资源说明:OpenDBA的
GPU加速的动态时间扭曲(DTW)重心平均
tl; dr该代码使大型时序数据集的平均速度比现有的基于单线程CPU的方法至少快100倍,并且作为奖励可生成距离矩阵,从而有助于扭曲的时间序列聚类分析(例如,纳米Kong直接的白盒分析) RNA测序信号)。
编译中
需要CUDA Toolkit 7或更高版本: :
此代码仅在Linux上经过测试。
make
如果要在Compute Capability小于6.1(〜2016之前制造)的GPU上运行此代码,则需要通过以下方式从openDBA.cu中删除对双精度浮点的支持:
make DOUBLE_UNSUPPORTED=1
快速开始
首先,请确保您的计算机中装有NVIDIA GPU。
如果您有多达数千个文本文件,每行一个数字,请使用以下命令生成(1)序列距离矩阵和(2)共识序列:
openDBA text floa
本源码包内暂不包含可直接显示的源代码文件,请下载源码包。