright under the following conditions:
  9. Permission to use, copy, and modify this software and its documentation
  10. is hereby granted to all academic and not-for-profit institutions
  11. without fee, provided that the above copyright notice and this permission
  12. notice appear in all copies of the software and related documentation.
  13. Permission to distribute the software or modified or extended versions
  14. thereof on a not-for-profit basis is explicitly granted, under the above
  15. conditions. However, the right to use this software in conjunction with
  16. for profit activities, and the right to distribute the software or modified or
  17. extended versions thereof for profit are *NOT* granted except by prior
  18. arrangement and written consent of the copyright holders.
  20. Use of this source code constitutes an agreement not to criticize, in any
  21. way, the code-writing style of the author, including any statements regarding
  22. the extent of documentation and comments present.
  24. The software is provided "AS-IS" and without warranty of ank kind, express,
  25. implied or otherwise, including without limitation, any warranty of
  26. merchantability or fitness for a particular purpose.
  28. In no event shall Stanford University or the authors be liable for any special,
  29. incudental, indirect or consequential damages of any kind, or any damages
  30. whatsoever resulting from loss of use, data or profits, whether or not
  31. advised of the possibility of damage, and on any theory of liability,
  32. arising out of or in connection with the use or performance of this software.
  34. This code was written using Borland C++ Builder 4 (Inprise Inc., www.inprise.com)
  35. and may be subject to certain additional restrictions as a result.
  37. */
  39. //---------------------------------------------------------------------------
  40. #include <vcl.h>
  41. #include <dir.h>
  42. #pragma hdrstop
  44. #include "TreeViewMain.h"
  45. #include "LoadingForm.h"
  46. #include "Options.h"
  47. #include "URLLabel.h"
  48. #include "Find.h"
  49. #include "treeviewhelp.h"
  50. #include "treeviewabout.h"
  51. #include "Splash.h"
  52. #include "SavePSAll.h"
  53. #include "SaveNodeForm.h"
  54. #include "URLMemo.h"
  56. //---------------------------------------------------------------------------
  57. #pragma package(smart_init)
  58. #pragma resource "*.dfm"
  59. TTreeViewMainForm *TreeViewMainForm;
  60. //---------------------------------------------------------------------------
  61. __fastcall TTreeViewMainForm::TTreeViewMainForm(TComponent* Owner)
  62.     : TForm(Owner)
  63. {
  65.     //TSplashForm *Splash = new TSplashForm(this);
  66.     //Splash->ShowModal();
  68.     Version = "1.47";
  70.     try
  71.     {
  72.         NMHTTP1->Get("http://rana.stanford.edu/software/treeviewversion.html");
  73.     }
  74.     catch (Exception &E)
  75.     {
  76.     }
  78.     if (AnsiString(NMHTTP1->Body) != "")
  79.     {
  80.         if (Version != (AnsiString(NMHTTP1->Body)).SubString(0,Version.Length()) )
  81.         {
  82.             TreeViewMainForm->Caption = "Tree View - Version " + AnsiString(NMHTTP1->Body) +
  83.                 " now available at http://rana.stanford.edu/software";
  84.         }
  85.         else
  86.         {
  87.             TreeViewMainForm->Caption = "Tree View";
  88.         }
  89.     }
  90.     else
  91.     {
  92.         TreeViewMainForm->Caption = "Tree View - Check for updates http://rana.stanford.edu/software";
  93.     }
  96. //  TGeneCluster is the class for all expression data and tree data
  98.     Cluster = new TGeneCluster();
  100. //  Default pixel size for each datapoint in small image
  102.     ImageScaleX        = 3;
  103.     ImageScaleY        = 3;
  104.     ZoomImageScaleX    = 12;
  105.     ZoomImageScaleY    = 12;
  106.     CorrSelectCutoff   = 0.8;
  107.     ImageContrast      = 3;
  108.     MaskVal            = 0;
  110. //  TreeImage->Canvas->Pen->Mode = pmCopy;
  112. /*  The left side is two images
  113.     TreeImage is the image of the tree
  114.     SmallGeneImage is the image of the entire expression data
  116. */
  118. // Default sizes
  120.     OverviewScrollBox->Width = 500;
  121.     OverviewPanel->Width     = OverviewScrollBox->ClientWidth;
  122.     OverviewPanel->Height    = OverviewScrollBox->ClientHeight;
  123.     SmallGeneImage->Width    = 100;
  124.     SmallGeneImage->Left     = OverviewScrollBox->ClientWidth - SmallGeneImage->Width -1;
  125.     TreeImage->Width         = SmallGeneImage->Left - 1;
  126.     //ZoomPanel->Width         = ZoomScrollBox->ClientWidth;
  127.     //ZoomPanel->Height        = ZoomScrollBox->ClientHeight;
  129.     NegativeColor = RGB(0,255,0);
  130.     ZeroColor = RGB(0,0,0);
  131.     PositiveColor = RGB(255,0,0);
  132.     MissingColor = RGB(100,100,100);
  134.     GeneLabels = new TStringList();
  136.     LastIndex = -1;
  138.     URLStrings = new TStringList();
  140.     try
  141.     {
  142.         URLStrings->LoadFromFile("URLStrings.txt");
  143.     }
  144.     catch (Exception &E)
  145.     {
  146.     }
  148.     ArrayTreeSplitter->Visible = false;
  149.     ArrayTreePanel->Height = 0;
  151.     TRegistry *Registry = new TRegistry();
  152.     Registry->RootKey = HKEY_CURRENT_USER;
  154.     Registry->OpenKey("Software\Stanford\TreeView\ImageSettings",true);
  156.     try
  157.     {
  158.         ImageScaleX = Registry->ReadInteger("ImageScaleX");
  159.     }
  160.     catch (Exception &E)
  161.     {
  162.         ImageScaleX = 3;
  163.     }
  165.     try
  166.     {
  167.         ImageScaleY = Registry->ReadInteger("ImageScaleY");
  168.     }
  169.     catch (Exception &E)
  170.     {
  171.         ImageScaleY = 3;
  172.     }
  174.     Registry->CloseKey();
  176.     Registry->OpenKey("Software\Stanford\TreeView\Directory",true);
  178.     try
  179.     {
  180.         OpenDialog1->InitialDir = Registry->ReadString("LastOpenDirectory");
  181.     }
  182.     catch (Exception &E)
  183.     {
  184.     }
  186.     Registry->CloseKey();
  188.     delete Registry;
  190. }
  191. //---------------------------------------------------------------------------
  192. void __fastcall TTreeViewMainForm::FormClose(TObject *Sender,
  193.       TCloseAction &Action)
  194. {
  195.     TRegistry *Registry = new TRegistry();
  196.     Registry->RootKey = HKEY_CURRENT_USER;
  197.     Registry->OpenKey("Software\Stanford\TreeView\ImageSettings",true);
  198.     Registry->WriteInteger("ImageScaleX",ImageScaleX);
  199.     Registry->WriteInteger("ImageScaleY",ImageScaleY);
  200.     Registry->CloseKey();
  201.     Registry->OpenKey("Software\Stanford\TreeView\Directory",true);
  202.     char Drive[3];
  203.     char Dir[260];
  204.     fnsplit(OpenDialog1->FileName.c_str(),Drive,Dir,NULL,NULL);
  205.     AnsiString SaveDir = AnsiString(Drive) + AnsiString(Dir);
  206.     Registry->WriteString("LastOpenDirectory",SaveDir);
  207.     Registry->CloseKey();
  208.     delete Registry;
  209.     delete Cluster;
  210. }
  211. //---------------------------------------------------------------------------
  213. void __fastcall TTreeViewMainForm::TreeImageMouseDown(TObject *Sender,
  214.       TMouseButton Button, TShiftState Shift, int X, int Y)
  215. {
  216.     ResetNode();
  218.     // Set Cluster->BestNode to closest node
  220.     Cluster->Dist(X,Y);
  222.     // Highlight selected node
  224.     MakeZoom();
  226. }
  227. //---------------------------------------------------------------------------
  228. void __fastcall TTreeViewMainForm::ResetNode()
  229. {
  230.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  231.     {
  232.         TreeImage->Canvas->Pen->Color = clBlack;
  233.         Cluster->BestNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  234.     }
  235. }
  236. void __fastcall TTreeViewMainForm::MakeZoom()
  237. {
  239.     TreeImage->Canvas->Pen->Color = clFuchsia;
  241.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  242.     {
  243.         Cluster->BestNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  244.         NodeBarcodeImage->Height = ZoomImageScaleY + 2;
  245.         Cluster->BestNode->MakeBarcode(NodeBarcodeImage,ZoomImageScaleX,
  246.             ZoomImageScaleY,ImageContrast,
  247.             PositiveColor,ZeroColor,NegativeColor,MissingColor);
  248.     }
  249.     else
  250.     {
  251.         NodeBarcodeImage->Height = 0;
  252.     }
  254.     ZoomBoxShape->Left    = SmallGeneImage->Left;
  255.     ZoomBoxShape->Width   = SmallGeneImage->Width;
  256.     ZoomBoxShape->Top     = (ImageScaleY * Cluster->MinCoor) - 2;
  257.     ZoomBoxShape->Height  = (ImageScaleY * (Cluster->MaxCoor - Cluster->MinCoor + 1)) + 4;
  259.     TRect CopyRect, DrawRect;
  261.     // CopyRect is rectangle in unscaled SmallImage
  263.     CopyRect.Left   = 0;
  264.     CopyRect.Right  = Cluster->Columns;
  265.     CopyRect.Top    = Cluster->MinCoor;
  266.     CopyRect.Bottom = Cluster->MaxCoor + 1;
  268.     CentralPanel->Width  = Cluster->Columns * ZoomImageScaleX;
  269.     CentralPanel->Height = (Cluster->MaxCoor - Cluster->MinCoor + 1) * ZoomImageScaleY
  270.         + ArrayLabelImage->Height + ArrayTreeImage->Height + NodeBarcodeImage->Height + 10;
  272.     if (CentralScrollBox->ClientWidth > CentralPanel->Width)
  273.     {
  274.         CentralScrollBox->ClientWidth = CentralPanel->Width;
  275.     }
  277.     ZoomImage->Height = ZoomPanel->Height;
  278.     ZoomImage->Width  = ZoomPanel->Width;
  279.     ZoomImage->Top = 0;
  280.     ZoomImage->Left = 0;
  282.     ZoomImage->Picture->Bitmap->Height = ZoomImage->Height;
  283.     ZoomImage->Picture->Bitmap->Width  = ZoomImage->Width;
  285.     OuterLabelPanel->Top = ZoomPanel->ClientOrigin.y - LabelScrollBox->ClientOrigin.y;
  286.     OuterLabelPanel->Height = ZoomPanel->Height;
  287.     LabelPanel->Height = ZoomPanel->Height;
  288.     LabelPanel->Top = 0;
  290.     DrawRect.Top    = 0;
  291.     DrawRect.Left   = 0;
  292.     DrawRect.Right  = Cluster->Columns * ZoomImageScaleX;
  293.     DrawRect.Bottom = (Cluster->MaxCoor - Cluster->MinCoor + 1) * ZoomImageScaleY;
  295.     ZoomImage->Canvas->Brush->Style = bsSolid;
  296.     ZoomImage->Canvas->Brush->Color = clWhite;
  298.     ZoomImage->Canvas->FillRect(ZoomImage->ClientRect);
  300.     ZoomImage->Canvas->CopyMode = cmSrcCopy;
  301.     ZoomImage->Canvas->CopyRect(DrawRect,SmallGeneImage->Canvas,CopyRect);
  303.     // Label Names
  305.     int i;
  307.     ZoomImage->Canvas->Brush->Style = bsClear;  //clear the canvas brush
  309.     ZoomImage->Canvas->Font = ZoomFontDialog->Font;
  310.     ZoomImage->Canvas->Font->Height = - ZoomImageScaleY;
  312.     for (i=0;i<GeneLabels->Count;i++)
  313.     {
  314.         delete GeneLabels->Objects[i];
  315.     }
  317.     GeneLabels->Clear();
  319.     int index;
  320.     TURLLabel *URLLabel;
  321.     int urlindex;
  323.     int MaxLength = 0;
  325.     for (i=Cluster->MinCoor;i<=Cluster->MaxCoor;i++)
  326.     {
  327.         index = GeneLabels->Add(i);
  328.         GeneLabels->Objects[index] = new TURLLabel(this);
  329.         URLLabel = (TURLLabel *) GeneLabels->Objects[index];
  330.         URLLabel->Parent = LabelPanel;
  331.         URLLabel->Visible = true;
  332.         URLLabel->Enabled = true;
  333.         URLLabel->Font = ZoomImage->Canvas->Font;
  334.         URLLabel->Font->Height = ZoomImage->Canvas->Font->Height;
  335.         URLLabel->Top =
  336.             ((i - Cluster->MinCoor) * ZoomImageScaleY);
  337.         URLLabel->Left = 5;
  338.         URLLabel->Width = ClientWidth - LabelPanel->Left;
  339.         URLLabel->Handle = Handle;
  340.         URLLabel->Caption =
  341.             //AnsiString(((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Weight) + " "  +
  342.             ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Name;
  343.         MaxLength = max(MaxLength,URLLabel->Caption.Length());
  345.         urlindex = URLStrings->IndexOfName(Cluster->UniqueID);
  347.         if ( urlindex > -1)
  348.         {
  349.             AnsiString URL = URLStrings->Values[Cluster->UniqueID];
  350.             AnsiString OldPattern = "UNIQID";
  351.             AnsiString NewPattern = ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->ID;
  352.             TReplaceFlags flags;
  353.             flags << rfReplaceAll;
  354.             URLLabel->URL = StringReplace(URL,OldPattern,NewPattern, flags);
  355.         }
  357.     }
  359.     LabelPanel->Width = abs(MaxLength *  ZoomImage->Canvas->Font->Height) + 20;
  360.     OuterLabelPanel->Width = LabelPanel->Width;
  362.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  363.     {
  364.        TreeViewMainForm->Caption =
  365.         AnsiString("Tree View --- CurrentNode ") + AnsiString(Cluster->BestNode->Data->ID)
  366.         + " --- Correlation " + AnsiString(Cluster->BestNode->Corr);
  367.     }
  368.     else
  369.     {
  370.         TreeViewMainForm->Caption = AnsiString("TreeView");
  371.     }
  373. }
  375. void __fastcall TTreeViewMainForm::MakeArrayLabels()
  376. {
  377.     int i,j;
  378.     ArrayLabelImage->Canvas->Brush->Style = bsSolid;
  379.     ArrayLabelImage->Canvas->Brush->Color = clWhite;
  380.     ArrayLabelImage->Canvas->FillRect(ArrayLabelImage->ClientRect);
  381.     ArrayLabelImage->Canvas->Font =  ZoomFontDialog->Font;
  382.     ArrayLabelImage->Canvas->Font->Height = - ZoomImageScaleX;
  383.     ArrayLabelImage->Canvas->Font->Color = clBlack;
  384.     ArrayLabelImage->Canvas->Pen->Color = clBlack;
  386.     LOGFONT lf;
  387.     GetObject(ArrayLabelImage->Canvas->Font->Handle,
  388.     sizeof (LOGFONT),           //size of LOGFONT
  389.     &lf);
  390.     lf.lfEscapement =  900;     //set to 450 to make 45 degree angle
  391.     lf.lfOrientation = 900;
  392.     lf.lfOutPrecision = OUT_TT_ONLY_PRECIS;
  394.     ArrayLabelImage->Canvas->Font->Handle = CreateFontIndirect (&lf);
  396.     for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  397.     {
  398.         ArrayLabelImage->Canvas->TextOut((j*ZoomImageScaleX), ArrayLabelImage->Height, Cluster->Arrays->Strings[j]);
  399.     }
  400. }
  402. void __fastcall TTreeViewMainForm::MakeArrayTree()
  403. {
  404.     if (Cluster->TopArrayNode != NULL)
  405.     {
  407.         ArrayTreeSplitter->Visible = true;
  408.         if (ArrayTreePanel->Height == 0)
  409.         {
  410.             ArrayTreePanel->Height = 100;
  411.             ArrayTreeImage->Height = 0;
  412.         }
  414.         ArrayTreeImage->Canvas->Brush->Style = bsSolid;
  415.         ArrayTreeImage->Canvas->Brush->Color = clWhite;
  416.         ArrayTreeImage->Canvas->FillRect(ArrayTreeImage->ClientRect);
  418.         Cluster->TopArrayNode->Draw(ArrayTreeImage, ZoomImageScaleX);
  420.     }
  421.     else
  422.     {
  423.         ArrayTreeSplitter->Visible = false;
  424.         ArrayTreePanel->Height = 0;
  425.         ArrayTreeImage->Height = 0;
  426.     }
  427. }
  429. //---------------------------------------------------------------------------
  431. void __fastcall TTreeViewMainForm::Splitter2Moved(TObject *Sender)
  432. {
  433.     Redo();
  434. }
  436. void __fastcall TTreeViewMainForm::Redo()
  437. {
  439.     //OverviewPanel->Width    = OverviewScrollBox->ClientWidth;
  440.     OverviewPanel->Height   = SmallGeneImage->Height;
  441.     CentralPanel->Width = Cluster->Columns * ZoomImageScaleX;
  443.     if (Cluster->TopNode != NULL)
  444.     {
  445.         //SmallGeneImage->Left    = max(100,OverviewScrollBox->ClientWidth - SmallGeneImage->Width - 1);
  446.         SmallGeneImage->Left    = max(50,SmallGeneImage->Left);
  447.         OverviewPanel->Width    = max(SmallGeneImage->Left + SmallGeneImage->Width,
  448.             OverviewScrollBox->ClientWidth);
  449.         TreeImage->Width        = SmallGeneImage->Left;
  450.         TreeImage->Height       = SmallGeneImage->Height;
  451.         TreeImage->Picture->Bitmap->Width  = TreeImage->Width;
  452.         TreeImage->Picture->Bitmap->Height = SmallGeneImage->Height;
  453.     }
  454.     else
  455.     {
  456.         TreeImage->Width = 0;
  457.         OverviewScrollBox->ClientWidth = SmallGeneImage->Width;
  458.         OverviewPanel->Width = max(SmallGeneImage->Width,OverviewScrollBox->ClientWidth);
  459.         SmallGeneImage->Left = 0;
  460.     }
  463.     TreeImage->Canvas->FillRect(TreeImage->ClientRect);
  464. //    SmallGeneImage->Left    = TreeImage->Width;
  466.     if (Cluster->Loaded)
  467.     {
  469.         if (Cluster->TopArrayNode != NULL)
  470.         {
  471.             Cluster->TopArrayNode->SetCoor();
  472.         }
  474.         TreeImage->Canvas->Pen->Color = clBlack;
  476.         if (Cluster->TopNode != NULL)
  477.         {
  478.             Cluster->TopNode->SetCoor();
  479.             Cluster->TopNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  480.         }
  482.         MakeArrayTree();
  483.         MakeArrayLabels();
  485.         ZoomBoxShape->Left    = SmallGeneImage->Left;
  486.         ZoomBoxShape->Width   = SmallGeneImage->Width;
  487.         ZoomBoxShape->Top     = (ImageScaleY * Cluster->MinCoor) - 2;
  488.         ZoomBoxShape->Height  = (ImageScaleY * (Cluster->MaxCoor - Cluster->MinCoor + 1)) + 4;
  490.         // Highlight selected node
  492.         if (Cluster->BestNode != NULL)
  493.         {
  494.             TreeImage->Canvas->Pen->Color = clFuchsia;
  495.             Cluster->BestNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  496.         }
  497.     }
  499. }
  501. void __fastcall TTreeViewMainForm::Reset()
  502. {
  503.     OverviewPanel->Height = ImageScaleY * Cluster->Genes->Count;
  504.     Cluster->MakeThumbnail(SmallGeneImage,ImageScaleX,ImageScaleY,ImageContrast,MaskVal,
  505.         PositiveColor,ZeroColor,NegativeColor,MissingColor);
  506.     Redo();
  507. }
  510. //---------------------------------------------------------------------------
  514. void __fastcall TTreeViewMainForm::Splitter1Moved(TObject *Sender)
  515. {
  516. //    OverviewPanel->Width = OverviewScrollBox->ClientWidth;
  517. //    SmallGeneImage->Left  = max(50,OverviewScrollBox->ClientWidth - SmallGeneImage->Width -1);
  518.     Redo();
  519. }
  520. //---------------------------------------------------------------------------
  524. void __fastcall TTreeViewMainForm::Load1Click(TObject *Sender)
  525. {
  526.      int i;
  528.     if (OpenDialog1->Execute())
  529.     {
  531.         for (i=0;i<ControlCount;i++)
  532.         {
  533.             if (Controls[i]->Width == 0)
  534.             {
  535.                Controls[i]->Width = 25;
  536.             }
  538.             if (Controls[i]->Width == 0)
  539.             {
  540.                Controls[i]->Height = 25;
  541.             }
  542.         }
  545.         char Drive[3];
  546.         char Dir[260];
  547.         fnsplit(OpenDialog1->FileName.c_str(),Drive,Dir,NULL,NULL);
  548.         OpenDialog1->InitialDir = AnsiString(Drive) + AnsiString(Dir);
  550.         //Loading->Show();
  551.         //TCursor SaveCursor = Screen->Cursor;
  552.         Application->Minimize();
  553.         Application->ProcessMessages();
  554.         //Screen->Cursor = crHourGlass;
  555.         if (Cluster != NULL)
  556.         {
  557.             delete Cluster;
  558.             Cluster = new TGeneCluster();
  559.         }
  560.         else
  561.         {
  562.             Cluster = new TGeneCluster();
  563.         }
  565.         try
  566.         {
  567.             ImageContrast = 2 * Cluster->Load(OpenDialog1->FileName);
  568.             OptionsForm->ImageContrastEdit->Text = ImageContrast;
  569.             OverviewPanel->Height = ImageScaleY * Cluster->Genes->Count;
  570.             Cluster->MakeThumbnail(SmallGeneImage,ImageScaleX,ImageScaleY,ImageContrast,MaskVal,
  571.                 PositiveColor,ZeroColor,NegativeColor,MissingColor);
  572.             Redo();
  573.             //Screen->Cursor = SaveCursor;
  574.             //Loading->Close();
  575.         }
  576.         catch (Exception &E)
  577.         {
  578.         }
  579.         Application->Restore();
  580.     }
  581. }
  582. //---------------------------------------------------------------------------
  585. void __fastcall TTreeViewMainForm::Options1Click(TObject *Sender)
  586. {
  587.     OptionsForm->ShowModal();
  588.     SmallGeneImage->Width  = Cluster->Columns * ImageScaleX;
  589.     SmallGeneImage->Height = Cluster->Rows    * ImageScaleY;
  590.     Redo();
  591. }
  592. //---------------------------------------------------------------------------
  594. void __fastcall TTreeViewMainForm::SmallGeneImageMouseDown(TObject *Sender,
  595.       TMouseButton Button, TShiftState Shift, int X, int Y)
  596. {
  597.     Dragging = true;
  598.     DragRect.Top = Y;
  599.     DragRect.Bottom = Y;
  601.     ZoomBoxShape->Top = DragRect.Top - 2;
  602.     ZoomBoxShape->Height = DragRect.Bottom - DragRect.Top + 4;
  604. }
  605. //---------------------------------------------------------------------------
  607. void __fastcall TTreeViewMainForm::SmallGeneImageMouseMove(TObject *Sender,
  608.       TShiftState Shift, int X, int Y)
  609. {
  610.     if (Dragging)
  611.     {
  612.         DragRect.Bottom = Y;
  613.         ZoomBoxShape->Height = DragRect.Bottom - DragRect.Top + 4;
  614.     }
  615. }
  616. //---------------------------------------------------------------------------
  618. void __fastcall TTreeViewMainForm::SmallGeneImageMouseUp(TObject *Sender,
  619.       TMouseButton Button, TShiftState Shift, int X, int Y)
  620. {
  621.     if (Dragging)
  622.     {
  623.         DragRect.Bottom = Y;
  624.         if (DragRect.Bottom < DragRect.Top)
  625.         {
  626.            int Hold = DragRect.Top;
  627.            DragRect.Top = DragRect.Bottom;
  628.            DragRect.Bottom = Hold;
  629.         }
  630.         if (DragRect.Right < DragRect.Left)
  631.         {
  632.            int Hold = DragRect.Left;
  633.            DragRect.Left = DragRect.Right;
  634.            DragRect.Right = Hold;
  635.         }
  637.         DragRect.Top = max((int)DragRect.Top,0);
  639.         ZoomBoxShape->Height = DragRect.Bottom - DragRect.Top + 4;
  640.         Dragging = false;
  641.     }
  643.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  644.     {
  645.         TreeImage->Canvas->Pen->Color = clBlack;
  646.         Cluster->BestNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  647.     }
  649.     Cluster->Include(DragRect.Top/ImageScaleY, min(Cluster->Rows-1,(int)(DragRect.Bottom/ImageScaleY)));
  651.     MakeZoom();
  653. }
  654. //---------------------------------------------------------------------------
  656. void __fastcall TTreeViewMainForm::FormKeyDown(TObject *Sender, WORD &Key,
  657.       TShiftState Shift)
  658. {
  659.     if ( (Key > 36) && (Key <41) )
  660.     {
  661.         ResetNode();
  662.         switch (Key)
  663.         {
  664.             case 37:
  665.                 if (Cluster->BestNode->IsNode)
  666.                 {
  667.                     Cluster->BestNode = Cluster->BestNode->Child1;
  668.                     MakeZoom();
  669.                 }
  670.                 break;
  671.             case 38:
  672.                 if (Cluster->BestNode != Cluster->TopNode)
  673.                 {
  674.                     Cluster->BestNode = Cluster->BestNode->Parent;
  675.                     MakeZoom();
  676.                 }
  677.                 break;
  678.             case 39:
  679.                 if (Cluster->BestNode->IsNode)
  680.                 {
  681.                     Cluster->BestNode = Cluster->BestNode->Child2;
  682.                     MakeZoom();
  683.                 }
  684.                 break;
  685.             case 40:
  686.                 while (Cluster->BestNode->Corr > CorrSelectCutoff)
  687.                 {
  688.                     Cluster->BestNode = Cluster->BestNode->Parent;
  689.                 }
  690.                 MakeZoom();
  691.                 break;
  692.             default:
  693.             break;
  694.         }
  695.     }
  697.     if (Key == VkKeyScan('n'))
  698.     {
  699.        //NoteForm->Show();
  700.     }
  702. }
  703. //---------------------------------------------------------------------------
  707. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveTreeImage1Click(
  708.       TObject *Sender)
  709. {
  711.     if (SaveDialog1->Execute())
  712.     {
  713.         TreeImage->Picture->Bitmap->PixelFormat = 6;
  714.         TreeImage->Picture->Bitmap->SaveToFile(SaveDialog1->FileName);
  715.     }
  716. }
  717. //---------------------------------------------------------------------------
  720. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveThumbnailImage1Click(
  721.       TObject *Sender)
  722. {
  723.     if (SaveDialog1->Execute())
  724.     {
  725.         SmallGeneImage->Picture->Bitmap->PixelFormat = 6;
  726.         SmallGeneImage->Picture->Bitmap->SaveToFile(SaveDialog1->FileName);
  727.     }
  728. }
  729. //---------------------------------------------------------------------------
  731. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveZoomedImage1Click(TObject *Sender)
  732. {
  734.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  735.     {
  736.        char FileRoot[100];
  737.        fnsplit(OpenDialog1->FileName.c_str(),NULL,NULL,FileRoot,NULL);
  738.        SaveDialog1->FileName = AnsiString(FileRoot) + "_" + Cluster->BestNode->Data->ID
  739.             + ".bmp";
  740.     }
  742.     if (SaveDialog1->Execute())
  743.     {
  744.         Graphics::TBitmap *WholeZoomImage = new Graphics::TBitmap();
  745.         WholeZoomImage->PixelFormat = 6;
  746.         WholeZoomImage->Width = ZoomImage->Width + LabelPanel->Width;
  747.         WholeZoomImage->Height = ArrayTreeImage->Height +
  748.             ArrayLabelImage->Height +
  749.             NodeBarcodeImage->Height +
  750.             ZoomImage->Height;
  751.         WholeZoomImage->Height += 20;
  752.         WholeZoomImage->Canvas->CopyMode = cmSrcCopy;
  754.         TRect DestRect;
  756.         DestRect.Top    = 0;
  757.         DestRect.Left   = 0;
  758.         DestRect.Right  = ArrayTreeImage->ClientWidth;
  759.         DestRect.Bottom = ArrayTreeImage->ClientHeight;
  761.         WholeZoomImage->Canvas->CopyRect(DestRect,ArrayTreeImage->Canvas,ArrayTreeImage->ClientRect);
  763.         DestRect.Top    = DestRect.Bottom + 3;
  764.         DestRect.Left   = 0;
  765.         DestRect.Right  = ArrayLabelImage->ClientWidth;
  766.         DestRect.Bottom = DestRect.Top + ArrayLabelImage->ClientHeight;
  768.         WholeZoomImage->Canvas->CopyRect(DestRect,ArrayLabelImage->Canvas,ArrayLabelImage->ClientRect);
  770.         DestRect.Top    = DestRect.Bottom + 3;
  771.         DestRect.Left   = 0;
  772.         DestRect.Right  = NodeBarcodeImage->ClientWidth;
  773.         DestRect.Bottom = DestRect.Top + NodeBarcodeImage->ClientHeight;
  775.         WholeZoomImage->Canvas->CopyRect(DestRect,NodeBarcodeImage->Canvas,NodeBarcodeImage->ClientRect);
  777.         DestRect.Top    = DestRect.Bottom + 3;
  778.         DestRect.Left   = 0;
  779.         DestRect.Right  = ZoomImage->ClientWidth;
  780.         DestRect.Bottom = DestRect.Top + ZoomImage->ClientHeight;
  782.         WholeZoomImage->Canvas->CopyRect(DestRect,ZoomImage->Canvas,ZoomImage->ClientRect);
  784.         DestRect.Left   = DestRect.Right;
  785.         DestRect.Right  = DestRect.Left + LabelPanel->ClientWidth;
  787.         //WholeZoomImage->Canvas->CopyRect(DestRect,LabelPanel->Canvas,LabelPabel->ClientRect);
  788.         int i,X,Y;
  790.         for (i=Cluster->MinCoor;i<=Cluster->MaxCoor;i++)
  791.         {
  792.             WholeZoomImage->Canvas->Font = ZoomFontDialog->Font;
  793.             WholeZoomImage->Canvas->Font->Height = - ZoomImageScaleY;
  794.             Y = DestRect.Top + ((i - Cluster->MinCoor) * ZoomImageScaleY);
  795.             X = DestRect.Left + 5;
  796.             WholeZoomImage->Canvas->TextOut(X,Y,((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Name);
  797.         }
  799.         WholeZoomImage->SaveToFile(SaveDialog1->FileName);
  801.         delete WholeZoomImage;
  802.     }
  803. }
  804. //---------------------------------------------------------------------------
  808. void __fastcall TTreeViewMainForm::ZoomScrollBoxClick(TObject *Sender)
  809. {
  810.     //GeneInfoForm->Show();
  811.     //GeneInfoForm->Repaint();
  812. }
  813. //---------------------------------------------------------------------------
  815. void __fastcall TTreeViewMainForm::Find(AnsiString FindString)
  816. {
  817.     int index = -1;
  818.     int i;
  820.     if ( (FindString.SubString(1,4) == "NODE") && (Cluster->TopNode != NULL) )
  821.     {
  822.         TGeneTreeNode *MatchedNode = Cluster->TopNode->FindNode(FindString);
  823.         if (MatchedNode != NULL)
  824.         {
  825.             ResetNode();
  826.             Cluster->BestNode = MatchedNode;
  827.             Cluster->BestNode->Limits(&Cluster->MinCoor,&Cluster->MaxCoor);
  828.             MakeZoom();
  829.             //TreeViewMainForm->Caption = "Gene Tree View " + Cluster->BestNode->Data->ID + " " + AnsiString(Cluster->BestNode->Corr);
  831.         }
  832.     }
  833.     else
  834.     {
  835.         for (i=LastIndex+1;i<Cluster->GeneNames->Count;i++)
  836.         {
  837.             if ((Cluster->GeneNames->Strings[i].UpperCase()).Pos(FindString.UpperCase()) > 0)
  838.             {
  839.                index = i;
  840.                i = Cluster->GeneNames->Count;
  841.             }
  842.         }
  844.         if (index > -1)
  845.         {
  846.            if (Cluster->BestNode != NULL)
  847.            {
  848.               TreeImage->Canvas->Pen->Color = clBlack;
  849.               Cluster->BestNode->Draw(TreeImage, ImageScaleY);
  850.            }
  851.            Cluster->MinCoor = index;
  852.            Cluster->MaxCoor = index;
  853.            Cluster->Include(index, index);
  854.            MakeZoom();
  855.         }
  857.         LastIndex = index;
  858.     }
  859.     SetOverviewScrollPos();
  860. }
  863. void __fastcall TTreeViewMainForm::Gene1Click(TObject *Sender)
  864. {
  865.     FindForm->Show();
  866. }
  867. //---------------------------------------------------------------------------
  869. void __fastcall TTreeViewMainForm::Help1Click(TObject *Sender)
  870. {
  871.     HelpForm->Show();
  872. }
  873. //---------------------------------------------------------------------------
  875. void __fastcall TTreeViewMainForm::About1Click(TObject *Sender)
  876. {
  877.     AboutForm->Show();
  878. }
  879. //---------------------------------------------------------------------------
  881. void __fastcall TTreeViewMainForm::ArrayTreeSplitterMoved(TObject *Sender)
  882. {
  883.     MakeArrayTree();
  884.     LabelPanel->Top = ArrayLabelImage->Height + ArrayLabelSplitter->Height +
  885.         ArrayTreeImage->Height + ArrayTreeSplitter->Height;
  886. }
  887. //---------------------------------------------------------------------------
  889. void __fastcall TTreeViewMainForm::ArrayLabelSplitterMoved(TObject *Sender)
  890. {
  891.     MakeArrayLabels();
  892.     OuterLabelPanel->Top = ArrayLabelImage->Height + ArrayLabelSplitter->Height +
  893.         ArrayTreeImage->Height + ArrayTreeSplitter->Height;
  894. }
  895. //---------------------------------------------------------------------------
  897. void __fastcall TTreeViewMainForm::ArrayTreePanelResize(TObject *Sender)
  898. {
  899.     ArrayTreeImage->Picture->Bitmap->Width = ArrayTreePanel->Width;
  900.     ArrayTreeImage->Picture->Bitmap->Height = ArrayTreePanel->Height;
  901. }
  902. //---------------------------------------------------------------------------
  904. void __fastcall TTreeViewMainForm::ArrayLabelPanelResize(TObject *Sender)
  905. {
  906.     ArrayLabelImage->Picture->Bitmap->Width = ArrayLabelPanel->Width;
  907.     ArrayLabelImage->Picture->Bitmap->Height = ArrayLabelPanel->Height;
  908. }
  909. //---------------------------------------------------------------------------
  912. void __fastcall TTreeViewMainForm::ScrollBar1Change(TObject *Sender)
  913. {
  914.     //CentralPanel->Top = -ScrollBar1->Position;
  915.     ZoomImage->Top = -ScrollBar1->Position;
  916.     LabelPanel->Top = -ScrollBar1->Position;
  917. }
  918. //---------------------------------------------------------------------------
  919. void __fastcall TTreeViewMainForm::CentralPanelResize(TObject *Sender)
  920. {
  921.     if (CentralPanel->Height > CentralScrollBox->ClientHeight)
  922.     {
  923.         ScrollBar1->Visible = true;
  924.         ScrollBar1->Min =  0;
  925.         ScrollBar1->Max =  CentralPanel->Height -CentralScrollBox->ClientHeight;
  926.     }
  927.     else
  928.     {
  929.         ScrollBar1->Visible = false;
  930.     }
  931. }
  932. //---------------------------------------------------------------------------
  936. void __fastcall TTreeViewMainForm::Splitter3Moved(TObject *Sender)
  937. {
  938.     SmallGeneImage->Left = Splitter3->Left + Splitter3->Width;
  939.     Redo();
  940. }
  941. //---------------------------------------------------------------------------
  943. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveList1Click(TObject *Sender)
  944. {
  945.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  946.     {
  947.        char FileRoot[100];
  948.        fnsplit(OpenDialog1->FileName.c_str(),NULL,NULL,FileRoot,NULL);
  949.        SaveListDialog->FileName = AnsiString(FileRoot) + "_" + Cluster->BestNode->Data->ID
  950.             + ".txt";
  951.     }
  953.     if (SaveListDialog->Execute())
  954.     {
  955.         int i;
  956.         TStringList *IDList = new TStringList();
  958.         for (i=Cluster->MinCoor;i<=Cluster->MaxCoor;i++)
  959.         {
  960.             AnsiString ID =
  961.                 ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->ID;
  962.             IDList->Add(ID);
  963.         }
  964.         IDList->SaveToFile(SaveListDialog->FileName);
  965.         delete IDList;
  966.     }
  967. }
  968. //---------------------------------------------------------------------------
  970. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveData1Click(TObject *Sender)
  971. {
  972.     if (Cluster->BestNode != NULL)
  973.     {
  974.        char FileRoot[100];
  975.        fnsplit(OpenDialog1->FileName.c_str(),NULL,NULL,FileRoot,NULL);
  976.        SaveDataDialog->FileName = AnsiString(FileRoot) + "_" + Cluster->BestNode->Data->ID
  977.             + ".txt";
  978.     }
  980.     if (SaveDataDialog->Execute())
  981.     {
  982.         int i,j;
  983.         TStringList *DataList = new TStringList();
  984.         AnsiString Line;
  986.         Line = Cluster->UniqueID + "tNAME";
  988.         if (Cluster->UniqueID == "ID")
  989.         {
  990.             Line = "UIDtNAME";
  991.         }
  992.         
  993.         for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  994.         {
  995.             Line += "t" +
  996.             Cluster->Arrays->Strings[j];
  997.         }
  999.         DataList->Add(Line);
  1001.         for (i=Cluster->MinCoor;i<=Cluster->MaxCoor;i++)
  1002.         {
  1003.             Line =
  1004.                 ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->ID +
  1005.                 "t" +
  1006.                 ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Name;
  1007.                 for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1008.                 {
  1009.                     Line += "t";
  1010.                     if (((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Mask[j])
  1011.                     {
  1012.                         Line += AnsiString(((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Data[j]);
  1013.                     }
  1014.                 }
  1015.             DataList->Add(Line);
  1016.         }
  1017.         DataList->SaveToFile(SaveDataDialog->FileName);
  1018.         delete DataList;
  1019.     }
  1020. }
  1022. void __fastcall TTreeViewMainForm::MakeSimplePS()
  1023. {
  1025. if (SavePSDialog->Execute())
  1026. {
  1027. TStringList *File = new TStringList();
  1029. //
  1030. // PostScript Header
  1031. //
  1033. File->Add("%!PS-Adobe-3.0");
  1034. File->Add("%%Creator: GeneClust1.0");
  1035. File->Add("%%CreationDate: Fri Jul 31 12:35:39 1998");
  1036. File->Add("%%Pages: (atend)");
  1037. File->Add("%%EndComments");
  1038. File->Add("%%BeginSetup");
  1039. File->Add("/ln { newpath moveto lineto stroke closepath } bind def");
  1040. File->Add("/tx { newpath moveto show closepath } bind def");
  1041. File->Add("/sl { setlinewidth } def");
  1042. File->Add("/sc { setlinecap } def");
  1043. File->Add("/sr { setrgbcolor } def");
  1044. File->Add("/sf { exch findfont exch scalefont setfont } def");
  1045. File->Add("/tr { translate } def");
  1046. File->Add("/sp { 1 sc 1 sl 0.0 0.0 0.0 sr 18.00000 13.00000 tr 0.96000 0.98205 scale tr } def");
  1048. AnsiString Temp = "/fillbox {newpath moveto " +
  1049.     AnsiString(ZoomImageScaleX) + " 0 rlineto 0 " +
  1050.     AnsiString(ZoomImageScaleY) + " rlineto -" +
  1051.     AnsiString(ZoomImageScaleX) + " 0 rlineto closepath fill} def";
  1053. File->Add(Temp);
  1055. File->Add("%%EndSetup");
  1056. File->Add("%%Page: tree 1");
  1057. File->Add("%%PageResources: (atend)");
  1058. File->Add("%%BeginPageSetup");
  1059. File->Add("/pgsave save def");
  1060. File->Add("%%EndPageSetup");
  1061. File->Add("0 setlinewidth");
  1062. File->Add("/Courier findfont");
  1063. Temp =  AnsiString(ZoomImageScaleY) + " scalefont";
  1064. File->Add(Temp);
  1065. File->Add("setfont");
  1067. int i,j,x,y;
  1069. double Red, Green, Blue, Val;
  1071. AnsiString Name;
  1073. for (i=Cluster->MinCoor;i<=Cluster->MaxCoor;i++)
  1074. {
  1075.     Name =
  1076.         ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Name;
  1079.         TReplaceFlags Flags;
  1080.         Flags << rfReplaceAll;
  1083.         Name = StringReplace(Name,"(","",Flags);
  1084.         Name = StringReplace(Name,")","",Flags);
  1086.         for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1087.         {
  1088.             x = j * ZoomImageScaleX;
  1089.             y = (i - Cluster->MinCoor) * ZoomImageScaleY;
  1091.             if (((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Mask[j])
  1092.             {
  1093.                 Red = 0.0;
  1094.                 Green = 0.0;
  1095.                 Blue = 0.0;
  1097.                 Val = ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Data[j];
  1098.                 if (Val > 0)
  1099.                 {
  1100.                     Red = max(min(1.0,Val / ImageContrast),0.0);
  1101.                 }
  1102.                 else
  1103.                 {
  1104.                     Green =  max(min(1.0,-Val / ImageContrast),0.0);
  1105.                 }
  1106.             }
  1107.             else
  1108.             {
  1109.                 Red = 0.5;
  1110.                 Green = 0.5;
  1111.                 Blue = 0.5;
  1112.             }
  1114.                 TFloatFormat Format = ffFixed;
  1115.                 AnsiString GreenString = FloatToStrF(Green,Format,6,4);
  1116.                 AnsiString RedString = FloatToStrF(Red,Format,6,4);
  1117.                 AnsiString BlueString =  FloatToStrF(Blue,Format,6,4);
  1118.                 Temp = RedString + " " + GreenString + " " + BlueString
  1119.                     + " setrgbcolor";
  1120.                 File->Add(Temp);
  1121.                 Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " fillbox";
  1122.                 File->Add(Temp);
  1123.         }
  1125.         x = ZoomImageScaleX * Cluster->Columns + 10;
  1126.         y = (i - Cluster->MinCoor) * ZoomImageScaleY;
  1128.         File->Add("0.0 setgray");
  1129.         Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " moveto";
  1130.         File->Add(Temp);
  1131.         Temp = "(" + Name + ") show";
  1132.         File->Add(Temp);
  1133. }
  1135. //Temp = "%%BoundingBox: 0 0 " + AnsiString(Cluster->Columns * ZoomImageScaleX + 1000) + AnsiString(" ")
  1136. //    + AnsiString(ZoomImageScaleY * (Cluster->MaxCoor - Cluster->MinCoor + 1));
  1138. //File->Insert(3,Temp);
  1140. File->SaveToFile(SavePSDialog->FileName);
  1141. delete File;
  1142. }
  1143. }
  1146. void __fastcall TTreeViewMainForm::SavePSAll(AnsiString PSFileName)
  1147. {
  1149. int ScaleX, ScaleY;
  1151. TGeneTreeNode *Node;
  1153. int MinC, MaxC;
  1155. if (SavePSAllForm->UseSelectedCheckBox->Checked == true)
  1156. {
  1157.     Node = Cluster->BestNode;
  1158.     MinC = Cluster->MinCoor;
  1159.     MaxC = Cluster->MaxCoor;
  1160. }
  1161. else
  1162. {
  1163.     Node = Cluster->TopNode;
  1164.     MinC = 0;
  1165.     MaxC = Cluster->Rows-1;
  1166. }
  1168. try
  1169. {
  1170.     ScaleX = SavePSAllForm->XBlockSizeEdit->Text.ToInt();
  1171.     ScaleY = SavePSAllForm->YBlockSizeEdit->Text.ToInt();
  1172. }
  1173. catch (EConvertError &E)
  1174. {
  1175.     ScaleX = 8;
  1176.     ScaleY = 8;
  1177. }
  1179. int GeneTreeSize   = 200;
  1180. int ArrayTreeSize  = 200;
  1181. int GeneNameSize   = 0;
  1182. int ArrayNameSize  = 0;
  1184. double Factor;
  1186.     unsigned char *Color;
  1187.     Color = new unsigned char[3];
  1189.     DWORD DPositiveColor = ColorToRGB(PositiveColor);
  1190.     unsigned char *Positive;
  1191.     //Positive = new unsigned char[3];
  1192.     Positive = (unsigned char *)&DPositiveColor;
  1194.     DWORD DZeroColor = ColorToRGB(ZeroColor);
  1195.     unsigned char *Zero;
  1196.     //Zero = new unsigned char[3];
  1197.     Zero = (unsigned char *)&DZeroColor;
  1199.     DWORD DNegativeColor = ColorToRGB(NegativeColor);
  1200.     unsigned char *Negative;
  1201.     //Negative = new unsigned char[3];
  1202.     Negative = (unsigned char *)&DNegativeColor;
  1204.     DWORD DMissingColor = ColorToRGB(MissingColor);
  1205.     unsigned char *Missing;
  1206.     //Missing = new unsigned char[3];
  1207.     Missing = (unsigned char *)&DMissingColor;
  1209. TStringList *File = new TStringList();
  1211. //
  1212. // PostScript Header
  1213. //
  1215. File->Add("%!PS-Adobe-3.0");
  1216. File->Add("%%Creator: GeneClust1.0");
  1217. File->Add("%%CreationDate: Fri Jul 31 12:35:39 1998");
  1218. File->Add("%%Pages: (atend)");
  1219. File->Add("%%EndComments");
  1220. File->Add("%%BeginSetup");
  1221. File->Add("/ln { newpath moveto lineto stroke closepath } bind def");
  1222. File->Add("/tx { newpath moveto show closepath } bind def");
  1223. File->Add("/sl { setlinewidth } def");
  1224. File->Add("/sc { setlinecap } def");
  1225. File->Add("/sr { setrgbcolor } def");
  1226. File->Add("/sf { exch findfont exch scalefont setfont } def");
  1227. File->Add("/tr { translate } def");
  1228. File->Add("/sp { 1 sc 1 sl 0.0 0.0 0.0 sr 18.00000 13.00000 tr 0.96000 0.98205 scale tr } def");
  1230. AnsiString Temp = "/fillbox {newpath moveto " +
  1231.     AnsiString(ScaleX) + " 0 rlineto 0 " +
  1232.     AnsiString(ScaleY) + " rlineto -" +
  1233.     AnsiString(ScaleX) + " 0 rlineto closepath fill} def";
  1235. File->Add(Temp);
  1237. File->Add("%%EndSetup");
  1238. File->Add("%%Page: tree 1");
  1239. File->Add("%%PageResources: (atend)");
  1240. File->Add("%%BeginPageSetup");
  1241. File->Add("/pgsave save def");
  1242. File->Add("%%EndPageSetup");
  1243. File->Add("0 setlinewidth");
  1244. File->Add("/Courier findfont");
  1245. Temp =  AnsiString(ScaleY) + " scalefont";
  1246. File->Add(Temp);
  1247. File->Add("setfont");
  1249. // Generate Color Diagram
  1251. int i,j,k,x,y;
  1253. int GeneTreeBuffer = 200;
  1255. double Red, Green, Blue, Val;
  1257. AnsiString Name;
  1259.     float H,S,B;
  1261.     H = 0;
  1262.     S = 1.0;
  1263.     B = 1.0;
  1265.     for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1266.     {
  1267.             x = GeneTreeBuffer + j * ScaleX;
  1268.             y = (MaxC-MinC + 2) * ScaleY;
  1270.             if (j < 93)
  1271.             {
  1272.                 H = 0;
  1273.             }
  1274.             else if (j < 154)
  1275.             {
  1276.                 H = 0.2;
  1277.             }
  1278.             else if (j < 167)
  1279.             {
  1280.                 H = 0.4;
  1281.             }
  1282.             else if (j < 227)
  1283.             {
  1284.                 H = 0.6;
  1285.             }
  1286.             else
  1287.             {
  1288.                 H = 0.8;
  1289.             }
  1291.             if (Cluster->Arrays->Strings[j] != "Blank")
  1292.             {
  1293.             TFloatFormat Format     = ffFixed;
  1294.             AnsiString HString  = FloatToStrF(H,Format,6,4);
  1295.             AnsiString SString    = FloatToStrF(S,Format,6,4);
  1296.             AnsiString BString   = FloatToStrF(B,Format,6,4);
  1297.             Temp = HString + " " + SString + " " + BString + " sethsbcolor";
  1298.             File->Add(Temp);
  1299.             Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " fillbox";
  1300.             File->Add(Temp);
  1301.             }
  1302.             else
  1303.             {
  1304.             //H += .025;
  1305.             }
  1306.     }
  1308. for (i=0;i<=MaxC-MinC;i++)
  1309. {
  1310.     if (SavePSAllForm->SavePictureCheckBox->Checked == true)
  1311.     {
  1312.         for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1313.         {
  1314.             x = GeneTreeBuffer + j * ScaleX;
  1315.             y = (MaxC-MinC - i ) * ScaleY;
  1317.             for (k=0;k<3;k++)
  1318.             {
  1319.                 Color[k] =  Missing[k];
  1320.             }
  1322.             Val = 0;
  1324.             if (((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i+MinC])->Data->Mask[j])
  1325.             {
  1327.                 Val = ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i+MinC])->Data->Data[j];
  1329.                 if (Val > 0)
  1330.                 {
  1331.                     Factor =  min(1.0, Val / ImageContrast);
  1332.                     for (k=0;k<3;k++)
  1333.                     {
  1334.                         Color[k] =  Factor * Positive[k] + (1.0 - Factor) * Zero[k];
  1335.                     }
  1336.                 }
  1337.                 else
  1338.                 {
  1339.                     Factor =  min(1.0, -Val / ImageContrast);
  1340.                     for (k=0;k<3;k++)
  1341.                     {
  1342.                         Color[k] =  Factor * Negative[k] + (1.0 - Factor) * Zero[k];
  1343.                     }
  1344.                 }
  1345.             }
  1347.             Red   = (double) Color[0] / 256.0;
  1348.             Green = (double) Color[1] / 256.0;
  1349.             Blue  = (double) Color[2] / 256.0;
  1351.             TFloatFormat Format     = ffFixed;
  1352.             AnsiString GreenString  = FloatToStrF(Green,Format,6,4);
  1353.             AnsiString RedString    = FloatToStrF(Red,Format,6,4);
  1354.             AnsiString BlueString   = FloatToStrF(Blue,Format,6,4);
  1355.             Temp = RedString + " " + GreenString + " " + BlueString + " setrgbcolor";
  1356.             File->Add(Temp);
  1358.             /*
  1359.             Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " fillbox";
  1360.             File->Add(Temp);   */
  1362.             int Size = Val * 100;
  1364.             Temp = "newpath " + AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " moveto " +
  1365.             AnsiString(ScaleX) + " 0 rlineto " +
  1366.             "0 " + AnsiString(Size) + " rlineto " +
  1367.             "-" + AnsiString(ScaleX) + " 0 rlineto closepath fill";
  1368.             File->Add(Temp);
  1369.         }
  1370.     }
  1373.     if (SavePSAllForm->SaveGeneLabelsCheckBox->Checked == true)
  1374.     {
  1375.         Name = ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i+MinC])->Data->Name;
  1376.         TReplaceFlags Flags;
  1377.         Flags << rfReplaceAll;
  1378.         Name = StringReplace(Name,"(","",Flags);
  1379.         Name = StringReplace(Name,")","",Flags);
  1381.         GeneNameSize = max(ScaleY*Name.Length(),GeneNameSize);
  1383.         x = GeneTreeSize + ScaleX * Cluster->Columns + 10;
  1384.         y = (MaxC-MinC - i )  * ScaleY;
  1386.         File->Add("0.0 setgray");
  1387.         Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " moveto";
  1388.         File->Add(Temp);
  1389.         Temp = "(" + Name + ") show";
  1390.         File->Add(Temp);
  1391.     }
  1392. }
  1393. File->Add("0.0 setgray");
  1395. if (SavePSAllForm->SaveArrayLabelsCheckBox->Checked == true)
  1396. {
  1397. for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1398. {
  1399.         x = GeneTreeSize + ScaleX * (j + 1);
  1400.         y = ((MaxC-MinC)+4)*ScaleY;
  1402.         File->Add("newpath");
  1403.         File->Add("gsave");
  1404.         Temp = AnsiString(x) + " " + AnsiString(y) + " moveto";
  1405.         File->Add(Temp);
  1406.         File->Add("90 rotate");
  1407.         Name = Cluster->Arrays->Strings[j];
  1408.         TReplaceFlags Flags;
  1409.         Flags << rfReplaceAll;
  1410.         Name = StringReplace(Name,"(","",Flags);
  1411.         Name = StringReplace(Name,")","",Flags);
  1412.         Temp = "(" + Name + ") show";
  1413.         File->Add(Temp);
  1414.         File->Add("grestore");
  1415.         File->Add("closepath");
  1417.         ArrayNameSize = max(ScaleY*Name.Length(),ArrayNameSize);
  1418. }
  1419. }
  1421. File->Add("0 setlinewidth");
  1422. File->Add("0.0 setgray");
  1423. if (SavePSAllForm->SaveGeneTreeCheckBox->Checked == true)
  1424. {
  1425.     Node->DrawPS(File,0.95 * GeneTreeSize,ScaleY,MaxC);
  1426. }
  1427. File->Add("0 setlinewidth");
  1428. File->Add("0.0 setgray");
  1429. if (SavePSAllForm->SaveArrayTreeCheckBox->Checked == true)
  1430. {
  1431.     Cluster->TopArrayNode->DrawPS(File, ScaleX, ArrayTreeSize, GeneTreeSize, ((MaxC)-(MinC)+2)*ScaleY + ArrayNameSize);
  1432. }
  1434. //Temp = "%%BoundingBox: 0 0 " + AnsiString(Cluster->Columns * ScaleX + GeneTreeSize + GeneNameSize) +
  1435.      AnsiString(" ") + AnsiString(ScaleY * ((MaxC)-(MinC)+2) + ArrayNameSize + ArrayTreeSize);
  1437. //File->Insert(3,Temp);
  1439. File->SaveToFile(PSFileName);
  1440. delete File;
  1441. }
  1443. void __fastcall TTreeViewMainForm::SavePSClick(TObject *Sender)
  1444. {
  1445.     MakeSimplePS();
  1446. }
  1447. //---------------------------------------------------------------------------
  1449. void __fastcall TTreeViewMainForm::S1Click(TObject *Sender)
  1450. {
  1451.     Cluster->TopNode->WriteList(OptionsForm->CorrSelectCutoffEdit->Text.ToDouble());
  1452. }
  1453. //---------------------------------------------------------------------------
  1455. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveAllPS1Click(TObject *Sender)
  1456. {
  1457.     SavePSAllForm->ShowModal();
  1458. }
  1459. //---------------------------------------------------------------------------
  1460. void __fastcall TTreeViewMainForm::SetOverviewScrollPos()
  1461. {
  1462.      int index;
  1464.      if (Cluster->BestNode != NULL)
  1465.      {
  1466.          index = (Cluster->BestNode->MinCoor + Cluster->BestNode->MaxCoor)/2;
  1467.      }
  1468.      else
  1469.      {
  1470.          index = (Cluster->MinCoor + Cluster->MaxCoor)/2;
  1471.      }
  1473.      OverviewScrollBox->VertScrollBar->Position = index * ImageScaleY
  1474.             - OverviewScrollBox->Height / 2;
  1475. }
  1476. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveNodeData1Click(TObject *Sender)
  1477. {
  1478.      if (Cluster->TopNode != NULL)
  1479.      {
  1480.         SaveNodeDataForm->ShowModal();
  1481.      }
  1482. }
  1484. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveNodeData(AnsiString FileName)
  1485. {
  1487.         TStringList *NodeDataList = new TStringList();
  1489.         int j;
  1491.         AnsiString Line;
  1492.         Line = "NODEtNAMEt";
  1494.         for (j=0;j<Cluster->Columns;j++)
  1495.         {
  1496.             Line += "t" +
  1497.             Cluster->Arrays->Strings[j];
  1498.         }
  1500.         double MinCorrVal = SaveNodeDataForm->MinCorr;
  1501.         double MaxCorrVal = SaveNodeDataForm->MaxCorr;
  1502.         int MinElements = SaveNodeDataForm->MinElements;
  1504.         bool SaveChildren = SaveNodeDataForm->SaveChildrenCheckBox->Checked;
  1505.         bool SaveList     = SaveNodeDataForm->SaveListCheckBox->Checked;
  1507.         NodeDataList->Add(Line);
  1508.         if ((Cluster->BestNode != NULL) && (SaveNodeDataForm->UseSelectedNodeCheckBox->Checked) )
  1509.         {
  1510.            Cluster->BestNode->SaveData(NodeDataList,MinCorrVal,MaxCorrVal,MinElements,SaveChildren,SaveList);
  1511.         }
  1512.         else
  1513.         {
  1514.            Cluster->TopNode->SaveData(NodeDataList,MinCorrVal,MaxCorrVal,MinElements,SaveChildren,SaveList);
  1515.         }
  1517.         NodeDataList->SaveToFile(FileName);
  1519.         delete NodeDataList;
  1520. }
  1522. //---------------------------------------------------------------------------
  1526. void __fastcall TTreeViewMainForm::EditURLStringsClick(TObject *Sender)
  1527. {
  1528.         URLMemoForm->Show();
  1529. }
  1530. //---------------------------------------------------------------------------
  1532. void __fastcall TTreeViewMainForm::SaveNotes1Click(TObject *Sender)
  1533. {
  1534.      if (NoteSaveDialog->Execute())
  1535.      {
  1536.         TStringList *OutFile = new TStringList();
  1538.         for (int i=0;i<Cluster->Rows;i++)
  1539.         {
  1540.             AnsiString OutString = ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->ID;
  1541.             OutString += "t" +  ((TGeneTreeNode *)Cluster->Genes->Objects[i])->Data->Note;
  1543.             OutFile->Add(OutString);
  1544.         }
  1546.         OutFile->SaveToFile(NoteSaveDialog->FileName);
  1547.      }
  1549. }
  1550. //---------------------------------------------------------------------------
  1552. void __fastcall TTreeViewMainForm::ScrollBar1KeyDown(TObject *Sender,
  1553.       WORD &Key, TShiftState Shift)
  1554. {
  1555.       FormKeyDown(Sender,Key,Shift);
  1556. }
  1557. //---------------------------------------------------------------------------
  1558. void __fastcall TTreeViewMainForm::AddNotetoDB1Click(TObject *Sender)
  1559. {
  1560.      //NoteForm->Show();        
  1561. }
  1562. //---------------------------------------------------------------------------