资源说明:进化轨迹遗传相互作用
出版物
当出于研究目的使用此代码时,请引用:
Chang Chang,Simone Bianco,Ashley Acevedo,Chao Tang,Raul Andino。 遗传相互作用塑造了RNA病毒种群中的进化轨迹。 bioRxiv,2020年, //doi.org/10.1101/2020.01.16.908129
一般说明
可以在上找到有关这项科学研究的非常笼统的描述。
简而言之,该算法的目的是为每种突变体轨迹确定最佳的相互作用模型:无上位性,上位性,克隆干扰,搭便车等,并基于最佳相互作用模型推断进化因素的影响。
样本数据集和输入文件格式
样本数据集1(无上位性):
在此模拟中,基因组的长度为1000,适应度较大的突变数为3(适应度= 1.5; id = 0,1,2),所有其余突变均为中性(适应度= 1.0; id = 3, ...,999)。 每个
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