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AlignmentClass.h
资源名称：040103.rar　[点击查看]
上传用户：hnzyys
上传日期：2007-06-13
资源大小：32k
文件大小：2k
源码类别：

生物技术

开发平台：

Visual C++

AlignmentClass.h：源码内容
  2. #include <math.h>
  3. #include <vector>
  4. #include <algorithm>
  5. #include <fstream>
  6. #include <iostream>
  7. #include <stdio.h>
  8. #include <time.h>
  11. #define Alignmentclassh Alignmentclassh
  12. #define PSS4LineLength 8044 
  13. //64722025
  14. #define PSS4Val 4
  15. #define LocalSimDomain 0.666666
  16. #define GlobalSimDomain 0.83
  17. #define AlignmentLen 28
  18. #define ExtendStep 12
  21. const int StartCount=8;
  22. const int PalCount=4;
  24. int conversL(char L);
  25. int PDBIDHash(const char *PDBID);
  26. int conversSeedVal(char *tmp,int step);
  29. class AlignmentResult
  30. {
  31. public:
  32. int PDBPos;
  33. int TBegin;
  34. int TEnd;
  35. int PBegin;
  36. int PEnd;
  38. std::vector<int> TGapRecord;
  39. std::vector<int> PGapRecord;
  40. std::vector<char> AlignedT;
  41. std::vector<char> AlignedP;
  43. int TGapCount;
  44. int PGapCount;
  46. char *Text;
  47. char *Pattern;
  48. int PatternCount;
  49. int TextCount;
  51. float Similarity;
  52. float SimScore;
  53. double p_value;
  55. bool IsTbegin();
  56. bool IsTend();
  57. bool IsPbegin();
  58. bool IsPend();
  59. int Lextern();
  60. int Rextern();
  61. void gapinsert();
  64. void AssignOneResult(int PDBPos1,int TBegin1,int TEnd1,int PBegin1,int PEnd1,char *Text1,char *Pattern1,int PatternCount1,int TextCount1)
  65. {
  67. PDBPos=PDBPos1;
  68. PBegin=PBegin1;
  69. PEnd=PEnd1;
  70. TBegin=TBegin1;
  71. TEnd=TEnd1;
  73. Text=Text1;
  74. Pattern=Pattern1;
  75. PatternCount=PatternCount1;
  76. TextCount=TextCount1;
  77. Similarity=1;
  78. SimScore=0;
  80. }
  82. };
  84. class AlignmentClass  
  85. {
  86. public:
  88. //int ShowMax(int a,int b,int c);
  89. //float S(char a,char b);// 罚分函数
  90. void MainAlignment(AlignmentResult &tmpAR);
  91. void ResultAsignMent(AlignmentResult& tmpA1,AlignmentResult& tmpA2);
  92. void test(AlignmentResult &tmpAR);
  93. float FinalAlign(AlignmentResult& tmpA,int tb,int te,int pb,int pe);
  94. //float s[4][4]={{1,0.1,0,0.1},{0.1,1,0.1,0},{0,0.1,1,0.1},{0.1,0,0.1,1}};
  95. //AligmentResult LExtend(AligmentResult tmpAS);
  96. //AligmentResult RExtend(AligmentResult tmpAS);
  97. //AligmentResult GlobalExtend(AligmentResult tmpAS);
  98. //AligmentResult FininalAlignment();
  99. //char P[PSS4LineLength],T[PSS4LineLength];
  100. /*
  101. char *Seed;
  102. char *Pattern;
  103. char *Text;
  104. int PatternCount;
  105. int TextCount;
  106. int Pbegin;
  107. int Pend;
  108. int Tbegin;
  109. int Tend;
  110. int PDBPos;*/
  112. //void Init(int PDBPos,char *Pattern,char *Text,int PatternCount,int TextCount,int Pbegin,int Pend,int Tbegin,int Tend);
  116. };